SASDAK2: Myo in PBS (Myoglobin)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDAK2

試料

Myo in PBS

• Myoglobin (protein), Equus caballus

機能・相同性

分子機能:

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding

ドメイン・相同性:

Myoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily

構成要素:

Myoglobin

• 生物種: Equus caballus (ウマ)

登録者

• Darja Ruskule (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #19: ; タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.835396; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
• モデル #20: ; タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.1025; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: Myo in PBS / Ext coefficient: 8.18 / Contrast: 2.738 / Specific vol: 0.748 / Purity method: gel filtration / Dry vol: 20669 / Sample MW: 17 kDa / 試料濃度: 25 mg/ml / 濃度測定法: nanodrop
• バッファ: 名称: PBS / PK: 7 / pH: 7.4

要素 #15

タイプ: protein / 記述: Myoglobin / 分子量: 17.08 / 分子数: 1 / 由来: Equus caballus / 参照: UniProt: P68082
配列:

MGLSDGEWQQ VLNVWGKVEA DIAGHGQEVL IRLFTGHPET LEKFDKFKHL KTEAEMKASE DLKKHGTVVL TALGGILKKK GHHEAELKPL AQSHATKHKI PIKYLEFISD AIIHVLHSKH PGDFGADAQG AMTKALELFR NDIAAKYKEL GFQG

実験情報

• ビーム: 設備名称: DORIS III EMBL X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm

スキャン

タイトル: Myo in PBS / 測定日: 2012年9月20日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.0871	17.6902

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1991 /

	Min	Max
Q	0.248434	5.69191
P(R) point	1	1991
R	0	5

結果

カーブのタイプ: merged / Standard: BSA /

	実験値	Standard	Porod
分子量	11 kDa	11 kDa	-
体積	-	-	32 nm3

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	10.7	10.6
慣性半径, Rg	1.65 nm	1.64 nm

	Min	Max
D	-	5
Guinier point	96	260