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- PDB-4wrm: Structure of the human CSF-1:CSF-1R complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wrm
タイトルStructure of the human CSF-1:CSF-1R complex
要素
  • Macrophage colony-stimulating factor 1
  • Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / cytokine-cytokine receptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte activation / positive regulation of macrophage migration / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth ...regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte activation / positive regulation of macrophage migration / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / neutrophil homeostasis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of macrophage proliferation / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of bone resorption / Other interleukin signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of cell motility / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / growth factor binding / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / hemopoiesis / regulation of MAPK cascade / monocyte differentiation / positive regulation of protein metabolic process / macrophage differentiation / Transcriptional Regulation by VENTX / regulation of ossification / positive regulation of chemokine production / homeostasis of number of cells within a tissue / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / osteoclast differentiation / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / cytokine activity / regulation of actin cytoskeleton organization / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / cell migration / regulation of cell shape / positive regulation of protein phosphorylation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : ...Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Macrophage colony-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.853 Å
データ登録者Felix, J. / De Munck, S. / Elegheert, J. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure and Assembly Mechanism of the Signaling Complex Mediated by Human CSF-1.
著者: Jan Felix / Steven De Munck / Kenneth Verstraete / Leander Meuris / Nico Callewaert / Jonathan Elegheert / Savvas N Savvides /
要旨: Human colony-stimulating factor 1 receptor (hCSF-1R) is unique among the hematopoietic receptors because it is activated by two distinct cytokines, CSF-1 and interleukin-34 (IL-34). Despite ever- ...Human colony-stimulating factor 1 receptor (hCSF-1R) is unique among the hematopoietic receptors because it is activated by two distinct cytokines, CSF-1 and interleukin-34 (IL-34). Despite ever-growing insights into the central role of hCSF-1R signaling in innate and adaptive immunity, inflammatory diseases, and cancer, the structural basis of the functional dichotomy of hCSF-1R has remained elusive. Here, we report crystal structures of ternary complexes between hCSF-1 and hCSF-1R, including their complete extracellular assembly, and propose a mechanism for the cooperative human CSF-1:CSF-1R complex that relies on the adoption by dimeric hCSF-1 of an active conformational state and homotypic receptor interactions. Furthermore, we trace the cytokine-binding duality of hCSF-1R to a limited set of conserved interactions mediated by functionally equivalent residues on CSF-1 and IL-34 that play into the geometric requirements of hCSF-1R activation, and map the possible mechanistic consequences of somatic mutations in hCSF-1R associated with cancer.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
B: Macrophage colony-stimulating factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4792
ポリマ－74,4792
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area31230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.470, 281.470, 91.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 54721.512 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 20-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R, FMS / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 / MCSF / Lanimostim


分子量: 19757.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 33-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09603
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 7 Å3/Da / 溶媒含有率: 85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0 and 8% w/v PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0015 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.8→48.752 Å / Num. obs: 3953 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 238.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.33
反射 シェル解像度: 6.8→7.21 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1685)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WRL and 4LIQ

4wrl

4liq


解像度: 6.853→48.752 Å / SU ML: 1.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 39.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3593 311 9.74 %
Rwork0.3263 --
obs0.3299 3194 82.66 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 313.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.853→48.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 0 0 4524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2821641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.8533-8.62660.43011120.37541091X-RAY DIFFRACTION65
8.6266-48.75320.33651990.30971792X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -69.5998 Å / Origin y: 163.7688 Å / Origin z: -6.8841 Å
111213212223313233
T2.9341 Å2-0.2475 Å2-0.4947 Å2-2.5904 Å2-1.4313 Å2--2.926 Å2
L0.3858 °20.3954 °20.1659 °2-0.47 °20.0338 °2--1.1419 °2
S-0.5994 Å °-0.3743 Å °0.2151 Å °-0.517 Å °0.3342 Å °-0.5155 Å °-0.0079 Å °0.7508 Å °-1.5123 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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