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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDAB6 |
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試料 | Xylose Isomerase
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生物種 | Streptomyces rubiginosus (バクテリア) |
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2015 タイトル: Correlation Map, a goodness-of-fit test for one-dimensional X-ray scattering spectra. 著者: Daniel Franke / Cy M Jeffries / Dmitri I Svergun / 要旨: Assessing similarity between data sets with the reduced χ(2) test requires the estimation of experimental errors, which, if incorrect, may render statistical comparisons invalid. We report a ...Assessing similarity between data sets with the reduced χ(2) test requires the estimation of experimental errors, which, if incorrect, may render statistical comparisons invalid. We report a goodness-of-fit test, Correlation Map (CorMap), for assessing differences between one-dimensional spectra independently of explicit error estimates, using only data point correlations. Using small-angle X-ray scattering data, we demonstrate that CorMap maintains the power of the reduced χ(2) test; moreover, CorMap is also applicable to other physical experiments. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #173 | タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P4 / カイ2乗値: 1.354896 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #174 | タイプ: atomic / ソフトウェア: (3.0) / コメント: Based on PDB 4E3V / カイ2乗値: 1.411344 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: Xylose Isomerase / Ext coefficient: 1.075 / Purity method: Crystalline, Hampton Research / 試料濃度: 5.76 mg/ml / 濃度測定法: A280 nm |
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バッファ | 名称: 20 mM HEPES 200 mM Na2SO4 50 mM K2SO4 500 % v/v D2O 1 mM MgCl2 濃度: 20.00 mM / pH: 6.6 / コメント: pD = 7.0 組成: Na2SO4 200.000 mM, K2SO4 50.000 mM, D2O 50.000 % v/v, MgCl2 1.000 mM |
要素 #121 | 名称: GI Glucose isomerase / タイプ: protein / 記述: Xylose Isomerase / 分子量: 43.2 / 分子数: 4 / 由来: Streptomyces rubiginosus 配列: MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMAT TNLFTHPVFK DGGFTANDRD VRRYALRKTI RNIDLAVELG AETYVAWGGR EGAESGGAKD VRDALDRMKE AFDLLGEYVT ...配列: MNYQPTPEDR FTFGLWTVGW QGRDPFGDAT RRALDPVESV RRLAELGAHG VTFHDDDLIP FGSSDSEREE HVKRFRQALD DTGMKVPMAT TNLFTHPVFK DGGFTANDRD VRRYALRKTI RNIDLAVELG AETYVAWGGR EGAESGGAKD VRDALDRMKE AFDLLGEYVT SQGYDIRFAI EPKPNEPRGD ILLPTVGHAL AFIERLERPE LYGVNPEVGH EQMAGLNFPH GIAQALWAGK LFHIDLNGQN GIKYDQDLRF GAGDLRAAFW LVDLLESAGY SGPRHFDFKP PRTEDFDGVW ASAAGCMRNY LILKERAAAF RADPEVQEAL RASRLDELAR PTAADGLQAL LDDRSAFEEF DVDAAAARGM AFERLDQLAM DHLLGARGMN YQPTPEDRFT FGLWTVGWQG RDPFGDATRR ALDPVESVRR LAELGAHGVT FHDDDLIPFG SSDSEREEHV KRFRQALDDT GMKVPMATTN LFTHPVFKDG GFTANDRDVR RYALRKTIRN IDLAVELGAE TYVAWGGREG AESGGAKDVR DALDRMKEAF DLLGEYVTSQ GYDIRFAIEP KPNEPRGDIL LPTVGHALAF IERLERPELY GVNPEVGHEQ MAGLNFPHGI AQALWAGKLF HIDLNGQNGI KYDQDLRFGA GDLRAAFWLV DLLESAGYSG PRHFDFKPPR TEDFDGVWAS AAGCMRNYLI LKERAAAFRA DPEVQEALRA SRLDELARPT AADGLQALLD DRSAFEEFDV DAAAARGMAF ERLDQLAMDH LLGARGMNYQ PTPEDRFTFG LWTVGWQGRD PFGDATRRAL DPVESVRRLA ELGAHGVTFH DDDLIPFGSS DSEREEHVKR FRQALDDTGM KVPMATTNLF THPVFKDGGF TANDRDVRRY ALRKTIRNID LAVELGAETY VAWGGREGAE SGGAKDVRDA LDRMKEAFDL LGEYVTSQGY DIRFAIEPKP NEPRGDILLP TVGHALAFIE RLERPELYGV NPEVGHEQMA GLNFPHGIAQ ALWAGKLFHI DLNGQNGIKY DQDLRFGAGD LRAAFWLVDL LESAGYSGPR HFDFKPPRTE DFDGVWASAA GCMRNYLILK ERAAAFRADP EVQEALRASR LDELARPTAA DGLQALLDDR SAFEEFDVDA AAARGMAFER LDQLAMDHLL GARGMNYQPT PEDRFTFGLW TVGWQGRDPF GDATRRALDP VESVRRLAEL GAHGVTFHDD DLIPFGSSDS EREEHVKRFR QALDDTGMKV PMATTNLFTH PVFKDGGFTA NDRDVRRYAL RKTIRNIDLA VELGAETYVA WGGREGAESG GAKDVRDALD RMKEAFDLLG EYVTSQGYDI RFAIEPKPNE PRGDILLPTV GHALAFIERL ERPELYGVNP EVGHEQMAGL NFPHGIAQAL WAGKLFHIDL NGQNGIKYDQ DLRFGAGDLR AAFWLVDLLE SAGYSGPRHF DFKPPRTEDF DGVWASAAGC MRNYLILKER AAAFRADPEV QEALRASRLD ELARPTAADG LQALLDDRSA FEEFDVDAAA ARGMAFERLD QLAMDHLLGA RG |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: Xylose Isomerase / 測定日: 2013年12月10日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1048 /
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結果 | カーブのタイプ: single_conc / Standard: BSA コメント: The data displayed at the top of the entry, and the subsequent ab inito and atomic model fit, are data derived from averaging 20 individual frames. The individual 20 data frames used ...コメント: The data displayed at the top of the entry, and the subsequent ab inito and atomic model fit, are data derived from averaging 20 individual frames. The individual 20 data frames used for the averaging are also displayed, with the respective atomic-model fits (CRYSOL; PDB 4E3V).
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