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万見
- SASDA46: TIP5 in Tris (Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDA46
試料TIP5 in Tris
  • Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A (protein), TIP5, Homo sapiens
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular basis of histone tail recognition by human TIP5 PHD finger and bromodomain of the chromatin remodeling complex NoRC.
著者: Cynthia Tallant / Erica Valentini / Oleg Fedorov / Lois Overvoorde / Fleur M Ferguson / Panagis Filippakopoulos / Dmitri I Svergun / Stefan Knapp / Alessio Ciulli /
要旨: Binding of the chromatin remodeling complex NoRC to RNA complementary to the rDNA promoter mediates transcriptional repression. TIP5, the largest subunit of NoRC, is involved in recruitment to rDNA ...Binding of the chromatin remodeling complex NoRC to RNA complementary to the rDNA promoter mediates transcriptional repression. TIP5, the largest subunit of NoRC, is involved in recruitment to rDNA by interactions with promoter-bound TTF-I, pRNA, and acetylation of H4K16. TIP5 domains that recognize posttranslational modifications on histones are essential for recruitment of NoRC to chromatin, but how these reader modules recognize site-specific histone tails has remained elusive. Here, we report crystal structures of PHD zinc finger and bromodomains from human TIP5 and BAZ2B in free form and bound to H3 and/or H4 histones. PHD finger functions as an independent structural module in recognizing unmodified H3 histone tails, and the bromodomain prefers H3 and H4 acetylation marks followed by a key basic residue, KacXXR. Further low-resolution analyses of PHD-bromodomain modules provide molecular insights into their trans histone tail recognition, required for nucleosome recruitment and transcriptional repression of the NoRC complex.
登録者
  • Erica Valentini (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #146
タイプ: mix / ソフトウェア: bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.3225
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モデル #147
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.898704
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モデル #155
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.896809
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モデル #156
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.896809
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モデル #157
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.896809
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モデル #158
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.896809
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試料

試料名称: TIP5 in Tris / 試料濃度: 3.18-7.16 / 濃度測定法: nanodrop
バッファ名称: Tris / 濃度: 20.00 mM / pH: 8 / 組成: NaCl 500.000 mM, DTT 2.000 mM, ZnCl2 10.000 microM
要素 #116名称: TIP5 / タイプ: protein
記述: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
分子量: 26.7 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列: HMSVNKVTCL VCRKGDNDEF LLLCDGCDRG CHIYCHRPKM EAVPEGDWFC TVCLAQQVEG EFTQKPGFPK RGQKRKSGYS LNFSEGDGRR RRVLLRGRES PAAGPRYSEE GLSPSKRRRL SMRNHHSDLT FCEIILMEME SHDAAWPFLE PVNPRLVSGY RRIIKNPMDF ...配列:
HMSVNKVTCL VCRKGDNDEF LLLCDGCDRG CHIYCHRPKM EAVPEGDWFC TVCLAQQVEG EFTQKPGFPK RGQKRKSGYS LNFSEGDGRR RRVLLRGRES PAAGPRYSEE GLSPSKRRRL SMRNHHSDLT FCEIILMEME SHDAAWPFLE PVNPRLVSGY RRIIKNPMDF STMRERLLRG GYTSSEEFAA DALLVFDNCQ TFNEDDSEVG KAGHIMRRFF ESRWEEFYQG K

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: TIP5 in Tris / 測定日: 2013年3月16日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1393 4.6524
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 460 /
MinMax
Q0.2601 2.696
P(R) point46 505
R0 10.38
結果
カーブのタイプ: merged / Standard: BSA
実験値StandardPorod
分子量28 kDa28 kDa26 kDa
体積--45 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I01800 1800
慣性半径, Rg 3.1 nm3 nm

MinMax
D-10
Guinier point37 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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