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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4btg
タイトルCoordinates of the bacteriophage phi6 capsid subunits (P1A and P1B) fitted into the cryoEM reconstruction of the procapsid at 4.4 A resolution
要素MAJOR INNER PROTEIN P1
キーワードVIRUS / CYSTOVIRIDAE / PROCAPSID STRUCTURE / FLEXIBLE FITTING
機能・相同性: / Major inner capsid protein P1 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Nemecek, D. / Boura, E. / Wu, W. / Cheng, N. / Plevka, P. / Qiao, J. / Mindich, L. / Heymann, J.B. / Hurley, J.H. / Steven, A.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Subunit folds and maturation pathway of a dsRNA virus capsid.
著者: Daniel Nemecek / Evzen Boura / Weimin Wu / Naiqian Cheng / Pavel Plevka / Jian Qiao / Leonard Mindich / J Bernard Heymann / James H Hurley / Alasdair C Steven /
要旨: The cystovirus ϕ6 shares several distinct features with other double-stranded RNA (dsRNA) viruses, including the human pathogen, rotavirus: segmented genomes, nonequivalent packing of 120 subunits ...The cystovirus ϕ6 shares several distinct features with other double-stranded RNA (dsRNA) viruses, including the human pathogen, rotavirus: segmented genomes, nonequivalent packing of 120 subunits in its icosahedral capsid, and capsids as compartments for transcription and replication. ϕ6 assembles as a dodecahedral procapsid that undergoes major conformational changes as it matures into the spherical capsid. We determined the crystal structure of the capsid protein, P1, revealing a flattened trapezoid subunit with an α-helical fold. We also solved the procapsid with cryo-electron microscopy to comparable resolution. Fitting the crystal structure into the procapsid disclosed substantial conformational differences between the two P1 conformers. Maturation via two intermediate states involves remodeling on a similar scale, besides huge rigid-body rotations. The capsid structure and its stepwise maturation that is coupled to sequential packaging of three RNA segments sets the cystoviruses apart from other dsRNA viruses as a dynamic molecular machine.
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
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  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2364
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2364
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR INNER PROTEIN P1
B: MAJOR INNER PROTEIN P1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,3272
ポリマ－168,3272
非ポリマー00
水00
1
A: MAJOR INNER PROTEIN P1
B: MAJOR INNER PROTEIN P1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,099,641120
ポリマ－10,099,641120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: MAJOR INNER PROTEIN P1
B: MAJOR INNER PROTEIN P1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 842 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)841,63710
ポリマ－841,63710
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: MAJOR INNER PROTEIN P1
B: MAJOR INNER PROTEIN P1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.01 MDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,009,96412
ポリマ－1,009,96412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.309014, -0.951057), (0.951057, 0.309014), (1)
3generate(-0.80902, -0.587781), (0.587781, -0.80902), (1)
4generate(-0.809012, 0.587793), (-0.587793, -0.809012), (1)
5generate(0.309028, 0.951053), (-0.951053, 0.309028), (1)
6generate(-1, 7.0E-6), (1), (-7.0E-6, -1)
7generate(-0.309014, -0.951057, 2.0E-6), (-0.951057, 0.309014, 7.0E-6), (-7.0E-6, -1)
8generate(0.80902, -0.587781, -6.0E-6), (-0.587781, -0.80902, 4.0E-6), (-7.0E-6, -1)
9generate(0.809012, 0.587793, -6.0E-6), (0.587793, -0.809012, -4.0E-6), (-7.0E-6, -1)
10generate(-0.309028, 0.951053, 2.0E-6), (0.951053, 0.309028, -7.0E-6), (-7.0E-6, -1)
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18generate(-0.138187, 0.425325, 0.894429), (-0.951058, -0.309011, 6.0E-6), (0.276391, -0.850653, 0.44721)
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33generate(-0.138207, -0.425319, 0.894429), (0.951052, -0.309031, 6.0E-6), (0.276403, 0.850649, 0.44721)
34generate(-0.947213, 0.162477, 0.276385), (0.162445, -0.499997, 0.850655), (0.276403, 0.850649, 0.44721)
