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万見
- SASDCP6: Small GTPase Rab5 conjugated with ubiquitin at K165 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCP6
試料Small GTPase Rab5 conjugated with ubiquitin at K165
  • Monoubiquitinated Rab5 at K165 (protein), mUbRab5K165, Homo sapiens
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Site-specific monoubiquitination downregulates Rab5 by disrupting effector binding and guanine nucleotide conversion.
著者: Donghyuk Shin / Wooju Na / Ji-Hyung Lee / Gyuhee Kim / Jiseok Baek / Seok Hee Park / Cheol Yong Choi / Sangho Lee /
要旨: Rab GTPases, which are involved in intracellular trafficking pathways, have recently been reported to be ubiquitinated. However, the functions of ubiquitinated Rab proteins remain unexplored. Here we ...Rab GTPases, which are involved in intracellular trafficking pathways, have recently been reported to be ubiquitinated. However, the functions of ubiquitinated Rab proteins remain unexplored. Here we show that Rab5 is monoubiquitinated on K116, K140, and K165. Upon co-transfection with ubiquitin, Rab5 exhibited abnormalities in endosomal localization and EGF-induced EGF receptor degradation. Rab5 K140R and K165R mutants restored these abnormalities, whereas K116R did not. We derived structural models of individual monoubiquitinated Rab5 proteins (mUbRab5s) by solution scattering and observed different conformational flexibilities in a site-specific manner. Structural analysis combined with biochemical data revealed that interactions with downstream effectors were impeded in mUbRab5, whereas GDP release and GTP loading activities were altered in mUbRab5. By contrast, mUbRab5 apparently had no effect. We propose a regulatory mechanism of Rab5 where monoubiquitination downregulates effector recruitment and GDP/GTP conversion in a site-specific manner.
登録者
  • Donghyuk Shin (Sungkyunkwan University, Seoul, SK)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1455
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.251
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モデル #1456
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.251
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モデル #1457
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 1.382
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試料

試料名称: Small GTPase Rab5 conjugated with ubiquitin at K165 / 試料濃度: 1.00-2.60
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 10 mM MgCl2 / pH: 7.5
要素 #760名称: mUbRab5K165 / タイプ: protein / 記述: Monoubiquitinated Rab5 at K165 / 分子量: 32.205 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列: MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGMASR GATRPNGPNT GNKICQFKLV LLGESAVGKS SLVLRFVKGQ FHEFQESTIG AAFLTQTVCL DDTTVKFEIW DTAGQERYHS LAPMYYRGAQ ...配列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGMASR GATRPNGPNT GNKICQFKLV LLGESAVGKS SLVLRFVKGQ FHEFQESTIG AAFLTQTVCL DDTTVKFEIW DTAGQERYHS LAPMYYRGAQ AAIVVYDITN EESFARAKNW VKELQRQASP NIVIALSGNK ADLANKRAVD FQEAQSYADD NSLLFMETSA KTSMNVNEIF MAIAKKLPKN EPQNPGANSA RGRGVDLTEP TQPTRNQCCS N

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実験情報

ビーム設備名称: Pohang Accelerator Laboratory 4C / 地域: Pohang / 国: South Korea / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: ADSC Quantum 315 / タイプ: CCD / Pixsize x: 315 mm
スキャン
タイトル: Small GTPase Rab5 conjugated with ubiquitin at K165
測定日: 2016年11月21日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 6 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0192 0.1487
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 616 /
MinMax
Q0.019165 0.14867
P(R) point1 616
R0 93.69
結果
Experimental MW: 30 kDa / D max: 9.37 / カーブのタイプ: merged
P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I010.74 10.69 0.054
慣性半径, Rg 2.781 nm2.723 nm0.034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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