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万見
- SASDC87: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase complex with SaP... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC87
試料Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase complex with SaPIbov1 pathogenicity island repressor [3:2] (SEC-SAXS)
  • Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase (protein), hDUT, Homo sapiens
  • SaPIbov1 pathogenicity island repressor (protein), Stl, Staphylococcus aureus
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / Helix-turn-helix / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stl / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
引用日付: 2018 Mar 12
タイトル: Structural model of human dUTPase in complex with a novel proteinaceous inhibitor
著者: Nyíri K / Mertens H / Tihanyi B / Nagy G / Kőhegyi B / Matejka J / Harris M / Szabó J / Papp-Kádár V / Németh-Pongrácz V / Ozohanics O / Vékey K / Svergun D / Borysik A
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1493
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 2.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.037
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1494
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.22
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase complex with SaPIbov1 pathogenicity island repressor [3:2] (SEC-SAXS)
Dry vol: 149667 / Entity id: 775 / 776
バッファ名称: 50 mM HEPES 300 mM NaCl 5 mM MgCl2 / pH: 7.5 / コメント: Buffer B
要素 #775名称: hDUT / タイプ: protein / 記述: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / 分子量: 18.029 / 分子数: 3 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P33316
配列:
GSHMPCSEET PAISPSKRAR PAEVGGMQLR FARLSEHATA PTRGSARAAG YDLYSAYDYT IPPMEKAVVK TDIQIALPSG CYGRVAPRSG LAAKHFIDVG AGVIDEDYRG NVGVVLFNFG KEKFEVKKGD RIAQLICERI FYPEIEEVQA LDDTERGSGG FGSTGKN
要素 #776名称: Stl / タイプ: protein / 記述: SaPIbov1 pathogenicity island repressor / 分子量: 32.016 / 分子数: 2 / 由来: Staphylococcus aureus / 参照: UniProt: E2FZP6
配列: GSPEFSMEGA GQMAELPTHY GTIIKTLRKY MKLTQSKLSE RTGFSQNTIS NHENGNRNIG VNEIEIYGKG LGIPSYILHR ISDEFKEKGY SPTLNDFGKF DKMYSYVNKA YYNDGDIYYS SYDLYDETIK LLELLKESKI NVNDIDYDYV LKLYKQILST DTEKSIINYE ...配列:
GSPEFSMEGA GQMAELPTHY GTIIKTLRKY MKLTQSKLSE RTGFSQNTIS NHENGNRNIG VNEIEIYGKG LGIPSYILHR ISDEFKEKGY SPTLNDFGKF DKMYSYVNKA YYNDGDIYYS SYDLYDETIK LLELLKESKI NVNDIDYDYV LKLYKQILST DTEKSIINYE TLANTRKSSD KKREVTIEEI GEFHEKYLKL LFTNLETHND RKKALAEIEK LKEESIYLGE KLRLVPNHHY DAIKGKPMYK LYLYEYPDRL EHQKKIILEK DTN

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: hDUTstl_SEC_2 / 測定日: 2016年7月10日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1653 5.0307
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1200 /
MinMax
Q0.165303 3.4686
P(R) point1 1200
R0 14
結果
カーブのタイプ: single_conc / Standard: water
実験値Experimental errorStandardStandard errorPorodPorod errorEstimatedEstimated errorEstimated method
分子量121 kDa3 121 kDa3 112 kDa6 ---
体積----190 nm320 242 20 DAM volume

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.047 0.001 0.046 0.001
慣性半径, Rg 3.88 nm0.1 3.8 nm0.1

MinMaxError
D-14 0.5
Guinier point1 65 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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