[日本語] English
万見
- EMDB-72428: Icosahedral symmetric structure of an expansion intermediate of T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72428
タイトルIcosahedral symmetric structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus (Asymmetric Trimer Unit)
マップデータIcosahedral symmetry averaged structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus
試料
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードIcosahedral non-enveloped ssRNA virus / Expansion intermediate / VIRUS
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Venkatakrishnan V / Braet S / Ramesh R / Clawson MA / Laremore TN / Wong SM / Anand GS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM158169-01 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Asymmetric isopeptide bond steers directional genomic RNA egress from icosahedral virus.
著者: Sean M Braet / Varun Venkatakrishnan / Ranita Ramesh / Molly A Clawson / Tatiana N Laremore / Sek-Man Wong / Ganesh S Anand /
要旨: Icosahedral RNA viruses rely upon essential asymmetries for directional genome egress into the host cell. How these asymmetric egress points are built into the quaternary assembly of the virion is ...Icosahedral RNA viruses rely upon essential asymmetries for directional genome egress into the host cell. How these asymmetric egress points are built into the quaternary assembly of the virion is unknown. Here, we capture the structure and dynamics of a partially expanded virus disassembly intermediate, poised to release its spring-loaded genomic RNA. The structure shows highly localized density of RNA underneath surface fivefold axes on one-half of the viral particle. This polarity in RNA distribution is associated with a unique interchain isopeptide bond (glutamic acid-lysine), which flanks conserved high-affinity RNA binding sites. This singular isopeptide bond at the asymmetric egress site confers an essential "loaded-die" feature that is critical for steering genomic RNA egress into the host cell for virus propagation.
履歴
登録2025年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_72428.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral symmetry averaged structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 638.64 Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 638.64 Å		1.06 Å/pix.
x 600 pix.
= 638.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0644 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-2.3881242 - 5.4332223
平均 (標準偏差)-0.0052448637 (±0.20883113)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 638.63995 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Icosahedral symmetry averaged hap map of an expansion...

ファイルemd_72428_half_map_1.map
注釈Icosahedral symmetry averaged hap map of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Icosahedral symmetry averaged hap map of an expansion...

ファイルemd_72428_half_map_2.map
注釈Icosahedral symmetry averaged hap map of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Turnip crinkle virus

全体名称: Turnip crinkle virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

-
超分子 #1: Turnip crinkle virus

超分子名称: Turnip crinkle virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11988 / 生物種: Turnip crinkle virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa (カブラ)
分子量理論値: 8.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 350.0 Å / T番号(三角分割数): 3

-
分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TCV CP / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Turnip crinkle virus (ウイルス)
分子量理論値: 38.170941 KDa
配列文字列: MENDPRVRKF ASDGAQWAIK WQKKGWSTLT SRQKQTARAA MGIKLSPVAQ PVQKVTRLSA PVALAYREVS TQPRVSTARD GITRSGSEL ITTLKKNTDT EPKYTTAVLN PSEPGTFNQL IKEAAQYEKY RFTSLRFRYS PMSPSTTGGK VALAFDRDAA K PPPNDLAS ...文字列:
MENDPRVRKF ASDGAQWAIK WQKKGWSTLT SRQKQTARAA MGIKLSPVAQ PVQKVTRLSA PVALAYREVS TQPRVSTARD GITRSGSEL ITTLKKNTDT EPKYTTAVLN PSEPGTFNQL IKEAAQYEKY RFTSLRFRYS PMSPSTTGGK VALAFDRDAA K PPPNDLAS LYNIEGCVSS VPWTGFILTV PTDSTDRFVA DGISDPKLVD FGKLIMATYG QGANDAAQLG EVRVEYTVQL KN RTGSTSD AQIGDFAGVK DGPRLVSWSK TKGTAGWEHD CHFLGTGNFS LTLFYEKAPV SGLENADASD FSVLGEAAAG SVQ WAGVKV AERGQGVKMV TTEEQPKGKW QALRI

UniProtKB: Capsid protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 5.4 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: CH3COONa / 構成要素 - 名称: Sodium Acetate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2036 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 40.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / 使用した粒子像数: 60938
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 14 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3zx8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 76
得られたモデル

PDB-9y2z:
Icosahedral symmetric structure of an expansion intermediate of Turnip Crinkle Virus (Asymmetric Trimer Unit)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る