PDB-8vsh: Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemogl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vsh

タイトル

Crystal structure of Shewanella benthica Group 1 truncated hemoglobin C51S C71S variant with trans heme D

要素

Group 1 truncated hemoglobin

キーワード

HEME-BINDING PROTEIN / GLOBIN / 2/2 HEMOGLOBIN / HEME BINDING PROTEIN / PSYCHROPIEZOPHILE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen transport / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella benthica KT99 (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lecomte, J.T.J. / Martinez, J.E. / Schlessman, J.L. / Schultz, T.D. / Siegler, M.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1330488	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	CHE-2003950	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	GRFP-1746891	米国

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Heme d formation in a Shewanella benthica hemoglobin.
著者: Martinez Grundman, J.E. / Schultz, T.D. / Schlessman, J.L. / Liu, K. / Johnson, E.A. / Lecomte, J.T.J.

履歴

登録	2024年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vsh.cif.gz	197.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vsh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/8vsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ugzC 8w3aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Group 1 truncated hemoglobin

B: Group 1 truncated hemoglobin

C: Group 1 truncated hemoglobin

D: Group 1 truncated hemoglobin

ヘテロ分子

53.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.364, 104.604, 150.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Group 1 truncated hemoglobin 分子量: 12838.427 Da / 分子数: 4 / 変異: C51S, C71S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella benthica KT99 (バクテリア) 遺伝子: KT99_16901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9DF82
#2: 化合物	ChemComp-A1ADT / {3-[(2R,5'R)-9',14'-diethenyl-5'-hydroxy-5',10',15',19'-tetramethyl-5-oxo-4,5-dihydro-3H-spiro[furan-2,4'-[21,22,23,24]tetraazapentacyclo[16.2.1.13,6.18,11.113,16]tetracosa[1,3(24),6,8,10,12,14,16(22),17,19]decaen]-20'-yl-kappa~4~N~21'~,N~22'~,N~23'~,N~24'~]propanoato}iron 分子量: 632.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG MME 2000, 10 mM KCN, 18 days in the dark, 43 days exposed to laboratory ambient light

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月17日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→24.03 Å / Num. obs: 30478 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 32.38
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 3055 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5072	精密化
CrysalisPro	42.95a	データスケーリング
CrysalisPro	42.95a	データ削減
PHASER	1.21rc1_5072	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→24.03 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1994	6.56 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.193	30400	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3592	0	176	224	3992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.609	5320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.779	1500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	680

