[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8ugz: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ugz | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant | ||||||||||||
Components | Group 1 truncated hemoglobin | ||||||||||||
Keywords | HEME-BINDING PROTEIN / GLOBIN / 2/2 HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Shewanella benthica KT99 (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||||||||
Authors | Schultz, T.D. / Martinez, J.E. / Siegler, M.A. / Schlessman, J.L. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: J.Inorg.Biochem. / Year: 2024 Title: Heme d formation in a Shewanella benthica hemoglobin. Authors: Martinez Grundman, J.E. / Schultz, T.D. / Schlessman, J.L. / Liu, K. / Johnson, E.A. / Lecomte, J.T.J. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ugz.cif.gz | 203 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8ugz.ent.gz | 163.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ugz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ugz_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8ugz_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 8ugz_validation.xml.gz | 24.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8ugz_validation.cif.gz | 35 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/8ugz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8vshC 8w3aC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 12838.427 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C51S, C71S Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: First residue of reference sequence A9DF82 (Met) is cleaved by E. coli; first residue of sample (Ser) is numbered 2. Source: (gene. exp.) Shewanella benthica KT99 (bacteria) / Strain: KT99 / Gene: KT99_16901 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A9DF82 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-CYN / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 42.2 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 23% PEG MME 2000, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 10mM KCN, Excluded from light PH range: 5.5-6.5 / Temp details: Room Temp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: Agilent SuperNova / Wavelength: 1.54 Å |
Detector | Type: AGILENT ATLAS CCD / Detector: CCD / Date: Aug 31, 2022 / Details: NULL |
Radiation | Monochromator: Mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→24.33 Å / Num. obs: 41957 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 36.82 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.87 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 8.08 / Num. unique obs: 4202 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→23.29 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / Phase error: 19.48 / Stereochemistry target values: MLHL
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→23.29 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|