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36generate(-0.361869, 0.262914, -0.894386), (0.587786, 0.809016), (0.723573, -0.525708, -0.447295)
37generate(-0.670841, -0.688177, -0.276378), (-0.162524, 0.500044, -0.850613), (0.723573, -0.525708, -0.447295)
38generate(-0.05273, -0.688227, 0.723577), (-0.688231, -0.499975, -0.525703), (0.723573, -0.525708, -0.447295)
39generate(0.638253, 0.262833, 0.723569), (-0.262822, -0.809043, 0.525714), (0.723573, -0.525708, -0.447295)
40generate(0.447188, 0.850665, -0.27639), (0.525799, -3.7E-5, 0.850609), (0.723573, -0.525708, -0.447295)
41generate(0.138224, 0.425402, -0.894386), (0.951055, -0.309021), (-0.276384, -0.850611, -0.447295)
42generate(-0.861795, 0.425352, -0.276378), (0.425348, 0.30909, -0.850613), (-0.276384, -0.850611, -0.447295)
43generate(-0.670838, -0.162522, 0.723577), (-0.688178, 0.500048, -0.525703), (-0.276384, -0.850611, -0.447295)
44generate(0.447198, -0.525796, 0.723569), (-0.850662, -4.7E-5, 0.525714), (-0.276384, -0.850611, -0.447295)
45generate(0.947219, -0.162434, -0.27639), (0.162445, -0.500076, 0.850609), (-0.276384, -0.850611, -0.447295)
46generate(0.447295, -3.0E-6, -0.894386), (-7.0E-6, -1), (-0.894386, 6.0E-6, -0.447295)
47generate(0.138227, 0.951056, -0.276378), (0.425401, -0.309017, -0.850613), (-0.894386, 6.0E-6, -0.447295)
48generate(-0.361867, 0.587783, 0.723577), (0.262917, 0.809018, -0.525703), (-0.894386, 6.0E-6, -0.447295)
49generate(-0.361871, -0.58779, 0.723569), (-0.262911, 0.809014, 0.525714), (-0.894386, 6.0E-6, -0.447295)
50generate(0.13822, -0.951054, -0.27639), (-0.425404, -0.309025, 0.850609), (-0.894386, 6.0E-6, -0.447295)
51generate(0.138217, -0.425404, -0.894386), (-0.95106, -0.309007), (-0.276372, 0.850615, -0.447295)
52generate(0.947223, 0.162427, -0.276378), (-0.162438, -0.500072, -0.850613), (-0.276372, 0.850615, -0.447295)
53generate(0.447194, 0.525789, 0.723577), (0.850668, -5.1E-5, -0.525703), (-0.276372, 0.850615, -0.447295)
54generate(-0.670845, 0.162525, 0.723569), (0.688175, 0.50004, 0.525714), (-0.276372, 0.850615, -0.447295)
55generate(-0.861795, -0.425344, -0.27639), (-0.425356, 0.30909, 0.850609), (-0.276372, 0.850615, -0.447295)
56generate(-0.361873, -0.262909, -0.894386), (-0.587775, 0.809025), (0.723581, 0.525698, -0.447295)
57generate(0.447183, -0.850672, -0.276378), (-0.525793, -4.1E-5, -0.850613), (0.723581, 0.525698, -0.447295)
58generate(0.638245, -0.262831, 0.723577), (0.26282, -0.80905, -0.525703), (0.723581, 0.525698, -0.447295)
59generate(-0.05273, 0.688235, 0.723569), (0.688223, -0.499975, 0.525714), (0.723581, 0.525698, -0.447295)
60generate(-0.670834, 0.688179, -0.27639), (0.162521, 0.500051, 0.850609), (0.723581, 0.525698, -0.447295)

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要素

#1: タンパク質 MAJOR INNER PROTEIN P1 / CAPSID SUBUNIT OF THE BACTERIOPHAGE PHI6


分子量: 84163.672 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-761 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
プラスミド: PLM3572 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P11126

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: P1247 PHI6 PROCAPSID / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5 MM MGCL2 / pH: 8 / 詳細: 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5 MM MGCL2
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年11月20日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 46000 X / 倍率（補正後）: 44739 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 220
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2MDFFモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4Bsoft３次元再構成
5EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: PARTICLES FROM EACH MICROGRAPH
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 粒子像の数: 18326 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.397 Å
倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITHIN PROCAPSID SHELL
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2364. (DEPOSITION ID: 11635).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 4K7H

4k7h


Accession code: 4K7H / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 4.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11840 0 0 0 11840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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