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- PDB-9xah: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Enp1-Rrp12 Mut) from C... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9xah
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Enp1-Rrp12 Mut) from Chaetomium thermophilum, state B1*
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 13
  • (Nucleolar protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 2
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • (Small-subunit processome Utp12 domain-containing ...) x 2
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 4
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • 35s rna
  • Bms1-type G domain-containing protein
  • Bystin-like protein
  • CCAAT-binding factor domain-containing protein
  • DDB1- and CUL4-associated factor 13
  • Faf1
  • Fcf2 pre-rRNA processing C-terminal domain-containing protein
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
  • KRR1 small subunit processome component
  • Nucleolar complex protein 14
  • Nucleolar essential protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Protein BFR2
  • Putative U3 snoRNP protein
  • Putative ribosomal protein
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • Ribosomal RNA-processing protein
  • Sas10 C-terminal domain-containing protein
  • U three protein 7
  • U3 snoRNP protein
  • UTP14
  • UTP16
  • UTP17
  • UTP18
  • UTP20
  • UTP24
  • UTP4
  • UTP8
  • mpp10
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • u3 rna
キーワードRIBOSOME / 90S pre-ribosome / Rrp12 / Enp1 / ribosome biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


box H/ACA snoRNP complex / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / t-UTP complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / Mpp10 complex ...box H/ACA snoRNP complex / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Noc4p-Nop14p complex / t-UTP complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / positive regulation of rRNA processing / U3 snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA processing / 90S preribosome / RNA endonuclease activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / nuclear membrane / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / translation / structural constituent of ribosome / GTPase activity / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CTHT_0071780 C-terminal domain / WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 ...: / CTHT_0071780 C-terminal domain / WD repeat-containing protein 75 first beta-propeller / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / U3 snoRNA associated / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 domain / Small subunit processome component 20 homolog, C-terminal / Sof1-like protein / : / Sof1-like domain / BING4, C-terminal domain / Nucleolar complex protein 4 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / BING4CT (NUC141) domain / Nucleolar complex protein 4-like, TPR repeats / BING4CT (NUC141) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Small-subunit processome, Utp11 / Nucleolar protein 14 / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Fcf2/DNTTIP2 / : / Utp11 protein / Nop14-like family / Fcf2 pre-rRNA processing / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / UTP15 C terminal / WDR3 second beta-propeller domain / WDR3 first beta-propeller domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / BP28, C-terminal domain / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / : / BP28CT (NUC211) domain / NOP5NT (NUC127) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / HEATR1-like, HEAT repeats / BP28CT (NUC211) domain / Sas10 C-terminal domain / : / Sas10 C-terminal domain / Small-subunit processome, Utp12 / : / Dip2/Utp12 Family / IFT122 first beta-propeller / Small-subunit processome, Utp21 / : / : / Utp21 specific WD40 associated putative domain / WDR36/Utp21 second beta-propeller domain / WDR36/Utp21 first beta-propeller / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Sas10/Utp3/C1D / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Sas10/Utp3/C1D family / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / Nucleolar protein 58 / Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein / U three protein 7 / CCAAT-binding factor domain-containing protein / Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein s5-like protein / RNA cytidine acetyltransferase / Nucleolar protein 56 / U3 snoRNP protein / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 pre-rRNA processing C-terminal domain-containing protein / Sas10 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Bystin-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Uncharacterized protein / Ribosomal protein / Small ribosomal subunit protein eS1 / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein / U3 snoRNP protein / 40S ribosomal protein S7 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / 40S ribosomal protein S28-like protein / Protein BFR2 / Nucleolar essential protein 1 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Nucleolar complex protein 14 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 C-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Ribosomal RNA-processing protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 C-terminal domain-containing protein / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 40S ribosomal protein S22-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein CTHT_0071780 / Small ribosomal subunit protein eS24
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lau, B. / Li, Y. / Zhu, J. / Fischer, P. / Hong, X. / Yuan, R. / Beckmann, R. / Hurt, E. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Nucleoplasmic checkpoint of the 40S ribosomal decoding center maturation.
著者: Benjamin Lau / Yi Li / Jingyi Zhu / Xianwen Ye / Paulina Fischer / Xiaying Hong / Rui Yuan / Roland Beckmann / Ed Hurt / Jingdong Cheng /
要旨: The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late ...The decoding center (DC) is a key ribosomal structure for accurate translation, assembled in a multi-step process that starts on nucleolar pre-ribosomes and ends in the cytoplasm. While late cytoplasmic steps and their checkpoint mechanisms are well characterized, the regulation of early nucleoplasmic DC assembly is unclear. Here, we show that the essential assembly factor Rrp12 plays a central coordinating role. Using Chaetomium thermophilum and cryo-electron microscopy analyses of fifteen pre-40S intermediates, we demonstrate that Rrp12 C terminus truncation: (1) inhibits release of the Utp14-Dhr1 pair, (2) displaces Tsr1, (3) promotes premature stabilization of h28, and (4) prevents h44 formation. These defects impair final 18S rRNA processing and prematurely activate the quality control kinase Rio1. Our results reveal a nucleoplasmic checkpoint during DC formation and establish Rrp12 as a critical regulator ensuring accurate assembly and orderly ribosome maturation.
履歴
登録2025年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年6月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
UA: Periodic tryptophan protein 2-like protein
UB: Nucleolar complex protein 14
UC: Sas10 C-terminal domain-containing protein
UD: UTP4
UF: U3 snoRNP protein
UG: U three protein 7
UJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
UK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
UL: Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein
UM: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 C-terminal domain-containing protein
UN: UTP14
UO: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 C-terminal domain-containing protein
UQ: UTP17
UR: UTP18
UU: Putative U3 snoRNP protein
UX: UTP24
UZ: Ribosome biogenesis protein C8F11.04
CA: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
CB: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
CC: Nucleolar protein 56
CD: Nucleolar protein 58
CE: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
CF: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
CG: Ribosomal RNA-processing protein
CH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
CI: Bms1-type G domain-containing protein
CJ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
CK: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
CL: mpp10
CM: DDB1- and CUL4-associated factor 13
CN: Nucleolar essential protein 1
CO: Nucleolar essential protein 1
CP: KRR1 small subunit processome component
CQ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
CR: RNA cytidine acetyltransferase
CS: RNA cytidine acetyltransferase
CT: Fcf2 pre-rRNA processing C-terminal domain-containing protein
Ca: Small ribosomal subunit protein eS1
Cb: 40S ribosomal protein S4
Cc: 40S ribosomal protein s5-like protein
Cd: 40S ribosomal protein S6
Ce: 40S ribosomal protein S7
Cf: 40S ribosomal protein S8
Cg: 40S ribosomal protein s9-like protein
Ch: 40S ribosomal protein S13-like protein
Ci: 40S ribosomal protein S14-like protein
Cj: 40S ribosomal protein S16-like protein
Ck: 40S ribosomal protein S11-like protein
Cm: 40S ribosomal protein S22-like protein
Cn: 40S ribosomal protein s23-like protein
Co: Small ribosomal subunit protein eS24
Cp: 40S ribosomal protein S28-like protein
CU: Faf1
C1: 35s rna
C2: u3 rna
CW: Ribosome biogenesis protein ENP2
UT: UTP20
UH: UTP8
UE: Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein
US: CCAAT-binding factor domain-containing protein
Cl: Putative ribosomal protein
CX: Bystin-like protein
CY: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein
CZ: Protein BFR2
UI: Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein
UP: UTP16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,473,27870
ポリマ－4,472,23866
非ポリマー1,0404
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 31種, 35分子 UAUBUCUDUFUGUNUQURUUUXCACBCECFCGCHCICLCMCNCOCPCQCRCSCTCUUTUH...

