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- PDB-3peb: The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3peb | ||||||
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Title | The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus. | ||||||
![]() | Dipeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Creatinase_N domain / pfam01321 / stu0629 | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The Structure of a Creatine_N Superfamily domain of a dipeptidase from Streptococcus thermophilus. Authors: Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 78 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 60.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 446.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 15816.548 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: N-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-NHE / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.64 Å3/Da / Density % sol: 66.19 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.5 Details: 0.1M CHES pH 9.5, 1.0M Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 23.8 % / Av σ(I) over netI: 64.13 / Number: 486484 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.59 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. all: 20449 / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 23.8 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.59 / Net I/σ(I): 9.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.3 / FOM acentric: 0.368 / FOM centric: 0 / Reflection: 19288 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.82 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 50 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 15730 / Reflection centric: 3558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site | Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 20352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.66 Å2 / Biso mean: 35.5082 Å2 / Biso min: 20.43 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→34.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.7707 Å / Origin y: 19.5791 Å / Origin z: -5.1925 Å
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