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- PDB-7tt9: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tt9
タイトルCrystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S Y34F variant
要素Group 1 truncated hemoglobin
キーワードHEME BINDING PROTEIN / globin / 2/2 hemoglobin / tetramer / piezophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen transport / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Globin, bacterial-like, conserved site / Protozoan/cyanobacterial globins signature. / Truncated hemoglobin / Bacterial-like globin / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Group 1 truncated hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella benthica KT99 (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Martinez, J.E. / Liu, K. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003950 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Extremophilic hemoglobins: The structure of Shewanella benthica truncated hemoglobin N.
著者: Martinez Grundman, J.E. / Schultz, T.D. / Schlessman, J.L. / Johnson, E.A. / Gillilan, R.E. / Lecomte, J.T.J.
履歴
登録2022年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group 1 truncated hemoglobin
B: Group 1 truncated hemoglobin
C: Group 1 truncated hemoglobin
D: Group 1 truncated hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7568
ポリマ－51,2904
非ポリマー2,4664
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.380, 105.050, 151.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain "A"
21chain "B"
31chain "C"
41chain "D"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
111SERALAA1 - 116
121HEMHEMB
211SERALAC1 - 116
221HEMHEMD
311SERALAE1 - 116
321HEMHEMF
411SERALAG1 - 116
421HEMHEMH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999971630002, 0.00718019812673, -0.00227682801654), (0.00723349592767, -0.999677687608, 0.0243351070463), (-0.00210136327663, -0.0243508860856, -0.999701264688)-0.308297926561, 95.8798002612, 41.0900266894
2given(-0.999991953968, -0.0039084791176, -0.000903211205434), (0.000969296245203, -0.0169393918992, -0.999856048372), (0.0038926166371, -0.999848878978, 0.0169430440785)5.54120247209, 69.029062653, 67.7692405068
3given(-0.999955214202, 0.00208820757469, -0.00923087097112), (-0.00921962163012, 0.0053340468561, 0.999943271652), (0.0021373270124, 0.999983593532, -0.00531455548284)5.42960543887, 28.1653730535, -28.2458937699

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要素

#1: タンパク質
Group 1 truncated hemoglobin


分子量: 12822.427 Da / 分子数: 4 / 変異: C51S, C71S, Y34F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア)
遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 28% w/v PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日
放射モノクロメーター: MIrror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.28 Å / Num. obs: 30655 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 3.04 % / Biso Wilson estimate: 11.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.29 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 5684 / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.146 / % possible all: 99.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisPro1.171.41.93aデータ削減
CrysalisPro1.171.41.93aデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB entry 3AQ7

3aq7


解像度: 2→23.45 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.41
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: MR-SAD: rough MR solution combined with purely SAD-based structure factors obtained from anomalous data
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 1983 6.53 %
Rwork0.1748 28405 -
obs0.1766 30388 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 172 533 4293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53925216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.71641416
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.482315241447
13AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.55916810492
14AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.590211500961
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.22761400.18291950X-RAY DIFFRACTION98
2.05-2.110.27671410.18022021X-RAY DIFFRACTION99
2.11-2.170.20461340.17521947X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.240.21561360.17271984X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.320.20211410.172005X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.410.20071380.1741969X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.520.20211420.1762042X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.650.2671370.17811981X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.820.23951400.18922029X-RAY DIFFRACTION99
2.82-3.040.20221430.18312054X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.340.17031420.18722023X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.820.19591460.16332081X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.810.16861470.15232089X-RAY DIFFRACTION100
4.81-23.450.18121560.18182230X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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