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- EMDB-66688: Cryo-EM structure of the pre-40S ribosome (Enp1-Rrp12 Mut) from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66688
タイトルCryo-EM structure of the pre-40S ribosome (Enp1-Rrp12 Mut) from Chaetomium thermophilum, state Tsr1-1*
マップデータlocal resolution filtered using Relion
試料
  • 複合体: pre-40S ribosome, state Tsr1-1*
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワード90S pre-ribosome / Rrp12 / Enp1 / ribosome biogenesis / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (guanine-N7)-methylation / rRNA (guanine) methyltransferase activity / 90S preribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / methyltransferase activity / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit ...rRNA (guanine-N7)-methylation / rRNA (guanine) methyltransferase activity / 90S preribosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / methyltransferase activity / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / non-specific serine/threonine protein kinase / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / Methyltransferase type 11 ...Serine/threonine-protein kinase Rio1 / : / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23, C-terminal / 18S rRNA (guanine(1575)-N(7))-methyltransferase Bud23-like / Methyltransferase involved in Williams-Beuren syndrome / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / : / RIO domain / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / : / : / Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I) / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / : / Tyrosine-protein kinase, active site / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S13-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein s27-like protein / Serine/threonine-protein kinase RIO1 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Small ribosomal subunit protein eS1 ...40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S13-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein s27-like protein / Serine/threonine-protein kinase RIO1 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S7 / Uncharacterized protein / Methyltransferase-like protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / 40S ribosomal protein S22-like protein / Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lau B / Li Y / Zhu J / Fischer P / Hong X / Yuan R / Beckmann R / Hurt E / Cheng J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Nucleoplasmic checkpoint of the 40S ribosomal decoding center maturation.
著者: Benjamin Lau / Yi Li / Jingyi Zhu / Xianwen Ye / Paulina Fischer / Xiaying Hong / Rui Yuan / Roland Beckmann / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
要旨: The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late ...The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late cytoplasmic steps and their checkpoint mechanisms are well characterized, the regulation of early nucleoplasmic DC assembly is unclear. Here, we show that the essential assembly factor Rrp12 plays a central coordinating role. Using Chaetomium thermophilum and cryo-electron microscopy analyses of fifteen pre-40S intermediates, we demonstrate that Rrp12 C terminus truncation: (1) inhibits release of the Utp14-Dhr1 pair, (2) displaces Tsr1, (3) promotes premature stabilization of h28, and (4) prevents h44 formation. These defects impair final 18S rRNA processing and prematurely activate the quality control kinase Rio1. Our results reveal a nucleoplasmic checkpoint during DC formation and establish Rrp12 as a critical regulator ensuring accurate assembly and orderly ribosome maturation.
履歴
登録2025年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年6月24日-
マップ公開2026年6月24日-
更新2026年6月24日-
現状2026年6月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66688.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 360 pix.
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x 360 pix.
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最小 - 最大-0.1464946 - 0.26779023
平均 (標準偏差)-0.000059567737 (±0.005752972)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 376.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: consensus refined map without postprocessing

ファイルemd_66688_additional_1.map
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試料の構成要素

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全体 : pre-40S ribosome, state Tsr1-1*

全体名称: pre-40S ribosome, state Tsr1-1*
要素
  • 複合体: pre-40S ribosome, state Tsr1-1*
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein s9-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein s23-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein s27-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
    • RNA: pre-18S
    • タンパク質・ペプチド: Methyltransferase-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase RIO1
    • タンパク質・ペプチド: Utp14
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: pre-40S ribosome, state Tsr1-1*

超分子名称: pre-40S ribosome, state Tsr1-1* / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

+
分子 #1: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 29.245158 KDa
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 29.800764 KDa
配列文字列: MARGPKKHQK RLSAPSHWLL DKLSGAYAPR PSTGPHKLRD CMPLIVFVRN RLKYALNYRE TKAIMMQRLV KVDGKVRTDI TYPAGFMDV ITIEKTGENF RLIYDTKGRF TVHRITDEEA KYKLGKVKRV QLGRGGVPFL VTHDARTIRY PDPLIKVNDT V KIDLETGK ...文字列:
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UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 27.490139 KDa
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UniProtKB: 40S ribosomal protein S6

