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万見
- SASDAE7: Structure of a complex between full length and truncated CS74L en... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAE7
試料Structure of a complex between full length and truncated CS74L endolysin
  • Endolysin CS74L (protein), CS74L, Clostridium phage phi8074-B1
機能・相同性Ami_3 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, catalytic domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / Endolysin CS74L
機能・相同性情報
生物種Clostridium phage phi8074-B1 (ファージ)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the CTP1L Endolysin Reveals How Its Activity Is Regulated by a Secondary Translation Product.
著者: Matthew Dunne / Stefan Leicht / Boris Krichel / Haydyn D T Mertens / Andrew Thompson / Jeroen Krijgsveld / Dmitri I Svergun / Natalia Gómez-Torres / Sonia Garde / Charlotte Uetrecht / Arjan ...著者: Matthew Dunne / Stefan Leicht / Boris Krichel / Haydyn D T Mertens / Andrew Thompson / Jeroen Krijgsveld / Dmitri I Svergun / Natalia Gómez-Torres / Sonia Garde / Charlotte Uetrecht / Arjan Narbad / Melinda J Mayer / Rob Meijers /
要旨: Bacteriophages produce endolysins, which lyse the bacterial host cell to release newly produced virions. The timing of lysis is regulated and is thought to involve the activation of a molecular ...Bacteriophages produce endolysins, which lyse the bacterial host cell to release newly produced virions. The timing of lysis is regulated and is thought to involve the activation of a molecular switch. We present a crystal structure of the activated endolysin CTP1L that targets Clostridium tyrobutyricum, consisting of a complex between the full-length protein and an N-terminally truncated C-terminal cell wall binding domain (CBD). The truncated CBD is produced through an internal translation start site within the endolysin gene. Mutants affecting the internal translation site change the oligomeric state of the endolysin and reduce lytic activity. The activity can be modulated by reconstitution of the full-length endolysin-CBD complex with free CBD. The same oligomerization mechanism applies to the CD27L endolysin that targets Clostridium difficile and the CS74L endolysin that targets Clostridium sporogenes. When the CTP1L endolysin gene is introduced into the commensal bacterium Lactococcus lactis, the truncated CBD is also produced, showing that the alternative start codon can be used in other bacterial species. The identification of a translational switch affecting oligomerization presented here has implications for the design of effective endolysins for the treatment of bacterial infections.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #257
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.00 A / カイ2乗値: 0.775
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モデル #258
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Ensemble Component: Heterotetramer (compact)
カイ2乗値: 0.664 / P-value: 0.051000
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モデル #259
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: Ensemble Component: Heterotetramer (extended) / カイ2乗値: 0.664 / P-value: 0.051000
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モデル #260
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: Ensemble Component: Free CTD of endolysin / カイ2乗値: 0.664 / P-value: 0.051000
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試料

試料名称: Structure of a complex between full length and truncated CS74L endolysin
試料濃度: 1.00-6.80
バッファ名称: 20 mM HEPES / pH: 7.4
要素 #156名称: CS74L / タイプ: protein / 記述: Endolysin CS74L / 分子量: 31.1 / 由来: Clostridium phage phi8074-B1 / 参照: UniProt: I1TJX3
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKIGIDMGHT LSGADYGVVG LRPESVLTRE VGTKVIYKLQ KLGHVVVNCT VDKASSVSES LYTRYYRANQ ANVDLFISIH FNATPGGTGT EVYTYAGRQL GEATRIRQEF KSLGLRDRGT KDGSGLAVIR NTKAKAMLVE CCFCDNPNDM ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKIGIDMGHT LSGADYGVVG LRPESVLTRE VGTKVIYKLQ KLGHVVVNCT VDKASSVSES LYTRYYRANQ ANVDLFISIH FNATPGGTGT EVYTYAGRQL GEATRIRQEF KSLGLRDRGT KDGSGLAVIR NTKAKAMLVE CCFCDNPNDM KLYNSESFSN AIVKGITGKL PNGESGNNNQ GGNKVKAVVI YNEGADRRGA EYLADYLNCP TISNSRTFDY SCVEHVYAVG GKKEQYTKYL KTLLSGANRY DTMQQILNFI NGGK

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: CS74L Endolysin / 測定日: 2011年3月17日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1628 6.0241
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 315 /
MinMax
Q0.2845 2.004
P(R) point1 315
R0 14
結果
D max: 140 / カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量38.4 kDa38.4 kDa49.5 kDa
体積--79 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I051.9 50.3
慣性半径, Rg 3.8 nm3.6 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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