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万見
- SASDEZ3: Tryparedoxin, oxidized state (Tryparedoxin) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEZ3
試料Tryparedoxin, oxidized state
  • Tryparedoxin (protein), Trypanosoma brucei brucei
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / nucleus
類似検索 - 分子機能
TryX and NRX, thioredoxin domain / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2019
タイトル: Inhibitor-Induced Dimerization of an Essential Oxidoreductase from African Trypanosomes.
著者: Annika Wagner / Thien Anh Le / Martha Brennich / Philipp Klein / Nicole Bader / Erika Diehl / Daniel Paszek / A Katharina Weickhmann / Natalie Dirdjaja / R Luise Krauth-Siegel / Bernd Engels ...著者: Annika Wagner / Thien Anh Le / Martha Brennich / Philipp Klein / Nicole Bader / Erika Diehl / Daniel Paszek / A Katharina Weickhmann / Natalie Dirdjaja / R Luise Krauth-Siegel / Bernd Engels / Till Opatz / Hermann Schindelin / Ute A Hellmich /
要旨: Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus ...Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus constitute promising drug targets. Tryparedoxin (Tpx) from Trypanosoma brucei is the essential oxidoreductase in the parasite's hydroperoxide-clearance cascade. In vitro and in vivo functional assays show that a small, selective inhibitor efficiently inhibits Tpx. With X-ray crystallography, SAXS, analytical SEC, SEC-MALS, MD simulations, ITC, and NMR spectroscopy, we show how covalent binding of this monofunctional inhibitor leads to Tpx dimerization. Intra- and intermolecular inhibitor-inhibitor, protein-protein, and inhibitor-protein interactions stabilize the dimer. The behavior of this efficient antitrypanosomal molecule thus constitutes an exquisite example of chemically induced dimerization with a small, monovalent ligand that can be exploited for future drug design.
登録者
  • Martha Brennich (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Grenoble Outstation, Grenoble, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2322
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.79 / P-value: 0.000382
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モデル #2323
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.63 / P-value: 0.001909
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2325
タイプ: atomic / カイ2乗値: 2.40
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2326
タイプ: atomic / カイ2乗値: 2.40
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試料

試料名称: Tryparedoxin, oxidized state
バッファ名称: 10 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl / pH: 7.5
要素 #1225タイプ: protein / 記述: Tryparedoxin / 分子量: 15.817 / 分子数: 1 / 由来: Trypanosoma brucei brucei / 参照: UniProt: O77404
配列:
GSGLAKYLPG ATNLLSKSGE VSLGSLVGKT VFLYFSASWC PPCRGFTPVL AEFYEKHHVA KNFEVVLISW DENESDFHDY YGKMPWLALP FDQRSTVSEL GKTFGVESIP TLITINADTG AIIGTQARTR VIEDPDGANF PWPN

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.869 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Tryparedoxin, oxidized state / 測定日: 2018年5月31日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0373 4.9279
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 821 /
MinMax
Q0.173368 4.02204
P(R) point1 821
R0 6.5
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC column type: GE Healthcare S75 3.2/300; Sample Injection Concentration = 10 mg/mL; Column flow-rate = 0.1 mL/min.
実験値Porod
分子量16.1 kDa16.1 kDa
体積-27.46 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I010.69 10.69 0.01
慣性半径, Rg 1.621 nm1.61 nm0.12

MinMax
D-6.5
Guinier point24 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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