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万見
- PDB-9y31: Symmetry relaxed asymmetric structure of an expansion intermediat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y31
タイトルSymmetry relaxed asymmetric structure of an expansion intermediate of Turnip crinkle virus
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Icosahedral non-enveloped ssRNA virus / Expansion intermediate
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Venkatakrishnan, V. / Braet, S. / Ramesh, R. / Clawson, M.A. / Laremore, T.N. / Wong, S.M. / Anand, G.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM158169-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel asymmetric isopeptide bond steers directional genomic RNA egress from icosahedral virus
著者: Venkatakrishnan, V. / Braet, S. / Ramesh, R. / Clawson, M.A. / Laremore, T.N. / Wong, S.M. / Anand, G.S.
履歴
登録2025年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Capsid protein
E: Capsid protein
H: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5133
ポリマ－114,5133
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / Coat protein / p38


分子量: 38170.941 Da / 分子数: 3 / 断片: R domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Turnip crinkle virus (ウイルス) / 参照: UniProt: P06663
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Turnip crinkle virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 8.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Turnip crinkle virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa
ウイルス殻直径: 350 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 5.4
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: Sodium Acetate / 式: CH3COONa
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 40000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2036

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6粒子像選択
4cryoSPARC4.2CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC4.6分類
13cryoSPARC4.6３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60938 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 76 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9Y2Z

9y2z


Accession code: 9Y2Z / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.62 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.026439
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.832599
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.07463
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.10477
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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