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万見
- SASDEM9: anEcTFE: Escherichia coli anaerobic fatty acid beta-oxidation tri... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEM9
試料anEcTFE: Escherichia coli anaerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
  • anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), anEcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), anEcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), anEcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha (protein), anEcTFE-alpha, Escherichia coli (strain K12)
  • anaerobic 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI beta subunit (protein), anEcTFE-beta, Escherichia coli (strain K12)
  • anaerobic 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI beta subunit (protein), anEcTFE-beta, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity ...fatty acid beta-oxidation, unsaturated, even number / fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA C-acyltransferase FadI / Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. ...Acetyl-CoA C-acyltransferase FadI / Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA thiolase FadI / Fatty acid oxidation complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2019
タイトル: Complementary substrate specificity and distinct quaternary assembly of the aerobic and anaerobic β-oxidation trifunctional enzyme complexes.
著者: Shiv K Sah-Teli / Mikko J Hynönen / Werner Schmitz / James A Geraets / Jani Seitsonen / Jan Skov Pedersen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Rajaram Venkatesan /
要旨: The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, ...The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, whereas anEcTFE is expressed also under anaerobic conditions, with nitrate or fumarate as the ultimate electron acceptor. The anEcTFE subunits have higher sequence identity with the human mitochondrial TFE (HsTFE) than with the soluble EcTFE. Like HsTFE, here it is found that anEcTFE is a membrane-bound complex. Systematic enzyme kinetic studies show that anEcTFE has a preference for medium- and long-chain enoyl-CoAs, similar to HsTFE, whereas EcTFE prefers short chain enoyl-CoA substrates. The biophysical characterization of anEcTFE and EcTFE shows that EcTFE is heterotetrameric, whereas anEcTFE is purified as a complex of two heterotetrameric units, like HsTFE. The tetrameric assembly of anEcTFE resembles the HsTFE tetramer, although the arrangement of the two anEcTFE tetramers in the octamer is different from the HsTFE octamer. These studies demonstrate that EcTFE and anEcTFE have complementary substrate specificities, allowing for complete degradation of long-chain enoyl-CoAs under aerobic conditions. The new data agree with the notion that anEcTFE and HsTFE are evolutionary closely related, whereas EcTFE belongs to a separate subfamily.
登録者
  • shiv k. sah-teli (University of Oulu, Finland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2749
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 5.00 A / 対称性: p1 / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.000235
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モデル #2750
タイプ: atomic
コメント: subunits and complex were modeled using swissmodel and coot respectively using 5zqz.pdb as referenc
カイ2乗値: 3.501
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試料

