PDB-9yg7: Crystal structure of Shewanella benthica group 1 truncated hemogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9yg7

タイトル

Crystal structure of Shewanella benthica group 1 truncated hemoglobin H24I/C51S/ C71S variant

要素

Group 1 truncated hemoglobin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / TRUNCATED HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen transport / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella benthica KT99 (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schultz, T.D. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Shewanella benthica group 1 truncated hemoglobin H24I/C51S/ C71S variant
著者: Schultz, T.D. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.

履歴

登録	2025年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9yg7.cif.gz	263.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9yg7.ent.gz	177.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9yg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9yg7_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9yg7_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9yg7_validation.xml.gz	27.8 KB	表示
CIF形式データ	9yg7_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/9yg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/9yg7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7tt9 8tls 8ugz 8uzu
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Group 1 truncated hemoglobin

B: Group 1 truncated hemoglobin

C: Group 1 truncated hemoglobin

D: Group 1 truncated hemoglobin

ヘテロ分子

53.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.593, 104.992, 150.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Group 1 truncated hemoglobin 分子量: 12813.438 Da / 分子数: 4 / 変異: H24I, C51S, C71S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア) 遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION 分子量: 26.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 mM Protein 10 mM KCN 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 27% PEG MME 2000 Temp details: Room temp, subject to fluctuations

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年5月9日 / 詳細: NULL
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→22.86 Å / Num. obs: 59443 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 9.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.011 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 88.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Mean I/σ(I) obs: 16.38 / Num. unique obs: 5947 / R_sym value: 0.117 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
CrysalisPro	43.9	データ削減
CrysalisPro	43.9	データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→22.86 Å / SU ML: 0.1316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 18.0928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	1978	3.36 %
R_work	0.1764	56888	-
obs	0.1772	58866	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3584	0	180	355	4119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	6073
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0412	1815