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 23.08465 KDa
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UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 23.102416 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RSHTGAKRAF YRKKRAFELG RQPANTRIGP KRIHIVRTRG GNHKYRALRL DSGNFAWGSE GCTRKTRIIG VVYHPSNNE LVRTNTLTKS AVVQIDAAPF RQWYEAHYGQ PLGRRRQQKQ GQVVEEVKKS KSVEKKQAAR FAAHGKVDPA L EKQFEAGR ...文字列:
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UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #6: 40S ribosomal protein s9-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein s9-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 22.029836 KDa
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MAPRKYSKTY KVPRRPYEAA RLDSELKLVG EYGLRNKREV WRVLLTLSKI RRAARILLTL DEKDPKRLFE GNALIRRLVR IGVLDESRM KLDYVLALKA EDFLERRLQT LVYKLGLAKS IHHARVLIRQ RHIRVGKQIV NVPSFMVRLD SQKHIDFALT S PFGGGRPG RVRRKKAKAA EGGEGGEEEE EE

UniProtKB: 40S ribosomal protein s9-like protein

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S11-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein S11-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 18.698182 KDa
配列文字列:
MATELTVQSE RAFLKQPHIF LNSKVKVKST RPGKGGRRWY KDVGLGFKTP KTAIEGHYID KKCPFTGMVS IRGRILTGRV VSTKMHRTI IIRREYLHYI PKYNRYEKRH KNLAAHVSPA FRVEEGDMVV VGQCRPLSKT VRFNVLRVLP RTGKSVKKFQ K F

UniProtKB: 40S ribosomal protein S11-like protein

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S13-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein S13-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 16.912891 KDa
配列文字列:
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UniProtKB: 40S ribosomal protein S13-like protein

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S14-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein S14-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 16.071464 KDa
配列文字列:
MPPKKTTRPA QENISLGPQV REGELVFGVA RIFASFNDTF VHVTDLSGRE TICRVTGGMK VKADRDESSP YAAMLAAQDV AARCKELGI TALHIKIRAT GGNGTKTPGP GAQSALRALA RSGMKIGRIE DVTPTPSDST RRKGGRRGRR L

UniProtKB: 40S ribosomal protein S14-like protein

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S22-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein S22-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 14.905471 KDa
配列文字列:
MVRTSVLHDA LNSINNAEKM GKRQVMIRPS SKVIVKFLQV MQRHGYIGEF EEVDNHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRYN VRLAELEKW VTKLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEARRK HVAGKIIGFF Y

UniProtKB: 40S ribosomal protein S22-like protein

+
分子 #11: 40S ribosomal protein s23-like protein

分子名称: 40S ribosomal protein s23-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 15.934653 KDa
配列文字列:
MSGGKPRGLN AARKLRNNRR EQRWADLQYK KRALGTAYKS SPFGGSSHAK GIVLEKVGVE AKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VGLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: 40S ribosomal protein s23-like protein

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein eS24

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 15.535286 KDa
配列文字列:
MADTDSPVTL RTRKFIRNPL LSRKQMVVDI LHPGRPNISK DELREKLATM YKAQKDQVSV FGLRTQYGGG KTTGFALIYD SPEALKKFE PRYRLVRAGL AAKVEKASRQ QRKQRKNRLK TLRGTAKVKG AKAKKEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #13: Ribosomal protein s27-like protein

分子名称: Ribosomal protein s27-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 8.923572 KDa
配列文字列:
MVLAVDLLNP SPASEARKHK LKTLVPAPRS FFMDVKCPGC FTITTVFSHA QTVVICQGCT NVLCQPTGGK ARLTEGCSFR RK

UniProtKB: Ribosomal protein s27-like protein

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 6.917273 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKQEKPKTP KGRAKKRLLY TRRFVNITVV GGKRKMNPNP GN

+
分子 #16: Methyltransferase-like protein

分子名称: Methyltransferase-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 30.362834 KDa
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UniProtKB: Methyltransferase-like protein

+
分子 #17: Pre-rRNA-processing protein PNO1

分子名称: Pre-rRNA-processing protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 28.715047 KDa
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UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein PNO1

