SASDCE5: Light encoded DNA biosensor: e13A DNA (e13A)

基本情報

• 登録情報: データベース: SASBDB / ID: SASDCE5

試料

Light encoded DNA biosensor: e13A DNA

• e13A (DNA)

• 引用: ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2018; タイトル: Optical and Structural Characterization of a Chronic Myeloid Leukemia DNA Biosensor.; 著者: Mílton Cordeiro / Ana Rita Otrelo-Cardoso / Dmitri I Svergun / Petr V Konarev / João Carlos Lima / Teresa Santos-Silva / Pedro Viana Baptista / ; 要旨: Selective base pairing is the foundation of DNA recognition. Here, we elucidate the molecular and structural details of a FRET-based two-component molecular beacon relying on steady-state fluorescence spectroscopy, small-angle X-ray scattering (SAXS), microscale thermophoresis (MST), and differential electrophoretic mobility. This molecular beacon was designed to detect the most common fusion sequences causing chronic myeloid leukemia, e14a2 and e13a2. The emission spectra indicate that the self-assembly of the different components of the biosensor occurs sequentially, triggered by the fully complementary target. We further assessed the structural alterations leading to the specific fluorescence FRET signature by SAXS, MST, and the differential electrophoretic mobility, where the size range observed is consistent with hybridization and formation of a 1:1:1 complex for the probe in the presence of the complementary target and revelator. These results highlight the importance of different techniques to explore conformational DNA changes in solution and its potential to design and characterize molecular biosensors for genetic disease diagnosis.

登録者

• Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

モデル

• モデル #1334: ; タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 1.581 / P-value: 0.000007; Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料

• 試料: 名称: Light encoded DNA biosensor: e13A DNA / 試料濃度: 0.25-2.00
• バッファ: 名称: 154 mM NaCl / pH: 8.3

要素 #714

タイプ: DNA / 記述: e13A / 分子量: 16.903 / 分子数: 1
配列:

ccacgccaaa cgctgaaggg cttcttcctt atttttggcg tggccacgcc aaacg

実験情報

• ビーム: 設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
• 検出器: 名称: Pilatus 1M

スキャン

タイトル: Light encoded DNA biosensor: e13A DNA / 測定日: 2013年11月22日 / 保管温度: 5 °C / セル温度: 5 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.291	4.4936

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 489 /

	Min	Max
Q	0.2888	4.494
P(R) point	60	548
R	0	8

結果

カーブのタイプ: merged

	実験値	Standard	Standard error	Porod
分子量	15 kDa	14 kDa	2	17 kDa
体積	-	-	-	24 nm3

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	32	3	32	3
慣性半径, Rg	2.36 nm	0.04	2.32 nm	0.03

	Min	Max	Error
D	-	8	0.5
Guinier point	1	50	-