PDB-8ugz: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ugz

タイトル

Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant

要素

Group 1 truncated hemoglobin

キーワード

HEME-BINDING PROTEIN /

GLOBIN (グロビン) / 2/2 HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

血液 /

oxygen binding /

heme binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella benthica KT99 (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1330488	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE-2003950	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	GRFP-1746891	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant
著者: Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J.

履歴

登録	2023年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ugz.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ugz.ent.gz	163.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ugz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tt9 8tls
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (3) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (3)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Group 1 truncated hemoglobin

B: Group 1 truncated hemoglobin

C: Group 1 truncated hemoglobin

D: Group 1 truncated hemoglobin

ヘテロ分子

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.486, 105.058, 151.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Group 1 truncated hemoglobin 分子量: 12838.427 Da / 分子数: 4 / 変異: C51S, C71S / 由来タイプ: 組換発現詳細: First residue of reference sequence A9DF82 (Met) is cleaved by E. coli; first residue of sample (Ser) is numbered 2. 由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア) 株: KT99 / 遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド / シアン化物分子量: 26.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23% PEG MME 2000, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 10mM KCN, Excluded from light PH範囲: 5.5-6.5 / Temp details: Room Temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年8月31日 / 詳細: NULL
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.33 Å / Num. obs: 41957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.025 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 36.82
反射シェル	解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 8.08 / Num. unique obs: 4202 / R_sym value: 0.125 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
CrysalisPro	1.171.42.49	データスケーリング
PHASER	(1.20.1_4487: ???)	位相決定
CrysalisPro	1.171.42.49	データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→23.29 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	1970	4.77 %
R_work	0.1762	-	-
obs	0.1778	41266	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3592	0	180	415	4187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4060
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	5575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.314	614
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.85	0.236	140	0.1804	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
1.85-1.89	0.2389	130	0.1802	2591	X-RAY DIFFRACTION	95
1.89-1.95	0.2224	142	0.1742	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-2.01	0.2134	135	0.1687	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.01-2.09	0.1951	141	0.1703	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1986	140	0.1684	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.27	0.202	137	0.1769	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
2.27-2.39	0.2241	136	0.1798	2709	X-RAY DIFFRACTION	97
2.39-2.54	0.244	143	0.1759	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.73	0.2732	143	0.186	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-3.01	0.2405	142	0.1911	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.44	0.1754	145	0.1849	2886	X-RAY DIFFRACTION	99
