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万見
- PDB-9yao: Gbg crosslinked to PLCb3 - second conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yao
タイトルGbg crosslinked to PLCb3 - second conformation
要素
  • 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein / heterotrimeric G protein / lipase / phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphoinositide phospholipase C / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / phosphatidylinositol metabolic process / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway ...phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphoinositide phospholipase C / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / phosphatidylinositol metabolic process / PLC beta mediated events / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / regulation of systemic arterial blood pressure / Activation of the phototransduction cascade / C-type glycerophospholipase activity / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / postsynaptic cytosol / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / molecular function activator activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / molecular adaptor activity / G alpha (q) signalling events / calmodulin binding / cell population proliferation / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / protein-containing complex / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain ...Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / EF-hand domain pair / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Fisher, I.J. / Lyon, A.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32 GM145110 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1R01 HL141076 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01 GM152701 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Gβγ engages PLCβ3 at multiple sites to reorient and facilitate its activation.
著者: Isaac J Fisher / Kanishka Senarath / Kennedy Outlaw / Kaushik Muralidharan / Elisabeth E Garland-Kuntz / Michelle Van Camp / Tommy Komay / Asuka Inoue / Eva Kostenis / Nevin A Lambert / Angeline M Lyon /
要旨: Phospholipase C β (PLCβ) enzymes are activated by heterotrimeric G protein subunits, increasing hydrolysis of phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (PIP2) at the plasma membrane. All four human ...Phospholipase C β (PLCβ) enzymes are activated by heterotrimeric G protein subunits, increasing hydrolysis of phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (PIP2) at the plasma membrane. All four human PLCβ isoforms (PLCβ1-4) are activated by Gα, while PLCβ1-3 are activated to varying extents by Gβγ. The binding sites for Gα on PLCβ are well-established and much has been learned about its mechanism of activation, but comparatively little is known about Gβγ-dependent activation. In this work, we used cryo-electron microscopy (cryo-EM) single particle analysis (SPA), functional assays, and bioluminescence resonance energy transfer (BRET) to investigate how Gβγ interacts with PLCβ3 in concert with activated Gα to regulate phospholipase activity. Gβγ heterodimers bind multiple surfaces of PLCβ3 to promote activation but alone do not recruit the enzyme to the plasma membrane. Instead, Gβγ facilitates activation by Gα, most likely by reorienting the phospholipase catalytic site at the membrane to maximize PIP2 hydrolysis and downstream Ca release. Cell-based functional assays demonstrate that Gβγ is required for maximal PLCβ3 activation even when G heterotrimers are the sole source of Gβγ. Together, these findings demonstrate that Gβγ acts as a critical positive allosteric modulator that regularly acts in concert with Gα to activate PLCβ3 at the plasma membrane.
履歴
登録2025年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0013
ポリマ－144,0013
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-3 / Phosphoinositide phospholipase C-beta-3 / Phospholipase C-beta-3 / PLC-beta-3


分子量: 99653.891 Da / 分子数: 1 / 変異: E60C, S193C, S221C, S358C, S824C, S834C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCB3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01970, phosphoinositide phospholipase C
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 36485.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62871
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63212
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BMOE-crosslinked complex of Gb1g2 and PLCb3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.156 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA and 0.1 mM EGTA
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 53.69 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8MDFFモデルフィッティング
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13Coot３次元再構成
14PHENIX３次元再構成
15PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65306 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: Crystal structures of Gbetagamma and PLCbeta3 (PDB IDs 1GP2 and 4GNK) were rigid-body fit into the cryo-EM map using Chimera. The model was refined using molecular dynamic flexible fitting ...詳細: Crystal structures of Gbetagamma and PLCbeta3 (PDB IDs 1GP2 and 4GNK) were rigid-body fit into the cryo-EM map using Chimera. The model was refined using molecular dynamic flexible fitting (MDFF). MDFF configuration files were generated using VMD. During MDFF simulation, Gbetagamma was set as rigid with domain restraints. The MDFF simulation was conducted with a grid scaling value of 0.5 for 100 ps, followed by 3,000 steps of energy minimization until convergence of the protein RMSD. The MDFF generated model was inspected and manually adjusted in Coot, guided through the use of deep-learning-based amino-acid-wise model quality (DAQ) scoring, and refined in PHENIX.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14GNK

4gnk

14GNK1PDBexperimental model
21GP2

1gp2

11GP22PDBexperimental model
精密化最高解像度: 7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029075
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49912284
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8993403
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391368
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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