試料名称: anEcTFE: Escherichia coli anaerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
試料濃度: 3.5 mg/ml / Entity id: 1435 / 1436 / 1437 / 1438 / 1439 / 1440
バッファ名称: 50 mM Tris, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 0.05% C12E9 (1-O-(n-Dodecyl)-nonaethyleneglycol), 2.5 mM DTT
pH: 8
要素 #1435名称: anEcTFE-alpha / タイプ: protein
記述: anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子量: 77.071 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P77399
配列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQG QQLMAEIHAL PIQVIAAIHG ACLGGGLELA LACHGRVCTD DPKTVLGLPE VQLGLLPGSG GTQRLPRLIG VSTALEMILT ...配列:
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要素 #1436名称: anEcTFE-alpha / タイプ: protein
記述: anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子量: 77.071 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P77399
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要素 #1437名称: anEcTFE-alpha / タイプ: protein
記述: anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子量: 77.071 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P77399
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要素 #1438名称: anEcTFE-alpha / タイプ: protein
記述: anaerobic Fatty acid oxidation complex subunit alpha
分子量: 77.071 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P77399
配列: MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQG QQLMAEIHAL PIQVIAAIHG ACLGGGLELA LACHGRVCTD DPKTVLGLPE VQLGLLPGSG GTQRLPRLIG VSTALEMILT ...配列:
MEMTSAFTLN VRLDNIAVIT IDVPGEKMNT LKAEFASQVR AIIKQLRENK ELRGVVFVSA KPDNFIAGAD INMIGNCKTA QEAEALARQG QQLMAEIHAL PIQVIAAIHG ACLGGGLELA LACHGRVCTD DPKTVLGLPE VQLGLLPGSG GTQRLPRLIG VSTALEMILT GKQLRAKQAL KLGLVDDVVP HSILLEAAVE LAKKERPSSR PLPVRERILA GPLGRALLFK MVGKKTEHKT QGNYPATERI LEVVETGLAQ GTSSGYDAEA RAFGELAMTP QSQALRSIFF ASTDVKKDPG SDAPPAPLNS VGILGGGLMG GGIAYVTACK AGIPVRIKDI NPQGINHALK YSWDQLEGKV RRRHLKASER DKQLALISGT TDYRGFAHRD LIIEAVFENL ELKQQMVAEV EQNCAAHTIF ASNTSSLPIG DIAAHATRPE QVIGLHFFSP VEKMPLVEII PHAGTSAQTI ATTVKLAKKQ GKTPIVVRDK AGFYVNRILA PYINEAIRML TQGERVEHID AALVKFGFPV GPIQLLDEVG IDTGTKIIPV LEAAYGERFS APANVVSSIL NDDRKGRKNG RGFYLYGQKG RKSKKQVDPA IYPLIGTQGQ GRISAPQVAE RCVMLMLNEA VRCVDEQVIR SVRDGDIGAV FGIGFPPFLG GPFRYIDSLG AGEVVAIMQR LATQYGSRFT PCERLVEMGA RGESFWKTTA TDLQ
要素 #1439名称: anEcTFE-beta / タイプ: protein / 記述: anaerobic 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI beta subunit / 分子量: 48.143 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P76503
配列: MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPNI AREIVLGTGM NVHTDAYSVS RACATSFQAV ANVAESLMAG TIRAGIAGGA DSSSVLPIGV SKKLARVLVD VNKARTMSQR ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPNI AREIVLGTGM NVHTDAYSVS RACATSFQAV ANVAESLMAG TIRAGIAGGA DSSSVLPIGV SKKLARVLVD VNKARTMSQR LKLFSRLRLR DLMPVPPAVA EYSTGLRMGD TAEQMAKTYG ITREQQDALA HRSHQRAAQA WSDGKLKEEV MTAFIPPYKQ PLVEDNNIRG NSSLADYAKL RPAFDRKHGT VTAANSTPLT DGAAAVILMT ESRAKELGLV PLGYLRSYAF TAIDVWQDML LGPAWSTPLA LERAGLTMSD LTLIDMHEAF AAQTLANIQL LGSERFAREA LGRAHATGEV DDSKFNVLGG SIAYGHPFAA TGARMITQTL HELRRRGGGF GLVTACAAGG LGAAMVLEAE
要素 #1440名称: anEcTFE-beta / タイプ: protein / 記述: anaerobic 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI beta subunit / 分子量: 48.143 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P76503
配列: MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPNI AREIVLGTGM NVHTDAYSVS RACATSFQAV ANVAESLMAG TIRAGIAGGA DSSSVLPIGV SKKLARVLVD VNKARTMSQR ...配列:
MGSSHHHHHH SQDPMGQVLP LVTRQGDRIA IVSGLRTPFA RQATAFHGIP AVDLGKMVVG ELLARSEIPA EVIEQLVFGQ VVQMPEAPNI AREIVLGTGM NVHTDAYSVS RACATSFQAV ANVAESLMAG TIRAGIAGGA DSSSVLPIGV SKKLARVLVD VNKARTMSQR LKLFSRLRLR DLMPVPPAVA EYSTGLRMGD TAEQMAKTYG ITREQQDALA HRSHQRAAQA WSDGKLKEEV MTAFIPPYKQ PLVEDNNIRG NSSLADYAKL RPAFDRKHGT VTAANSTPLT DGAAAVILMT ESRAKELGLV PLGYLRSYAF TAIDVWQDML LGPAWSTPLA LERAGLTMSD LTLIDMHEAF AAQTLANIQL LGSERFAREA LGRAHATGEV DDSKFNVLGG SIAYGHPFAA TGARMITQTL HELRRRGGGF GLVTACAAGG LGAAMVLEAE

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: anEcTFE: Escherichia coli anaerobic fatty acid beta-oxidation trifunctional enzyme complex
測定日: 2015年9月22日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 1200 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.005 0.1711
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 264 /
MinMax
Q0.00504644 0.129032
P(R) point1 264
R0 195.7
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量535 kDa535 kDa
体積-856 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I058.74 58.9 0.14
慣性半径, Rg 6.15 nm6.19 nm0.02

MinMax
D-19.57
Guinier point1 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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