PDB-5yl3: Crystal structure of horse heart myoglobin reconstituted with man...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yl3

タイトル

Crystal structure of horse heart myoglobin reconstituted with manganese porphycene in resting state at pH 8.5

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN STORAGE / GLOBIN FOLD / OXYGEN TRANSPORT / MUSCLES

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

Model details

horse heart myoglobin reconstituted with manganese porphycene

データ登録者

Oohora, K. / Meichin, H. / Kihira, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Hayashi, T.

資金援助

日本, 6件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science	JP15H05804	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP15H00873	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP16K14036	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP16H06045	日本
Japan Society for the Promotion of Science	JP16H00837	日本
Japan Science and Technology	JPMJPR15S2	日本

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Manganese(V) Porphycene Complex Responsible for Inert C-H Bond Hydroxylation in a Myoglobin Matrix.
著者: Oohora, K. / Meichin, H. / Kihira, Y. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Hayashi, T.

履歴

登録	2017年10月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yl3.cif.gz	79.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yl3.ent.gz	56.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5yl3_validation.pdf.gz	806.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5yl3_full_validation.pdf.gz	808 KB	表示
XML形式データ	5yl3_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	5yl3_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5yl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/5yl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wi8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jp8-d 1nz5-d 2blj-d 5ojb-d 2frk-d 6jp1-2 2v1i-d 4pqb-d 4dc8-d 1vxg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.575, 28.706, 62.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 17114.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / Tissue fraction: heart / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-HNN / PORPHYCENE CONTAINING MN 分子量: 619.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₆MnN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.57 % / Mosaicity: 1.008 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Hanging drop containing 1.5 M ammonium sulfate, 5 mg/mL of protein, 50 mM Tris-HCl and 5 mM potassium phosphate at pH 8.5 was equilibrated with the reserver solution containing 3.0 M ammonium ...詳細: Hanging drop containing 1.5 M ammonium sulfate, 5 mg/mL of protein, 50 mM Tris-HCl and 5 mM potassium phosphate at pH 8.5 was equilibrated with the reserver solution containing 3.0 M ammonium sulfate and 100 mM Tris-HCl buffer at pH 8.5

結晶

マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.57 % / Mosaicity: 1.008 °

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Hanging drop containing 1.5 M ammonium sulfate, 5 mg/mL of protein, 50 mM Tris-HCl and 5 mM potassium phosphate at pH 8.5 was equilibrated with the reserver solution containing 3.0 M ammonium ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月10日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 19335 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.898 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 135739

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.53	5	0.526	884	0.851	0.249	0.584	0.859	93.8
1.53-1.55	5.9	0.498	931	0.887	0.219	0.545	0.797	99.6
1.55-1.58	6.3	0.478	980	0.908	0.204	0.521	0.836	99.8
1.58-1.62	6.8	0.415	958	0.942	0.17	0.449	0.821	100
1.62-1.65	7	0.388	961	0.946	0.157	0.419	0.823	100
1.65-1.69	7.2	0.366	973	0.952	0.146	0.394	0.785	100
1.69-1.73	7.3	0.322	966	0.962	0.128	0.347	0.781	100
1.73-1.78	7.3	0.257	945	0.977	0.102	0.277	0.841	100
1.78-1.83	7.3	0.229	969	0.98	0.091	0.247	0.831	100
1.83-1.89	7.3	0.199	966	0.985	0.079	0.214	0.921	100
1.89-1.96	7.3	0.161	975	0.987	0.063	0.173	0.97	100
1.96-2.04	7.4	0.127	976	0.993	0.05	0.136	0.971	99.9
2.04-2.13	7.4	0.112	941	0.992	0.044	0.12	1.073	99.9
2.13-2.24	7.3	0.095	997	0.995	0.037	0.102	1.096	100
2.24-2.38	7.3	0.083	972	0.996	0.032	0.089	1.116	99.9
2.38-2.56	7.4	0.075	962	0.997	0.029	0.08	1.083	100
2.56-2.82	7.4	0.065	978	0.997	0.025	0.07	1.02	100
2.82-3.23	7.3	0.053	994	0.997	0.021	0.057	0.819	100
3.23-4.07	7.3	0.043	988	0.999	0.017	0.046	0.738	99.8
4.07-50	6.8	0.04	1019	0.998	0.016	0.043	0.707	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Coot		モデル構築
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WI8

3wi8

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.386 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0922 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.093
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	937	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1683	-	-	-
obs	0.1704	17192	94.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.7 Å² / B_iso mean: 15.996 Å² / B_iso min: 7.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	-0 Å²	0.12 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1185	0	58	170	1413
B_iso mean	-	-	16.73	27.88	-
残基数	-	-	-	-	151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.947	2.01	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.065	3	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.989	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.833	25	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.916	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.285	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	275

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	50	-
R_work	0.255	840	-
all	-	890	-
obs	-	-	65.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2551	-0.0152	-0.0094	0.3929	0.0632	0.108	-0.0298	0.01	0.017	-0.0234	0.0059	0.0027	0.0099	-0.0051	0.0239	0.0176	-0.0068	-0.0005	0.0063	-0.0006	0.0071	12.6056	-4.6932	14.8192
2	2.5027	-0.3851	0.7194	3.0974	4.0469	5.8964	-0.1243	-0.0945	-0.0899	0.1511	0.0868	0.0623	0.1451	0.0765	0.0375	0.0467	-0.0088	0.0072	0.0133	0.0043	0.004	9.6551	2.9915	14.8767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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