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分子 #18: Serine/threonine-protein kinase RIO1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase RIO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 59.374414 KDa
配列文字列: MTPAPEPQDP PTIHEPVATE QTDDISDWDV ESDYEDGYGA PSKSQAQGGA SAADRPKINA HARIDDQMTD LARHASKIRL DNLTMQQIF RDKDRTDNAT SDQVLDNHTR MIILNMLNRN IISEIYGTIS TGKEANVYNA VAYDNNGERI ERAVKVYKTI I LGFKDRER ...文字列:
MTPAPEPQDP PTIHEPVATE QTDDISDWDV ESDYEDGYGA PSKSQAQGGA SAADRPKINA HARIDDQMTD LARHASKIRL DNLTMQQIF RDKDRTDNAT SDQVLDNHTR MIILNMLNRN IISEIYGTIS TGKEANVYNA VAYDNNGERI ERAVKVYKTI I LGFKDRER YLAGEQRFKT IVDKALSAPR KMIKLWAEKE FRNLKRLHTA GIPCPEPIYL KYNVMVMGFL GDHTNGYAFP RL HDTKITG ETLEETEAEW RRLYINLLSM MRRMYQVCGL VHGDLSEYNI LYNEGVLYII DVSQSVEHDH IEATNFLRMD IRN VNDFFA RRGVDTLSDR TVYHFITDST GAVDENGMRK AIDNLYATRP PLAESEEARA EQEIDNQVFR NQFIPTTLEE VYNL EVELG KKVDTRLYQH MLADSKVPES TGGEHKSGEG GESGSEDEEG DEGESGEVES GDEEREEGEG DRFEKKRPRG KKHLD KAEK HAHKMAVKEA KREKRKEKMP KHVKKKLVAA NKKRK

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase RIO1

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分子 #19: Utp14

分子名称: Utp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 104.741391 KDa
配列文字列: MPGRQAHGRP LLPSLGSSSG GGKSKKSRSK ARRSAQSKAL DAFALAAEQV PESRSKGVRL RDLDEHPSTS ASRNKRQHED DEEDDFDGF DDDEGMGRKK RARRDSGGDE DGDDVDEDME GGADGEDDSE EWHVGVTGAD EDSEIDSDEA FGESDEERFE G FVFGGSKS ...文字列:
MPGRQAHGRP LLPSLGSSSG GGKSKKSRSK ARRSAQSKAL DAFALAAEQV PESRSKGVRL RDLDEHPSTS ASRNKRQHED DEEDDFDGF DDDEGMGRKK RARRDSGGDE DGDDVDEDME GGADGEDDSE EWHVGVTGAD EDSEIDSDEA FGESDEERFE G FVFGGSKS HKKGTKKRRN GSEDDAIDLA TALDQYESSE EGEEGEESES EEDDEESEEE DSDEEDDDPS KLDALQSMIA GF AGEDEES GGEGEAKPSG KQKLSLKDLG LVGVKDPDMK RSLRLMKKEE KATKPGSSKK LEVPLAKRQQ DRLMREAAYK KTN ETLDRW IETVKHNRRA EHLVFPLAQN AHDRGLDASE LQPITQKTSG TELEQTILAI MEESGLGPTA KPEKKETSGE AGKQ GMSKE EQKELIRQKR RERELHSREM ARLKRIKKIK SKTWRRIHRK ELLKNEEAAY QAALEAGELD SEEEREALDR RRALE RVGA RHKESKWAKL GKKAGRAVWD EDFRAGLAEM ARRKDELRKR IEGLKNGSDD SSDDSDGDED ASGDEAAERR KLLAEL EKA AAYSDDDEPH SKLFQLKFMQ RGEELRRKEN EELIAQIRRE LDSDYDGSEP DEVEIGRRTF GMGKKDKTEQ QQAQDQL AR MQAAEARKEK AAARVAAAEE TVKQEAREKA EKDEASAPST AGAWSQPKVE AGAWSKPDDE GSSKPRKAPK GRPEEIDV T DLALAGKPAK AKANGQAKSQ VQGKAHASNG QSSSSQKAST SVAITGAEED GNDSDDSDAV HLPMAIRDRA LIERAFAGD DVAAEFEKEK AEIEADDDEK EIDNTLPGWG SWVGEGVSNR EKRRHQGRFV TKVEGIKKEK RKDYKLKDVI INEKRVKKND KYLATGLPH PFESQQQYER SLRLPVGPEW MTKETFQDAT KPRVIIKQGI IAPMSKPMY