3.44-4.33	0.1756	143	0.1528	2878	X-RAY DIFFRACTION	99
4.33-23.29	0.196	153	0.1827	3081	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0337	-0.0577	0.0528	0.1106	-0.092	0.0839	-0.0354	0.0099	0.0088	0.0452	-0.0098	0.0126	-0.008	-0.0585	-0.0177	0.0339	-0.0106	0.0128	0.0585	-0.0104	0.0491	2.2458	62.4128	122.4736
2	-0.0003	0.0013	0.002	0.0559	0.0647	0.0759	-0.0037	0.0006	-0.0153	0.0406	-0.0015	0.0038	0.0913	0.0082	0.0049	0.0452	-0.0113	0.0134	0.0336	-0.0002	0.0175	9.5737	52.9911	117.0137
3	0.0188	0.0039	0.0021	0.0126	0.0206	0.0342	-0.0013	0.0013	0.0125	-0.006	-0.0241	-0.0059	0.0112	0.006	-0.0161	0.0101	-0.0047	0.0089	0.0289	0.0226	0.045	4.2595	63.0296	109.7809
4	0.0395	0.0083	-0.0072	0.0273	0.0094	0.049	-0.0199	-0.0035	-0.0109	0.0102	-0.0253	-0.02	-0.0256	0.0161	-0.0903	0.0486	-0.0079	0.0102	-0.0028	0.0201	0.0821	10.3722	67.8208	114.6888
5	0.0165	0.0023	0.0106	0.0072	0.0013	0.0059	0.0105	-0.0226	-0.0073	-0.0149	0.0153	0.0125	0.0313	-0.031	0.0533	0.0535	-0.0069	-0.0579	0.0601	0.0026	0.0508	2.9391	50.4824	68.7987
6	0.0157	0.0156	-0.0026	0.016	-0.0047	0.0265	-0.0072	-0.0095	0.0118	-0.0039	-0.0129	-0.0014	-0.014	-0.0084	-0.0177	0.019	0.0393	-0.0286	0.0659	-0.0123	0.0512	2.5053	63.7233	81.9025
7	0.0067	0.0018	-0.0042	0.0117	-0.0082	0.009	0.0068	0.0333	0.0178	-0.0118	0.0238	0.0158	-0.0002	-0.0215	0.049	0.0424	0.007	0.0031	0.0948	0.0242	0.0479	7.5244	57.7286	67.29
8	0.0008	0.001	-0.0008	0.0015	0	0.0051	-0.0136	0.0116	-0.0094	-0.0119	-0.0004	0.003	0.0058	-0.01	-0.0051	0.1027	-0.0268	0.0061	0.0927	-0.0068	0.0253	15.3988	56.9075	64.36
9	0.15	-0.0817	-0.0246	0.0583	-0.0371	0.1821	0.027	0.0039	0.0193	-0.0369	0.0173	0.0025	0.0904	0.002	0.058	0.0332	-0.0122	-0.0218	0.0306	0.0142	0.0301	10.0086	51.2382	79.1067
10	0.01	-0.0001	0.0003	0.0064	0.0061	0.0194	0.0118	0.036	-0.0027	0.051	0.0123	-0.0068	-0.0731	0.0098	0.0006	0.0695	-0.0223	0.0033	0.059	0.0162	0.0611	19.2401	83.6837	101.4737
11	0.0043	0.0003	0.0083	0.0022	0.0005	0.0198	-0.007	0.0335	0.019	-0.0094	0.0116	0.0007	-0.0261	-0.0043	-0.0223	0.0381	-0.0138	0.0296	0.0576	0.0344	0.0591	16.8366	78.6236	91.7814
12	0.0029	0.0008	0.0034	0.0004	0.0014	0.0046	-0.0108	-0.0075	0.0068	-0.0004	0.0017	0.0025	-0.0125	0.0012	0.0021	0.0997	0.0216	-0.0221	0.054	0.0109	0.073	6.3927	88.0624	95.1054
13	0.025	0.0213	-0.0233	0.0727	-0.047	0.035	0.0104	0.0036	0.0173	0.0407	-0.0207	0.0012	-0.0236	0.0053	0.01	0.0197	-0.0117	-0.0124	0.0391	0.0128	0.0415	12.2488	73.132	100.8399
14	0.0272	-0.015	0.0036	0.0495	-0.0341	0.0296	-0.0044	0.0062	0.0243	-0.0436	-0.0149	-0.0202	0.0275	0.0057	-0.0239	0.0704	0.0374	-0.0247	0.026	0.0015	0.0538	18.5567	32.6486	95.1987
15	0.0021	-0.0003	-0.0027	0.0007	0.001	0.003	0.0032	0.0037	-0.0094	0.0041	0.007	0.014	0.0145	-0.0029	0.006	0.1181	-0.0109	-0.0229	0.042	-0.0078	0.1015	7.2725	25.9209	95.1344
16	0.141	0.055	0.0474	0.1358	-0.0089	0.0226	0.0308	-0.0156	-0.0106	-0.0785	-0.0112	0.0558	0.0491	-0.0096	0.0045	0.0554	0.0187	0.0012	0.0295	0.0137	0.0279	12.5545	40.3662	90.3152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 92 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 93 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 39 through 54 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 55 through 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 65 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 27 through 54 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 55 through 64 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 65 through 117 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 53 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 54 through 64 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 65 through 117 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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