PDB-3peb: The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3peb

タイトル

The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus.

要素

Dipeptidase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Creatinase_N domain / pfam01321 / stu0629

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus.
著者: Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3peb.cif.gz	82.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3peb.ent.gz	59.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3peb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3peb_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3peb_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	3peb_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	3peb_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3peb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3peb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dux-1 1o8w-d 1o8x-d 3gl3-2 3c73-2 6a65-d 1fil-d 5yed-d 5xxs-1 5vau-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc64016.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.503, 70.503, 160.388
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-151- HOH

#1: タンパク質	Dipeptidase 分子量: 15816.548 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 株: LMG 18311 / 遺伝子: pepQ, stu0629 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5M567
#2: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1M CHES pH 9.5, 1.0M Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97937 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 23.8 % / Av σ(I) over netI: 64.13 / 数: 486484 / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.59 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.02	50	98.8	1	0.066	5.531	22.1
3.99	5.02	99.8	1	0.054	3.181	25.1
3.48	3.99	99.9	1	0.054	2.762	25.8
3.16	3.48	100	1	0.061	2.304	26.1
2.94	3.16	100	1	0.071	1.948	26
2.76	2.94	100	1	0.077	1.614	25.8
2.63	2.76	100	1	0.09	1.369	25.5
2.51	2.63	100	1	0.102	1.254	25.5
2.41	2.51	100	1	0.122	1.163	25.2
2.33	2.41	100	1	0.13	1.057	25.1
2.26	2.33	100	1	0.151	1.004	25.1
2.19	2.26	100	1	0.17	0.956	24.9
2.14	2.19	100	1	0.192	0.915	25
2.08	2.14	100	1	0.233	0.847	25.1
2.04	2.08	100	1	0.285	0.816	25
1.99	2.04	100	1	0.324	0.78	24.1
1.95	1.99	100	1	0.418	0.72	21.9
1.92	1.95	99	1	0.511	0.673	19
1.88	1.92	96.6	1	0.658	0.658	16.8
1.85	1.88	94.6	1	0.782	0.628	15.4

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 20449 / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Χ²: 1.59 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	15.4	0.782	917	0.628	94.6
1.88-1.92	16.8	0.658	965	0.658	96.6
1.92-1.95	19	0.511	1016	0.673	99
1.95-1.99	21.9	0.418	984	0.72	100
1.99-2.04	24.1	0.324	1006	0.78	100
2.04-2.08	25	0.285	997	0.816	100
2.08-2.14	25.1	0.233	1014	0.847	100
2.14-2.19	25	0.192	1008	0.915	100
2.19-2.26	24.9	0.17	1009	0.956	100
2.26-2.33	25.1	0.151	1014	1.004	100
2.33-2.41	25.1	0.13	1007	1.057	100
2.41-2.51	25.2	0.122	1016	1.163	100
2.51-2.63	25.5	0.102	1019	1.254	100
2.63-2.76	25.5	0.09	1026	1.369	100
2.76-2.94	25.8	0.077	1037	1.614	100
2.94-3.16	26	0.071	1030	1.948	100
3.16-3.48	26.1	0.061	1046	2.304	100
3.48-3.99	25.8	0.054	1059	2.762	99.9
3.99-5.02	25.1	0.054	1094	3.181	99.8
5.02-50	22.1	0.066	1185	5.531	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.3 / FOM acentric: 0.368 / FOM centric: 0 / 反射: 19288 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.82 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.01-50	1.53	0.4	0.2	30	69
6.82-12.01	1.64	0.3	0.2	217	181
4.76-6.82	1.57	0.3	0.1	592	290
3.66-4.76	1.08	0.2	0.2	1145	393
2.97-3.66	1.34	0.1	0.1	1887	498
2.5-2.97	2.36	0.1	0	2801	613
2.16-2.5	3.01	0.1	0	3894	718
1.9-2.16	4.76	0	0	5164	796

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

ID	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	37.8733	0.136	0.765	0.054	4.066
2	54.8932	0.068	0.631	-0.036	3.432
3	105.2141	0.021	0.673	-0.085	3.171

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.01-50	0.165	0.544	99	30	69
6.82-12.01	0.359	0.658	398	217	181
4.76-6.82	0.405	0.604	882	592	290
3.66-4.76	0.447	0.601	1538	1145	393
2.97-3.66	0.448	0.566	2385	1887	498
2.5-2.97	0.398	0.485	3414	2801	613
2.16-2.5	0.293	0.347	4612	3894	718
1.9-2.16	0.135	0.156	5960	5164	796

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 20352

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
6.8-100	73.4	0.753	506
5.32-6.8	63.9	0.86	504
4.61-5.32	59.6	0.88	511
4.16-4.61	65.2	0.894	509
3.84-4.16	57.8	0.889	524
3.59-3.84	58.6	0.898	541
3.38-3.59	60.4	0.884	579
3.2-3.38	61.6	0.895	608
3.05-3.2	60.8	0.892	648
2.92-3.05	59.1	0.88	660
2.8-2.92	64.5	0.886	702
2.7-2.8	59.9	0.874	722
2.6-2.7	60.3	0.883	740
2.52-2.6	61.2	0.892	756
2.44-2.52	61.9	0.878	799
2.38-2.44	61.3	0.885	815
2.31-2.38	61.4	0.89	835
2.25-2.31	67.4	0.88	849
2.2-2.25	67	0.898	856
2.15-2.2	62	0.886	894
2.1-2.15	67.1	0.873	909
2.05-2.1	69.7	0.869	939
2.01-2.05	72	0.884	925
1.97-2.01	75.9	0.862	976
1.94-1.97	76.9	0.844	974
1.9-1.94	76.8	0.808	976
1.85-1.9	88.5	0.751	1095

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.86→34.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.1871 / WR_factor R_work: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.9098 / SU B: 4.157 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.0999 / SU R_free: 0.0951 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.095
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1904	1034	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1703	-	-	-
all	0.1713	20287	-	-
obs	0.1713	20287	98.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.66 Å² / B_iso mean: 35.5082 Å² / B_iso min: 20.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.25 Å²	0.63 Å²	0 Å²
2-	-	1.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→34.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1068	0	55	160	1283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.969	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.861	3.003	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.489	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.19	23.871	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.011	15	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.224	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.809	1.5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.221	1.5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.353	3	508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.947	4.5	481

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	80	-
R_work	0.228	1231	-
all	-	1311	-
obs	-	-	88.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.7707 Å / Origin y: 19.5791 Å / Origin z: -5.1925 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0809 Å²	-0.018 Å²	0.0276 Å²	-	0.0191 Å²	0.0058 Å²	-	-	0.0259 Å²
L	2.1761 °²	-0.1526 °²	-0.7847 °²	-	1.9064 °²	0.6892 °²	-	-	2.7434 °²
S	-0.0751 Å °	0.0301 Å °	-0.0302 Å °	0.2011 Å °	0.0128 Å °	0.0392 Å °	-0.0232 Å °	0.0482 Å °	0.0623 Å °

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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