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- PDB-9xae: Cryo-EM structure of the pre-40S ribosome (Enp1-Rrp12 WT) from Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9xae
タイトルCryo-EM structure of the pre-40S ribosome (Enp1-Rrp12 WT) from Chaetomium thermophilum, state Rio2-C
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 21
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 4
  • 18S rRNA
  • Bms1-type G domain-containing protein
  • Bystin-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Putative low-temperature viability protein
  • Putative ribosomal protein
  • Ribosomal protein s27-like protein
キーワードRIBOSOME / 90S pre-ribosome / Rrp12 / Enp1 / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA ...endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U3 snoRNA binding / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / ribosomal small subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / methyltransferase activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / methylation / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Tsr1, G-like domain / Bystin / Bystin / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN ...Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Tsr1, G-like domain / Bystin / Bystin / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Bms1-type G domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Bms1-type G domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / 40S ribosomal protein s15-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein s27-like protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein S27a-like protein / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Bystin-like protein / Putative ribosomal protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S17-like protein / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S28-like protein / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S16-like protein / Low-temperature viability protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / 40S ribosomal protein S19-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S22-like protein / 40S ribosomal protein S21-like protein / Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lau, B. / Li, Y. / Zhu, J. / Fischer, P. / Hong, X. / Yuan, R. / Beckmann, R. / Hurt, E. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Nucleoplasmic checkpoint of the 40S ribosomal decoding center maturation.
著者: Benjamin Lau / Yi Li / Jingyi Zhu / Xianwen Ye / Paulina Fischer / Xiaying Hong / Rui Yuan / Roland Beckmann / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
要旨: The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late ...The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late cytoplasmic steps and their checkpoint mechanisms are well characterized, the regulation of early nucleoplasmic DC assembly is unclear. Here, we show that the essential assembly factor Rrp12 plays a central coordinating role. Using Chaetomium thermophilum and cryo-electron microscopy analyses of fifteen pre-40S intermediates, we demonstrate that Rrp12 C terminus truncation: (1) inhibits release of the Utp14-Dhr1 pair, (2) displaces Tsr1, (3) promotes premature stabilization of h28, and (4) prevents h44 formation. These defects impair final 18S rRNA processing and prematurely activate the quality control kinase Rio1. Our results reveal a nucleoplasmic checkpoint during DC formation and establish Rrp12 as a critical regulator ensuring accurate assembly and orderly ribosome maturation.
履歴
登録2025年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Small ribosomal subunit protein uS2
E: Small ribosomal subunit protein eS1
F: Small ribosomal subunit protein uS5
H: 40S ribosomal protein S4
I: 40S ribosomal protein s5-like protein
J: 40S ribosomal protein S6
K: 40S ribosomal protein S7
L: 40S ribosomal protein S8
M: 40S ribosomal protein s9-like protein
O: 40S ribosomal protein S11-like protein
P: 40S ribosomal protein S12
Q: 40S ribosomal protein S13-like protein
R: 40S ribosomal protein S14-like protein
S: 40S ribosomal protein s15-like protein
T: 40S ribosomal protein S16-like protein
U: 40S ribosomal protein S17-like protein
V: Putative ribosomal protein
W: 40S ribosomal protein S19-like protein
Y: 40S ribosomal protein S21-like protein
Z: 40S ribosomal protein S22-like protein
a: 40S ribosomal protein s23-like protein
b: Small ribosomal subunit protein eS24
c: 40S ribosomal protein S25
e: Ribosomal protein s27-like protein
f: 40S ribosomal protein S28-like protein
h: 40S ribosomal protein S30
i: 40S ribosomal protein S27a-like protein
A: 18S rRNA
2: Bms1-type G domain-containing protein
3: Pre-rRNA-processing protein PNO1
4: Bystin-like protein
5: Putative low-temperature viability protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,306,13435
ポリマ－1,306,02032
非ポリマー1143
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Small ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 DEFb

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 31158.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYF9
#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S7T8
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 28556.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SAV4
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: P0CU28

+
40S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 HIJKLMOPQRSTUWYZacfhi

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1A6
#5: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Z0
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY43
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S8C4
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY45
#9: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z4
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SF00
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15961.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHH9
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZM9
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL1
#14: タンパク質 40S ribosomal protein s15-like protein


分子量: 17601.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S084
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBR7
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S17-like protein


分子量: 16720.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S871
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S19-like protein


分子量: 17151.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFK8
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S21-like protein


分子量: 10961.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SI21
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHI0
#21: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY17
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10932.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Y9
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9M9
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6917.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S27a-like protein


分子量: 17731.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S2X5

-
タンパク質 , 6種, 6分子 Ve2345

#17: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6J7
#24: タンパク質 Ribosomal protein s27-like protein


分子量: 8923.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1S4
#29: タンパク質 Bms1-type G domain-containing protein


分子量: 93766.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZ98
#30: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1


分子量: 28715.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S3T2
#31: タンパク質 Bystin-like protein


分子量: 54319.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S5J4
#32: タンパク質 Putative low-temperature viability protein


分子量: 49784.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SE19

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#28: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 578795.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#34: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#35: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: pre-40S ribosome, state Rio2-C / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Relion / タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85384 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6G18

6g18


Accession code: 6G18 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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