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万見
- SASDD23: Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD23
試料Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5: Fragment SALM5 LRR-Ig
  • Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5 (protein), LRR-Ig-FN, Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of macrophage activation / synaptic membrane adhesion / regulation of presynapse assembly / GABA-ergic synapse / postsynaptic density membrane / negative regulation of inflammatory response / glutamatergic synapse / cell surface
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin I-set / Leucine rich repeat / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...: / Immunoglobulin I-set / Leucine rich repeat / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type III superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用日付: 2018 Jun 12
タイトル: The structure of SALM5 suggests a dimeric assembly for the presynaptic RPTP ligand recognition
著者: Karki S / Paudel P / Sele C / Shkumatov A
登録者
  • Alexander Shkumatov (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1737
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 3.25 A / 対称性: P1 / コメント: averaged (damstart.pdb) refined model / カイ2乗値: 0.855
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モデル #1738
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.887
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モデル #1739
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.887
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モデル #1740
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.887
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モデル #1741
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.887
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モデル #1742
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r9684) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.887
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試料

試料名称: Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5: Fragment SALM5 LRR-Ig
試料濃度: 1.00-5.00
バッファ名称: 30 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 3% glycerol / pH: 7.5
要素 #946名称: LRR-Ig-FN / タイプ: protein
記述: Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5
分子量: 41.018 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: Q8BXA0
配列: QICPKRCVCQ ILSPNLATLC AKKGLLFVPP NIDRRTVELR LADNFVTNIK RKDFANMTSL VDLTLSRNTI SFITPHAFAD LRNLRALHLN SNRLTKITND MFSGLSNLHH LILNNNQLTL ISSTAFDDVF ALEELDLSYN NLETIPWDAV EKMVSLHTLS LDHNMIDNIP ...配列:
QICPKRCVCQ ILSPNLATLC AKKGLLFVPP NIDRRTVELR LADNFVTNIK RKDFANMTSL VDLTLSRNTI SFITPHAFAD LRNLRALHLN SNRLTKITND MFSGLSNLHH LILNNNQLTL ISSTAFDDVF ALEELDLSYN NLETIPWDAV EKMVSLHTLS LDHNMIDNIP KGTFSHLHKM TRLDVTSNKL QKLPPDPLFQ RAQVLATSGI ISPSTFALSF GGNPLHCNCE LLWLRRLSRE DDLETCASPA LLTGRYFWSI PEEEFLCEPP LITRHTHEMR VLEGQRATLR CKARGDPEPA IHWISPEGKL ISNATRSLVY DNGTLDILIT TVKDTGAFTC IASNPAGEAT QTVDLHIIKG SEVLFQ

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Oxfordshire / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1005 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.036 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 5: Fragment SALM5 (LRR-Ig)
測定日: 2016年6月8日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 18 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0222 0.3501
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 691 /
MinMax
Q0.0207821 0.210443
P(R) point1 691
R0 135
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量101 kDa91.1 kDa
体積-155 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.00669 0.0001 0.006724 3.0E-5
慣性半径, Rg 3.65 nm0.01 3.63 nm0.02

MinMaxError
D-13.5 1
Guinier point2 50 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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