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万見
- SASDAR6: human CSF-1:CSF-1R extracellular signalling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAR6
試料human CSF-1:CSF-1R extracellular signalling complex
  • Macrophage colony-stimulating factor 1 (protein), hCSF-1, Homo sapiens
  • Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor (protein), hCSF-1R, Homo sapiens
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure and Assembly Mechanism of the Signaling Complex Mediated by Human CSF-1.
著者: Jan Felix / Steven De Munck / Kenneth Verstraete / Leander Meuris / Nico Callewaert / Jonathan Elegheert / Savvas N Savvides /
要旨: Human colony-stimulating factor 1 receptor (hCSF-1R) is unique among the hematopoietic receptors because it is activated by two distinct cytokines, CSF-1 and interleukin-34 (IL-34). Despite ever- ...Human colony-stimulating factor 1 receptor (hCSF-1R) is unique among the hematopoietic receptors because it is activated by two distinct cytokines, CSF-1 and interleukin-34 (IL-34). Despite ever-growing insights into the central role of hCSF-1R signaling in innate and adaptive immunity, inflammatory diseases, and cancer, the structural basis of the functional dichotomy of hCSF-1R has remained elusive. Here, we report crystal structures of ternary complexes between hCSF-1 and hCSF-1R, including their complete extracellular assembly, and propose a mechanism for the cooperative human CSF-1:CSF-1R complex that relies on the adoption by dimeric hCSF-1 of an active conformational state and homotypic receptor interactions. Furthermore, we trace the cytokine-binding duality of hCSF-1R to a limited set of conserved interactions mediated by functionally equivalent residues on CSF-1 and IL-34 that play into the geometric requirements of hCSF-1R activation, and map the possible mechanistic consequences of somatic mutations in hCSF-1R associated with cancer.
登録者
  • Jan Felix

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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モデル

モデル #216
タイプ: mix / ソフトウェア: SASREF / 対称性: P2 / カイ2乗値: 2.23603086735
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: human CSF-1:CSF-1R extracellular signalling complex / 試料濃度: 0.50-10.00 / Entity id: 130 / 131
バッファ名称: 50 mM NaH2PO4, 100 m / pH: 7.4
要素 #130名称: hCSF-1 / タイプ: protein / 記述: Macrophage colony-stimulating factor 1 / 分子量: 17.436 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens
配列:
EEVSEYCSHM IGSGHLQSLQ RLIDSQMETS CQITFEFVDQ EQLKDPVCYL KKAFLLVQDI MEDTMRFRDN TPNAIAIVQL QELSLRLKSC FTKDYEEHDK ACVRTFYETP LQLLEKVKNV FNETKNLLDK DWNIFSKNCN NSFAECSSQ
要素 #131名称: hCSF-1R / タイプ: protein / 記述: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / 分子量: 53.554 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens
配列: IPVIEPSVPE LVVKPGATVT LRCVGNGSVE WDGPPSPHWT LYSDGSSSIL STNNATFQNT GTYRCTEPGD PLGGSAAIHL YVKDPARPWN VLAQEVVVFE DQDALLPCLL TDPVLEAGVS LVRVRGRPLM RHTNYSFSPW HGFTIHRAKF IQSQDYQCSA LMGGRKVMSI ...配列:
IPVIEPSVPE LVVKPGATVT LRCVGNGSVE WDGPPSPHWT LYSDGSSSIL STNNATFQNT GTYRCTEPGD PLGGSAAIHL YVKDPARPWN VLAQEVVVFE DQDALLPCLL TDPVLEAGVS LVRVRGRPLM RHTNYSFSPW HGFTIHRAKF IQSQDYQCSA LMGGRKVMSI SIRLKVQKVI PGPPALTLVP AELVRIRGEA AQIVCSASSV DVNFDVFLQH NNTKLAIPQQ SDFHNNRYQK VLTLNLDQVD FQHAGNYSCV ASNVQGKHST SMFFRVVESA YLNLSSEQNL IQEVTVGEGL NLKVMVEAYP GLQGFNWTYL GPFSDHQPEP KLANATTKDT YRHTFTLSLP RLKPSEAGRY SFLARNPGGW RALTFELTLR YPPEVSVIWT FINGSGTLLC AASGYPQPNV TWLQCSGHTD RCDEAQVLQV WDDPYPEVLS QEPFHKVTVQ SLLTVETLEH NQTYECRAHN SVGSGSWAFI PISAGTKHHH HHH

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: human CSF-1:CSF-1R extracellular signalling comple
測定日: 2009年3月13日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 8 sec. / フレーム数: 15 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0731 4.84
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 464 /
MinMax
Q0.01105 0.2503
P(R) point1 464
R0 178.8
結果
D max: 17.9 / カーブのタイプ: merged
コメント: SAXS data acquisition for the glycosylated ternary hCSF-1:hCSF-1R full ectodomain complex (MW including glycans: 158 kDa) and subsequent data processing were performed as described in ...コメント: SAXS data acquisition for the glycosylated ternary hCSF-1:hCSF-1R full ectodomain complex (MW including glycans: 158 kDa) and subsequent data processing were performed as described in Elegheert et al., 2011 and Felix et al., 2013 respectively (see references). Rigid-body refinements of the hCSF-1:hCSF-1R complex were performed using the online version of SASREF. For each run, data to 0.25 angstrom-1 was used while imposing P2 symmetry. The crystal structure of full length hCSF-1:hCSF-1R without D1 was taken as a starting rigid-body core (PDB ID: 4WRM). D1 was added as a separate rigid body with a contact restraint of 4 angstrom between its C-terminus and the N-terminus of hCSF-1RD2-D5, as well as 5 N-linked glycans containing a 'dummy' Asparagine residue (Asn-GlcNac2Man5) with 1 angstrom restraints to the C-alpha of truncated Asparagine residues on hCSF-1RD2-D5 (N73, N153, N240, N275 and N353). The SASREF calculated fit of the model to the experimental data gave a chi-squared of 1.65, recalculation of the fit using Crysol and FoXS gave a chi-squared of 3.0 and 1.5 respectively. Here, the fit calculated with FoXS is presented. Felix, J., Elegheert, J., Gutsche, I., Shkumatov, A.V., Wen, Y., Bracke, N., Pannecoucke, E., Vandenberghe, I., Devreese, B., Svergun, D.I., et al. (2013). Human IL-34 and CSF-1 establish structurally similar extracellular assemblies with their common hematopoietic receptor. Structure 21, 528-539. Elegheert, J., Desfosses, A., Shkumatov, A.V., Wu, X., Bracke, N., Verstraete, K., Van Craenenbroeck, K., Brooks, B.R., Svergun, D.I., Vergauwen, B., et al. (2011). Extracellular Complexes of the Hematopoietic Human and Mouse CSF-1 Receptor Are Driven by Common Assembly Principles. Structure 19, 1762-1772.
実験値StandardPorod
分子量185 kDa185 kDa-
体積--298.52 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I0187.7 188.32
慣性半径, Rg 5.67 nm5.67 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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