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.2798	139	0.2061	1973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.2826	143	0.2093	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.17	0.25	136	0.1948	1939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.215	141	0.1889	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2347	141	0.1919	2001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.41	0.2485	140	0.1855	1986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.52	0.2146	142	0.1851	2028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.65	0.2391	140	0.1945	1992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.2374	143	0.2049	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.04	0.2223	142	0.2011	2050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.34	0.2373	142	0.198	2011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1994	144	0.1782	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1981	145	0.1641	2076	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-24.03	0.2086	156	0.1981	2227	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9747	0.8549	-0.5036	1.3727	0.1791	1.257	0.0821	-0.1576	0.0015	0.2502	-0.1244	-0.1063	0.0934	0.1498	-0.1478	0.0784	-0.0159	-0.0501	0.0645	0.0104	0.0909	10.9011	42.35	46.8625
2	0.6432	0.1469	-0.0096	0.2392	-0.0558	1.6521	0.0044	-0.1604	0.2179	0.1063	0.0516	-0.1083	-0.2097	0.1307	-0.055	0.0831	-0.0174	-0.0377	0.068	-0.0091	0.0929	11.3873	54.9813	33.0312
3	1.28	0.4411	-0.3901	0.9647	-0.3111	1.2063	0.041	-0.1676	0.1055	0.087	-0.0093	-0.0332	-0.0416	0.0242	0.073	0.0643	-0.0256	-0.0246	0.0815	-0.0241	0.0423	6.1604	49.531	47.7763
4	0.4406	-0.0022	0.212	0.8448	-0.1357	0.9017	0.0525	-0.0231	-0.0233	0.1352	-0.0026	-0.0408	0.0238	-0.0623	0.0549	0.0318	-0.0101	-0.0223	0.0408	-0.0133	0.047	3.1079	47.3166	38.1008
5	0.4351	-0.0386	0.3467	1.2474	0.0403	0.89	0.0909	-0.0354	-0.0505	0.1504	-0.0688	-0.0098	0.1859	-0.0143	-0.1002	0.0901	-0.0187	-0.0347	0.0383	-0.0195	0.0676	2.9456	37.7037	38.8802
6	0.6101	-0.2948	-0.0768	0.9026	-0.0005	1.174	0.0885	0.2036	0.1232	-0.2636	-0.0064	-0.0868	-0.241	0.0794	-0.0594	0.2227	-0.0021	0.1126	0.1818	0.0075	0.1133	10.9674	54.2955	-6.9687
7	0.4851	-0.0376	-0.0633	0.7206	-0.1472	1.0069	0.0056	0.2189	-0.1354	-0.1945	-0.0213	-0.0098	0.0469	-0.0325	0.0229	0.1232	0.0223	0.0593	0.1659	-0.0314	0.0816	8.8507	43.985	-1.4818
8	1.3643	2.7611	-1.238	6.5153	-1.5521	2.1032	-0.1179	0.5695	0.1564	-0.8969	0.0583	-0.0462	0.0013	-0.2175	-0.003	0.2365	0.0462	0.0279	0.3846	0.0367	0.168	-1.1423	48.7745	-11.167
9	0.6429	-0.3823	-0.2057	0.767	0.4364	1.2652	0.1501	0.1908	0.1258	-0.2307	-0.07	-0.0732	-0.3186	-0.1315	-0.0733	0.1312	0.0223	0.058	0.1173	0.007	0.094	3.8407	53.5049	3.4783
10	1.5252	-0.0596	0.6761	0.7664	0.3573	1.8669	0.1312	-0.0947	-0.2422	0.2295	-0.0944	0.032	0.3827	-0.1064	-0.4103	0.1732	-0.0913	-0.0174	0.1146	-0.016	0.0949	-5.6268	21.0572	25.9779
11	0.2409	0.0497	0.04	0.5499	0.103	0.3632	-0.0164	0.1626	-0.109	-0.0502	0.0075	-0.0205	0.0688	0.0145	-0.173	0.0833	-0.0347	-0.0246	0.1127	-0.0559	0.0931	-3.4248	26.6489	15.7467
12	1.2485	1.063	-2.6206	1.5017	-2.1729	5.998	-0.1424	0.0343	-0.518	-0.1394	0.0214	-0.2429	0.7736	0.0013	0.0918	0.181	0.0251	-0.0365	0.1006	-0.0209	0.2643	6.887	16.7746	20.5365
13	0.4145	0.0494	0.2773	0.8621	0.3028	0.9544	0.0488	-0.0161	-0.049	0.1549	-0.0213	-0.0202	0.1595	-0.0543	0.0016	0.0584	-0.0298	-0.0065	0.0706	-0.0258	0.0513	1.5354	31.6107	25.3352
14	0.8834	0.0414	-0.4366	1.0938	-0.0069	0.9704	0.1311	0.1892	0.3066	-0.2556	-0.0804	0.0333	-0.2452	-0.0882	-0.2235	0.1892	0.1118	0.0131	0.1148	0.0287	0.1558	-5.8984	74.9552	13.7996
15	0.4162	-0.3667	-0.0193	1.1215	0.2826	0.4478	0.0012	-0.034	0.1365	-0.0405	-0.0271	-0.0665	-0.0459	0.0125	-0.0619	0.0396	0.0302	0.0234	0.0495	0.0053	0.1198	-3.5635	69.1662	23.9732
16	1.0182	-0.8084	1.9797	1.3576	-1.4907	3.8569	-0.0602	0.1422	0.4282	-0.0253	-0.0099	-0.2355	-0.7437	-0.0021	0.1372	0.2393	0.0135	0.0622	0.0978	0.0328	0.3183	6.4175	79.2688	19.4398
17	0.5472	-0.1133	-0.2442	0.9168	0.2266	0.5624	0.1343	0.1518	0.1613	-0.3092	-0.1132	-0.0896	-0.1922	-0.0659	0.0801	0.1291	0.0643	0.0243	0.0917	0.0179	0.0758	1.4021	64.4335	14.4026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 38 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 39 through 54 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 92 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 93 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 26 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 27 through 53 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 54 through 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 65 through 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 2 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 27 through 53 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 54 through 64 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 65 through 117 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 26 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 27 through 53 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 54 through 64 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 65 through 117 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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