+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nss | ||||||
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Title | Nitrobenzene Modified Horse Heart Myoglobin | ||||||
Components | Myoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / nitroso / nitro / nitrite / nitric oxide / no / heme / myoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equus caballus (horse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Nitrosoalkane and Nitrosoarene Binding to Myoglobin and Heme Models Authors: Copeland, D.M. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2nss.cif.gz | 50.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2nss.ent.gz | 34.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2nss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/2nss | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2nsrC 1npgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16983.514 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Equus caballus (horse) / Organ: Heart / References: UniProt: P68082 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HEM / | #4: Chemical | ChemComp-NBE / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.78 Å3/Da / Density % sol: 35.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: Ammonium sulfate, Tris-HCL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 10, 2006 / Details: OSMIC MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: OSMIC / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→21.91 Å / Num. obs: 8578 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.88 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 12.5 / Scaling rejects: 318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing MR | Rfactor: 0.344 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.734
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1NPG Resolution: 2→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.15 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→19.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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