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万見
- PDB-6t1w: Structure of E. coli BamA in complex with lipoprotein RcsF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1w
タイトルStructure of E. coli BamA in complex with lipoprotein RcsF
要素
  • Outer membrane lipoprotein RcsF
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel assembly / lipoprotein / stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phosphorelay signal transduction system / periplasmic side of cell outer membrane / outer membrane protein complex / Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cellular response to cell envelope stress / protein insertion into membrane / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion ...positive regulation of phosphorelay signal transduction system / periplasmic side of cell outer membrane / outer membrane protein complex / Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cellular response to cell envelope stress / protein insertion into membrane / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / intracellular signal transduction / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane lipoprotein RcsF / RcsF lipoprotein / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. ...Outer membrane lipoprotein RcsF / RcsF lipoprotein / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane lipoprotein RcsF / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane lipoprotein RcsF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Letoquart, J. / Remaut, H. / Collet, J.F.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders ベルギー
Walloon Excellence in Lifesciences & BIOtechnology ベルギー
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the formation of lipoprotein-beta-barrel complexes.
著者: Rodriguez-Alonso, R. / Letoquart, J. / Nguyen, V.S. / Louis, G. / Calabrese, A.N. / Iorga, B.I. / Radford, S.E. / Cho, S.H. / Remaut, H. / Collet, J.F.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: Outer membrane protein assembly factor BamA
C: Outer membrane lipoprotein RcsF
D: Outer membrane lipoprotein RcsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,6484
ポリマ－209,6484
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
C: Outer membrane lipoprotein RcsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8242
ポリマ－104,8242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane protein assembly factor BamA
D: Outer membrane lipoprotein RcsF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8242
ポリマ－104,8242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.840, 142.530, 116.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 90643.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質 Outer membrane lipoprotein RcsF


分子量: 14180.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QFC4, UniProt: P69411*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.10 M Tris-base [pH 8.5]; BICINE, 20 % (v/v) ethylene glycol; 10 % w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.79→48.58 Å / Num. obs: 18489 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 34 % / Biso Wilson estimate: 149.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.791→3.993 Å / Num. unique obs: 897 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.788 / % possible all: 24.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
STARANISOv3.309データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D0O

5d0o


解像度: 3.79→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.974
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 973 5.26 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.283 18489 73.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 193.47 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.3494 Å20 Å2-3.3545 Å2
2---3.4476 Å20 Å2
3---15.7971 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.81 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.79→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10838 0 0 0 10838
残基数----1388
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3737SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1926HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11092HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12114SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11092HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15048HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.43
LS精密化 シェル解像度: 3.79→4.02 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 65 5.35 %
Rwork0.2179 1150 -
all0.2182 1215 -
obs--30.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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