PDB-8w3a: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w3a

タイトル

Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant with trans heme D

要素

Group 1 truncated hemoglobin

キーワード

HEME-BINDING PROTEIN /

GLOBIN (グロビン) / 2/2 HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

血液 /

oxygen binding /

heme binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella benthica KT99 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lecomte, J.T.J. / Schlessman, J.L. / Schultz, T.D. / Siegler, M.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heme D formation in a Shewanella benthica truncated hemoglobin
著者: Lecomte, J.T.J. / Martinez Grundman, J.E.

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w3a.cif.gz	207.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w3a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vshC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Group 1 truncated hemoglobin

B: Group 1 truncated hemoglobin

C: Group 1 truncated hemoglobin

D: Group 1 truncated hemoglobin

ヘテロ分子

56.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.357, 104.809, 150.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Group 1 truncated hemoglobin 分子量: 12838.427 Da / 分子数: 4 / 変異: C51S, C71S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア) 遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-A1ADT / {3-[(2R,5'R)-9',14'-diethenyl-5'-hydroxy-5',10',15',19'-tetramethyl-5-oxo-4,5-dihydro-3H-spiro[furan-2,4'-[21,22,23,24]tetraazapentacyclo[16.2.1.13,6.18,11.113,16]tetracosa[1,3(24),6,8,10,12,14,16(22),17,19]decaen]-20'-yl-kappa~4~N~21'~,N~22'~,N~23'~,N~24'~]propanoato}iron 分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG MME 2000, 10 mM KCN, 18 days in the dark, 43 days exposed to laboratory ambient light

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月25日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.25 Å / Num. obs: 41341 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 54.01
反射シェル	解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique obs: 4135 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207: 000	精密化
CrysalisPro	42.95a	データスケーリング
CrysalisPro	42.95a	データ削減
PHASER	1.21_5207: 000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.25 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	1982	4.84 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.1999	40960	98.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3592	0	348	202	4142

