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万見
- SASDCR6: Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (isoform3) - binary form... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCR6
試料Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (isoform3) - binary form with cAMP
  • Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (dimer) (protein), EPAC1B (dimer), Homo sapiens
機能・相同性Isoform 3 of Rap guanine nucleotide exchange factor 3
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1147
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / コメント: 4xf7 combined with SwissModel 3CF6 / カイ2乗値: 1.0201 / P-value: 0.329100
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1148
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 12.00 A / 対称性: P2 / コメント: SAXNS_DAMMIF / カイ2乗値: 0.917764 / P-value: 0.503500
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (isoform3) - binary form with cAMP
試料濃度: 4.00-4.00
バッファ名称: 1mM EDTA, 10mM DTT, 500mM NaCl, 1mM cAMP, and 10mM Tris
pH: 9
要素 #766名称: EPAC1B (dimer) / タイプ: protein / 記述: Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (dimer) / 分子量: 100.001 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O95398-3
配列: GSPGIRVLVL RRMHRPRSCS YQLLLEHQRP SCIQGLRWTP LTNSEESLDF SESLEQASTE RVLRAGRQLH RHLLATCPNL IRDRKYHLRL YRQCCSGREL VDGILALGLG VHSRSQVVGI CQVLLDEGAL CHVKHDWAFQ DRDAQFYRFP GPEPEPVGTH EMEEELAEAV ...配列:
GSPGIRVLVL RRMHRPRSCS YQLLLEHQRP SCIQGLRWTP LTNSEESLDF SESLEQASTE RVLRAGRQLH RHLLATCPNL IRDRKYHLRL YRQCCSGREL VDGILALGLG VHSRSQVVGI CQVLLDEGAL CHVKHDWAFQ DRDAQFYRFP GPEPEPVGTH EMEEELAEAV ALLSQRGPDA LLTVALRKPP GQRTDEELDL IFEELLHIKA VAHLSNSVKR ELAAVLLFEP HSKAGTVLFS QGDKGTSWYI IWKGSVNVVT HGKGLVTTLH EGDDFGQLAL VNDAPRAATI ILREDNCHFL RVDKQDFNRI IKDVEAKTMR LEEHGKVVLV LERASQGAGP SRPPTPGRNR YTVMSGTPEK ILELLLEAMG PDSSAHDPTE TFLSDFLLTH RVFMPSAQLC AALLHHFHVE PAGGSEQERS TYVCNKRQQI LRLVSQWVAL YGSMLHTDPV ATSFLQKLSD LVGRDTRLSN LLREQWPERR RCHRLENGCG NASPQMKARN LPVWLPNQDE PLPGSSCAIQ VGDKVPYDIC RPDHSVLTLQ LPVTASVREV MAALAQEDGW TKGQVLVKVN SAGDAIGLQP DARGVATSLG LNERLFVVNP QEVHELIPHP DQLGPTVGSA EGLDLVSAKD LAGQLTDHDW SLFNSIHQVE LIHYVLGPQH LRDVTTANLE RFMRRFNELQ YWVATELCLC PVPGPRAQLL RKFIKLAAHL KEQKNLNSFF AVMFGLSNSA ISRLAHTWER LPHKVRKLYS ALERLLDPSW NHRVYRLALA KLSPPVIPFM PLLLKDMTFI HEGNHTLVEN LINFEKMRMM ARAARMLHHC RSHNPVPLSP LRSRVSHLHE DSQVARISTC SEQSLSTRSP ASTWAYVQQL KVIDNQRELS RLSRELEP

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実験情報

ビーム設備名称: Sealy Center For Structural Biology, UTMB-G Rigaku BioSAXS-1000
地域: Galveston, TX / 国: USA / 線源: X-ray in houseX線 / 波長: 0.15418 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.489 mm
検出器名称: Rigaku BioSAXS-1000 / タイプ: Kratky-2D / Pixsize x: 0.001 mm
スキャン
タイトル: Rap guanine nucleotide exchange factor 3 (isoform3) - binary form with cAMP
測定日: 2012年1月30日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1800 sec. / フレーム数: 4 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0137 0.6804
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 180 /
MinMax
Q0.01371 0.2692
P(R) point1 180
R0 157
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量178 kDa178 kDa260 kDa
体積--415 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.868 0.01664 1.973 0.032
慣性半径, Rg 5.15 nm0.03 5.32 nm0.07

MinMax
D-15.7
Guinier point1 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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