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万見
- SASDCX5: Monomeric Sortilin at pH 5.5 (Sortilin 1 A464E alias Neurotensin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCX5
試料Monomeric Sortilin at pH 5.5
  • Sortilin 1 A464E alias Neurotensin-receptor 3 A464E (protein), Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / Golgi to endosome transport / retromer complex binding / nerve growth factor receptor activity / vesicle organization ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / Golgi to endosome transport / retromer complex binding / nerve growth factor receptor activity / vesicle organization / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nerve growth factor binding / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / Golgi cisterna membrane / endosome to lysosome transport / negative regulation of fat cell differentiation / D-glucose import / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / ossification / response to insulin / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / regulation of gene expression / nuclear membrane / lysosome / early endosome / endosome membrane / lysosomal membrane / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / : / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Low pH-induced conformational change and dimerization of sortilin triggers endocytosed ligand release.
著者: Nadia Leloup / Philip Lössl / Dimphna H Meijer / Martha Brennich / Albert J R Heck / Dominique M E Thies-Weesie / Bert J C Janssen /
要旨: Low pH-induced ligand release and receptor recycling are important steps for endocytosis. The transmembrane protein sortilin, a β-propeller containing endocytosis receptor, internalizes a diverse ...Low pH-induced ligand release and receptor recycling are important steps for endocytosis. The transmembrane protein sortilin, a β-propeller containing endocytosis receptor, internalizes a diverse set of ligands with roles in cell differentiation and homeostasis. The molecular mechanisms of pH-mediated ligand release and sortilin recycling are unresolved. Here we present crystal structures that show the sortilin luminal segment (s-sortilin) undergoes a conformational change and dimerizes at low pH. The conformational change, within all three sortilin luminal domains, provides an altered surface and the dimers sterically shield a large interface while bringing the two s-sortilin C-termini into close proximity. Biophysical and cell-based assays show that members of two different ligand families, (pro)neurotrophins and neurotensin, preferentially bind the sortilin monomer. This indicates that sortilin dimerization and conformational change discharges ligands and triggers recycling. More generally, this work may reveal a double mechanism for low pH-induced ligand release by endocytosis receptors.
登録者
  • Martha Brennich (European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Grenoble Outstation)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1378
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.10 A / カイ2乗値: 0.733 / P-value: 0.001959
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Monomeric Sortilin at pH 5.5 / 試料濃度: 0.35 mg/ml
バッファ名称: 25 mM MES pH 5.5, 150 mM NaCl / pH: 5.5
要素 #734タイプ: protein / 記述: Sortilin 1 A464E alias Neurotensin-receptor 3 A464E / 分子量: 76.499 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: Q6PHU5
配列: GAPAEDQDCG RLPDFIAKLT NNTHQHVFDD LSGSVSLSWV GDSTGVILVL TTFQVPLVIV SFGQSKLYRS EDYGKNFKDI TNLINNTFIR TEFGMAIGPE NSGKVILTAE VSGGSRGGRV FRSSDFAKNF VQTDLPFHPL TQMMYSPQNS DYLLALSTEN GLWVSKNFGE ...配列:
GAPAEDQDCG RLPDFIAKLT NNTHQHVFDD LSGSVSLSWV GDSTGVILVL TTFQVPLVIV SFGQSKLYRS EDYGKNFKDI TNLINNTFIR TEFGMAIGPE NSGKVILTAE VSGGSRGGRV FRSSDFAKNF VQTDLPFHPL TQMMYSPQNS DYLLALSTEN GLWVSKNFGE KWEEIHKAVC LAKWGPNNII FFTTHVNGSC KADLGALELW RTSDLGKTFK TIGVKIYSFG LGGRFLFASV MADKDTTRRI HVSTDQGDTW SMAQLPSVGQ EQFYSILAAN EDMVFMHVDE PGDTGFGTIF TSDDRGIVYS KSLDRHLYTT TGGETDFTNV TSLRGVYITS TLSEDNSIQS MITFDQGGRW EHLRKPENSK CDATAKNKNE CSLHIHASYS ISQKLNVPMA PLSEPNAVGI VIAHGSVGDE ISVMVPDVYI SDDGGYSWAK MLEGPHYYTI LDSGGIIVAI EHSNRPINVI KFSTDEGQCW QSYVFTQEPI YFTGLASEPG ARSMNISIWG FTESFITRQW VSYTVDFKDI LERNCEEDDY TTWLAHSTDP GDYKDGCILG YKEQFLRLRK SSVCQNGRDY VVAKQPSVCP CSLEDFLCDF GYFRPENASE CVEQPELKGH ELEFCLYGKE EHLTTNGYRK IPGDKCQGGM NPAREVKDLK KKCTSNFLNP TKQNSKSAAA HHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.87 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Monomeric Sortilin at pH 5.5 / 測定日: 2016年4月17日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 2600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1269 2.5035
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 530 /
MinMax
Q0.126915 2.62134
P(R) point1 530
R0 10
結果
カーブのタイプ: other
実験値StandardStandard errorPorod
分子量127 kDa98 kDa10 127 kDa
体積---217 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I030.23 0.06 30 0.06
慣性半径, Rg 3.42 nm0.07 3.38 nm0.02

MinMax
D-10
Guinier point1 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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