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.659	5810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.022	1644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3298	138	0.2567	2683	X-RAY DIFFRACTION	97
1.85-1.89	0.2763	135	0.2468	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
1.89-1.95	0.2867	143	0.2285	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-2.01	0.2689	138	0.2187	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.01-2.09	0.2422	141	0.2261	2778	X-RAY DIFFRACTION	99
2.09-2.17	0.2496	138	0.2049	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.27	0.234	143	0.1958	2804	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.39	0.2531	138	0.1999	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.54	0.2477	143	0.201	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
2.54-2.73	0.2578	143	0.2044	2828	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-3.01	0.2589	142	0.2058	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.44	0.2245	143	0.1962	2824	X-RAY DIFFRACTION	99
3.44-4.33	0.189	145	0.1641	2851	X-RAY DIFFRACTION	99
4.33-24.25	0.1953	152	0.1755	3013	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5985	0.0016	-0.0847	1.6608	-0.1702	0.5668	0.1496	-0.0983	0.0611	0.3121	-0.0627	0.1216	-0.1908	0.0855	-0.0066	0.145	-0.053	0.0216	0.1131	0.0012	0.0942	12.3521	12.2054	60.5321
2	1.3678	-0.984	-0.8743	1.9128	0.0351	1.0715	0.0466	0.1196	0.1285	-0.2364	-0.0566	-0.0292	-0.0022	-0.2758	-0.0931	0.1275	0.0272	-0.0768	0.0804	-0.0079	0.1253	2.7053	-10.0561	28.3789
3	1.0194	0.0844	-1.0397	1.4141	-0.4683	1.4673	-0.0989	0.0051	0.0972	-0.1582	-0.0172	-0.1151	-0.4754	-0.3987	0.1141	0.1842	0.0329	-0.0539	0.1201	-0.0121	0.1111	2.3157	2.6788	42.264
4	5.2372	-1.7586	-2.2535	2.3898	1.9196	3.4339	0.0601	0.0951	0.3435	0.1052	0.0661	-0.1095	-0.1181	0.007	-0.0683	0.1063	-0.0156	-0.0207	0.1029	0.0298	0.0709	7.2952	-2.1119	27.5713
5	0.8821	0.4321	0.3482	1.5556	0.4992	2.2891	0.096	-0.0141	-0.0109	-0.0686	-0.014	0.0244	-0.0265	0.1087	-0.048	0.0507	0.02	-0.0201	0.0467	0.0146	0.0879	10.4154	-5.1108	37.1948
6	0.6558	-0.2998	0.1321	2.0084	-0.1942	1.3795	0.0436	-0.0131	-0.1695	-0.2367	0.0235	-0.2205	0.2525	0.0509	-0.0469	0.1485	0.0175	-0.0261	0.0665	0.0348	0.0913	10.7078	-14.6007	36.4486
7	0.9828	0.1953	0.2806	0.9729	0.6487	0.4672	0.1076	-0.1379	0.0258	0.1501	-0.0381	0.0703	-0.3675	-0.1587	0.1503	0.2531	-0.0173	0.0804	0.1618	-0.0061	0.095	2.8018	2.0407	82.2173
8	1.8597	0.6329	-0.3929	1.6136	0.4642	2.3972	0.0683	-0.1267	-0.2731	0.3474	-0.0394	-0.0942	0.2423	0.0009	0.0315	0.1768	-0.0284	0.0305	0.1436	0.029	0.127	5.1773	-7.8763	77.0205
9	1.022	-0.4681	-0.1148	0.7279	-0.1962	0.1331	-0.2837	-0.6358	0.3903	0.93	-0.0085	0.1698	0.179	-0.1533	-0.3836	0.4985	0.0376	-0.0466	0.3844	-0.1113	0.1557	15.1718	-4.3182	86.528
10	0.6375	0.2202	-0.4147	0.9874	-0.048	1.9819	0.1401	-0.1316	0.1038	0.1839	-0.0304	0.0272	-0.3509	0.0832	-0.0594	0.2075	-0.0205	0.0523	0.1311	0.0074	0.1109	9.8104	0.8985	71.7576
11	2.921	0.4795	1.1551	1.0385	-1.2913	2.7477	0.0568	-0.0164	-0.4634	-0.1898	0.0535	-0.1764	0.6056	-0.0117	-0.1121	0.2309	0.0693	-0.0008	0.1396	0.0185	0.1182	19.2447	-31.3233	49.3524
12	1.2495	-0.469	0.633	2.5204	-0.1301	1.1233	-0.0487	-0.1972	-0.1369	0.1912	0.084	0.0766	0.257	-0.0965	-0.0187	0.1969	0.0278	-0.0025	0.1461	0.0456	0.1194	17.0984	-25.7775	59.52
13	1.5666	-1.7985	-1.7098	2.0946	1.9632	1.8697	-0.4785	-0.0179	-0.5034	0.4003	-0.1302	0.6667	0.8428	-0.1185	0.1466	0.3436	-0.0343	0.0708	0.1221	0.0191	0.2489	7.0426	-35.3727	54.6921
14	0.6922	-0.2144	0.0961	1.8496	0.1292	2.0052	0.0101	0.0045	-0.0656	-0.1918	-0.0046	0.0642	0.2126	0.0206	0.0006	0.1179	0.0257	-0.0166	0.0831	0.0315	0.0923	12.0626	-20.5995	50.2681
15	1.482	-0.127	-0.4324	1.559	-0.8998	0.7048	0.079	-0.1021	0.1876	0.3439	-0.0624	-0.0125	-0.1092	0.0451	-0.0334	0.1411	-0.0638	0.0101	0.0936	-0.0076	0.1498	18.3506	19.6114	56.06
16	1.213	1.2271	2.1448	1.3462	2.0052	4.0728	-0.1923	-0.0811	0.4473	-0.367	0.0029	0.3938	-0.9421	0.0633	0.1386	0.2943	-0.0108	0.0861	0.0665	-0.0367	0.3179	7.4684	26.873	55.7653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 65 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 27 through 38 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 39 through 53 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 54 through 92 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 93 through 117 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 26 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 27 through 54 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 55 through 64 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 65 through 117 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 26 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 27 through 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 54 through 64 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 65 through 117 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 53 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 54 through 64 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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