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万見
- SASDES6: The 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDES6
試料The 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28
  • Proteasome activator PA28 (protein), PA28, Plasmodium falciparum (isolate 3D7)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / MAPK6/MAPK4 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation ...Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / MAPK6/MAPK4 signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / proteasome activator complex / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / endopeptidase activator activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome activator 28 subunit beta, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
引用日付: 2019 Aug 5
タイトル: The structure of the PA28–20S proteasome complex from Plasmodium falciparum and implications for proteostasis
著者: Xie S / Metcalfe R / Hanssen E / Yang T / Gillett D / Leis A / Morton C / Kuiper M / Parker M / Spillman N / Wong W / Tsu C / Dick L / Griffin M
登録者
  • Riley D. Metcalfe (Bio21 Institute, The University of Melbourne, Melbourne, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2502
タイプ: mix / ソフトウェア: (CORAL05) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P7
コメント: Model of the flexible regions of PfPA28. P7 symmetry in core and flexible regions.
カイ2乗値: 5.56
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2501
タイプ: mix / ソフトウェア: (CORAL05) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1
コメント: Model of the flexible regions of PfPA28. P1 symmetry in flexible regions, P7 in core.
カイ2乗値: 4.69
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2498
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P7 / カイ2乗値: 1.87 / P-value: 0.000023
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: The 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28
試料濃度: 10 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 0.1% sodium azide
pH: 7.4
要素 #1333名称: PA28 / タイプ: protein / 記述: Proteasome activator PA28 / 分子量: 33.182 / 分子数: 7 / 由来: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) / 参照: UniProt: Q8I374
配列: GMEAYLNKID KIEPSDQKIK EEYNKFKYDI TKQAIESLRE RIPKRIIFFN NLVNVNSEPG SILNVNDLDG VSYKYKINKI EENVRKKHKG NNSSDFDERE KKKDSLDGHV KHFSNNEDSK LIIDDKVLYT HYVPSHKQIY LELEKIKTYA SELIEIIGNI KLWIQLNVPR ...配列:
GMEAYLNKID KIEPSDQKIK EEYNKFKYDI TKQAIESLRE RIPKRIIFFN NLVNVNSEPG SILNVNDLDG VSYKYKINKI EENVRKKHKG NNSSDFDERE KKKDSLDGHV KHFSNNEDSK LIIDDKVLYT HYVPSHKQIY LELEKIKTYA SELIEIIGNI KLWIQLNVPR IEDGNNFGVG IQEEAIQELA RVEESAFNLY DAIVKYYMER AKISTKVLKY PNVSDYQEAV RELDEKEWIH IKITIVDMRN NYIMLYDLLY KNWEKVVKPK NEDAHHRMTF

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.682 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: The 11S subunit of the Plasmodium falciparum proteasome, PA28
測定日: 2017年12月2日 / セル温度: 22 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0053 0.3356
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 451 /
MinMax
Q0.009555 0.184991
P(R) point1 451
R0 129
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量263 kDa302 kDa
体積-484 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.2657 0.27 0.00019
慣性半径, Rg 4.25 nm4.326 nm0.005

MinMax
D-12.9
Guinier point12 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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