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #15: pre-18S

分子名称: pre-18S / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 579.124812 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUUCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUAUACAG CGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUCGUUUAU UUGAUAGUAC CUUACUACAU GGAUAACCGU GGUAAUUCUA G AGCUAAUA ...文字列:
UACCUGGUUG AUUCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUAUACAG CGAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAUCAGU UAUCGUUUAU UUGAUAGUAC CUUACUACAU GGAUAACCGU GGUAAUUCUA G AGCUAAUA CAUGCUGAAA AUCCCGACUU CGGAAGGGAU GUAUUUAUUA GAUUAAAAAC CAAUGCCCUU CGGGGCUUUC UG GUGAUUC AUAAUAACUU CUCGAAUCGC ACGGCCUUGC GCCGGCGAUG GUUCAUUCAA AUUUCUGCCC UAUCAACUUU CGA CGGCUG GGUAUUGGCC AGCCGUGGUG ACAACGGGUA ACGGAGGGUU AGGGCUCGAC CCCGGAGAAG GAGCCUGAGA AACG GCUAC UACAUCCAAG GAAGGCAGCA GGCGCGCAAA UUACCCAAUC CCGACACGGG GAGGUAGUGA CAAUAAAUAC UGAUA CAGG GCUCUUUCGG GUCUUGUAAU UGGAAUGAGU ACAAUUUAAA UCCCUUAACG AGGAACAAUU GGAGGGCAAG UCUGGU GCC AGCAGCCGCG GUAAUUCCAG CUCCAAUAGC GUAUAUUAAA GUUGUUGAGG UUAAAAAGCU CGUAGUUGAA CCUUGGG CC UAGCCCGCCG GUCCGCCUCA CCGCGUGCAC UGGCUGGGCU GGGCCUUUCC UUCUGGAGAA CCGCAUGCCC UUCACUGG G UGUGUCGGGG AACCAGGACU UUUACUCUGA ACAAAUUAGA UCGCUUAAAG AAGGCCUAUG CUUGAAUACA UUAGCAUGG AAUAAUAGAA UAGGACGUGU GGUUCUAUUU UGUUGGUUUC UAGGACCGCC GUAAUGAUUA AUAGGGACAG UCGGGGGCGU CAGUAUUCA AUUGUCAGAG GUGAAAUUCU UGGAUUUAUU GAAGACUAAC AACUGCGAAA GCAUUCGCCA AGGAUGUUUU C AUUAAUCA GGAACGAAAG UUAGGGGAUC GAAGACGAUC AGAUACCGUC GUAGUCUUAA CCAUAAACUA UGCCGAUUAG GG AUCGGAC GGCGUUUAUU UUUGACCCGU UCGGCACCUU ACGAUAAAUC AAAAUGUUUG GGCUCCUGGG GGAGUAUGGU CGC AAGGCU GAAACUUAAA GAAAUUGACG GAAGGGCACC ACCAGGGGUG GAGCCUGCGG CUUAAUUUGA CUCAACACGG GGAA ACUCA CCAGGUCCAG ACACGAUGAG GAUUGACAGA UUGAGAGCUC UUUCUUGAUU UCGUGGGUGG UGGUGCAUGG CCGUU CUUA GUUGGUGGAG UGAUUUGUCU GCUUAAUUGC GAUAACGAAC GAGACCUUAA CCUGCUAAAU AGCCCGUAUU GCCUUG GCA GUACGCCGGC UUCUUAGAGG GACUAUCGGC UCAAGCCGAU GGAAGUUUGA GGCAAUAACA GGUCUGUGAU GCCCUUA GA UGUUCUGGGC CGCACGCGCG CUACACUGAC AGAGCCAGCG AGUACUCCCU UGGCCGAGAG GCCCGGGUAA UCUUGUUA A ACUCUGUCGU GCUGGGGAUA GAGCAUUGCA AUUAUUGCUC UUCAACGAGG AAUCCCUAGU AAGCGCAAGU CAUCAGCUU GCGUUGAUUA CGUCCCUGCC CUUUGUACAC ACCGCCCGUC GCUACUACCG AUUGAACGGC UCAGUGAGGC UUUCGGACUG GCCCAGAGA GGUCGGCAAC GACCACUCAG GGCCGGAAAG UUAUCCAAAC UCGGUCGUUU AGAGGAAGUA AAAGUCGUAA C AAGGUCUC CGUAGGUGAA CCUGCGGAGG GAUCAUUAA

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分子 #20: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #22: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6g18

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 6707
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6g18


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9xai:
Cryo-EM structure of the pre-40S ribosome (Enp1-Rrp12 Mut) from Chaetomium thermophilum, state Tsr1-1*

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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