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2016	140	0.1493	4006	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.64-1.68	0.1937	136	0.1513	3954	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.68-1.73	0.2116	143	0.1534	4062	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.73-1.79	0.1996	139	0.1573	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.79-1.85	0.1945	140	0.1702	4067	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.85-1.93	0.2486	135	0.1853	3919	X-RAY DIFFRACTION	97.76
1.93-2.02	0.2217	140	0.1806	4012	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.02-2.12	0.1675	141	0.1712	4103	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.12-2.25	0.2044	140	0.1709	3975	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.25-2.43	0.2339	139	0.1848	4019	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.43-2.67	0.1985	143	0.1905	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.67-3.06	0.2264	145	0.2035	4175	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.06-3.85	0.1822	145	0.1817	4162	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.85-22.86	0.1786	152	0.1653	4395	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.86086227054	1.65640898776	-0.818610324325	2.0499259431	-1.18195422061	2.44940629491	0.0531349310071	-0.136564100059	0.0137252155211	0.0916611606626	-0.0867880594706	0.0346983550617	0.0133220750811	0.247381970629	0.0291721351424	0.0643760121068	0.00867872805368	-0.0138239261409	0.0569256207744	-0.0099491402967	0.0781418476146	12.2099701873	43.0572939147	45.8495503055
2	0.719231978098	0.461891506837	-0.53680916604	0.572794142805	-0.27121297376	1.9896426281	-0.00933532313468	-0.0493716757625	0.100041275216	0.0252698020482	-0.0167653373512	0.0520581193525	-0.255862200353	0.0736308137568	0.0141717015214	0.0980781031117	-0.00526684941953	-0.0330170140761	0.059414862899	-0.00520362549556	0.0762418162606	9.26051249851	52.931443984	40.8869710435
3	1.05310796752	-0.421674240709	-0.0638303398559	1.5997965732	-0.487227813536	1.92810624688	0.0350752246449	-0.0514957046087	-0.0509953189733	0.109939673361	-0.0921740203122	0.092107326853	-0.310253066485	-0.136995609988	0.0390142011164	0.0682397710755	-0.00112152857729	-0.024399364759	0.0523569068767	-0.0166901118026	0.0695807276749	-1.50360487023	51.9803822412	41.1692971357
4	0.338598751761	0.261091200935	0.168950097303	1.8724195846	-0.255870447035	1.70932027887	0.00102277068248	-0.0207542613889	-0.00506627828722	0.00427830228708	-0.0670361600923	0.00993565845737	0.0260742207008	0.0229594213229	0.0609079728193	0.0429624758245	-0.0010511251607	-0.00167223314834	0.0439907363899	-0.0224066847556	0.0623138802063	6.07020651919	38.9385243219	37.0965483619
5	1.97178131515	-1.55080903592	0.936992814416	1.50292569783	-1.03195293204	1.90347617581	0.0475991546377	0.157602510753	0.0178648114056	-0.0683680381416	-0.022910968345	-0.0259826915629	-0.149180843038	0.159123180039	-0.0413247448034	0.0898879099808	-0.028026440058	0.0359434639292	0.0740782747359	-0.0164286737323	0.0909408240341	10.4049371679	54.7831441287	-7.45001150676
6	0.485763602022	-0.37242918499	-0.5155704482	0.559322012388	1.11013740013	6.42672673555	-0.0521263973592	0.0451567880558	-0.178487193377	-0.00273105442561	0.0816146912342	-0.172973995433	0.286289319906	0.243058935174	-0.0152780328206	0.0520902096508	0.0125308819278	0.023811972288	0.0880201492697	-0.00643787822732	0.0779978533724	11.1896900387	41.3346256746	6.20365926985
7	0.965612870758	0.492088748744	-0.324613831206	1.34884189828	-0.36400181043	1.67402927088	-0.0169076247304	0.109286560716	0.00681491174858	-0.16910047394	0.0581596108597	-0.0267682402066	0.0130904647403	0.0421813259042	-0.0359949646362	0.0568730972379	-0.00200302128987	0.0158448719088	0.0743131048875	-0.00671373532524	0.0608547278489	3.94118260283	48.7073469429	-1.4764921894
8	0.619189994806	-0.522313416686	-0.277196301635	1.25257848424	-0.31491499769	1.75214199245	0.088205348607	0.0783722672739	0.183885620733	-0.0681673073853	0.0197138245208	-0.0414482098553	-0.329317610213	0.00795602277505	-0.087506030851	0.124575019057	-0.000303416421935	0.0179204440617	0.0721550782807	-0.0171029583034	0.0714307328037	2.88697140437	59.3967961361	1.21573541241
9	1.55545693128	-0.359801276705	1.89485003115	0.563175909971	-0.488350902758	2.41864074087	0.219227089687	0.0581168810162	-0.234613726753	-0.0365092820295	-0.0294985159939	0.141164521916	0.307207014304	0.0110487824429	-0.177029799397	0.0794503175784	-0.00788355275932	9.03914405159E-5	0.0976677019686	-0.0142039465962	0.0920511703479	-5.18095178146	20.4585486659	25.9904146313
10	0.404247214192	0.87049512053	0.15350237005	4.55783836989	0.0849848115402	0.180082589086	-0.063510035433	0.183691008786	-0.0147749293903	-0.361343385907	0.066729990923	0.136182270885	-0.0395341472114	-0.00416581155512	0.0129266303243	0.0611980651589	-0.00903560337535	-0.0206414666572	0.0805723680606	-0.0171543332937	0.0727797761071	-6.03506262963	34.0832915932	12.4233561732
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18	2.96962145891	-0.661728834104	2.01494044883	0.184295737822	-0.257040128898	2.36623363457	-0.205348914088	0.198136789834	0.814459730232	0.0511082500458	0.0218459819142	-0.230440897036	-1.09639379244	-0.0367742151708	0.0978169863363	0.325712703859	0.023780511304	0.0123393787272	0.10289626	-0.00488274419465	0.258204170728	6.03518725938	78.9389602529	21.304591926
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20	0.421898000842	-0.0425635025461	-0.62122918984	1.57454417326	0.0161924092506	0.91450636362	0.06740882921	0.105346881339	0.13403511034	-0.324754142081	0.00185246116575	-0.0777194268245	-0.271241781908	-0.0772600091159	-0.0875968381415	0.199153839918	0.0415067591688	0.00811778503355	0.119784028811	-0.0242651317248	0.0774101767665	1.44013285241	67.3151833146	9.30188641752

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	A	2 - 26	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 54 )	A	A	27 - 54	26 - 53
3	3	chain 'A' and (resid 55 through 75 )	A	A	55 - 75	54 - 74
4	4	chain 'A' and (resid 76 through 117 )	A	A	76 - 117	75 - 116
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B	D	2 - 26	1 - 25
6	6	chain 'B' and (resid 27 through 38 )	B	D	27 - 38	26 - 37
7	7	chain 'B' and (resid 39 through 92 )	B	D	39 - 92	38 - 91
8	8	chain 'B' and (resid 93 through 117 )	B	D	93 - 117	92 - 116
9	9	chain 'C' and (resid 2 through 26 )	C	G	2 - 26	1 - 25
10	10	chain 'C' and (resid 27 through 38 )	C	G	27 - 38	26 - 37
11	11	chain 'C' and (resid 39 through 54 )	C	G	39 - 54	38 - 53
12	12	chain 'C' and (resid 55 through 64 )	C	G	55 - 64	54 - 63
13	13	chain 'C' and (resid 65 through 117 )	C	G	65 - 117	64 - 116
14	14	chain 'D' and (resid 2 through 9 )	D	J	2 - 9	1 - 8
15	15	chain 'D' and (resid 10 through 26 )	D	J	10 - 26	9 - 25
16	16	chain 'D' and (resid 27 through 38 )	D	J	27 - 38	26 - 37
17	17	chain 'D' and (resid 39 through 54 )	D	J	39 - 54	38 - 53
18	18	chain 'D' and (resid 55 through 64 )	D	J	55 - 64	54 - 63
19	19	chain 'D' and (resid 65 through 92 )	D	J	65 - 92	64 - 91
20	20	chain 'D' and (resid 93 through 117 )	D	J	93 - 117	92 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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