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Yorodumi- PDB-8uzu: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8uzu | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin L80A C51S C71S variant | ||||||||||||
Components | Group 1 truncated hemoglobin | ||||||||||||
Keywords | HEME-BINDING PROTEIN / GLOBIN / 2/2 HEMOGLOBIN / PSYCHROPIEZOPHILE | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Shewanella benthica KT99 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||||||||
Authors | Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin L80A C51S C71S variant Authors: Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8uzu.cif.gz | 205.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8uzu.ent.gz | 166.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8uzu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8uzu_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8uzu_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 8uzu_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8uzu_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/8uzu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12796.347 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C51S, C71S, L80A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella benthica KT99 (bacteria) / Strain: KT99 / Gene: KT99_16901 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A9DF82 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-CYN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 Details: 23% PEG MME 2000, 100 mM Bis-Tris pH 5.1, 10 mM KCN PH range: 5.1-6.0 / Temp details: Room Temp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: Agilent SuperNova / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: AGILENT ATLAS CCD / Detector: CCD / Date: Nov 23, 2022 / Details: NULL |
Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→22.99 Å / Num. obs: 35447 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 24.41 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Num. unique obs: 3551 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→22.99 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→22.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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