#1: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2-like protein


分子量: 100897.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SF93
#2: タンパク質 Nucleolar complex protein 14


分子量: 103960.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SDW0
#3: タンパク質 Sas10 C-terminal domain-containing protein


分子量: 73214.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S4H3
#4: タンパク質 UTP4


分子量: 97696.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SCT7
#5: タンパク質 U3 snoRNP protein


分子量: 46924.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S387
#6: タンパク質 U three protein 7


分子量: 63629.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZ99
#11: タンパク質 UTP14


分子量: 69957.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
#13: タンパク質 UTP17


分子量: 105039.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SCS8
#14: タンパク質 UTP18


分子量: 69135.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBN9
#15: タンパク質 Putative U3 snoRNP protein


分子量: 115122.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S872
#16: タンパク質 UTP24


分子量: 22135.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
#18: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase


分子量: 32960.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SGY2
#21: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / Nucleolar protein family A member 2


分子量: 13831.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SGM0
#22: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein


分子量: 69610.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SG51
#23: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 43399.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0B1
#24: タンパク質 Bms1-type G domain-containing protein


分子量: 134172.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S445
#27: タンパク質 mpp10


分子量: 79056.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
#28: タンパク質 DDB1- and CUL4-associated factor 13 / WD repeat and SOF domain-containing protein 1


分子量: 50869.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY94
#29: タンパク質 Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SAY9
#30: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1


分子量: 37500.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S3V7
#31: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1


分子量: 28715.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S3T2
#32: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase


分子量: 119795.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
参照: UniProt: G0S273, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#33: タンパク質 Fcf2 pre-rRNA processing C-terminal domain-containing protein


分子量: 22569.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S4E3
#49: タンパク質 Faf1


分子量: 34576.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S5F1
#53: タンパク質 UTP20


分子量: 295278.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHP3
#54: タンパク質 UTP8


分子量: 102421.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: P0CT47
#56: タンパク質 CCAAT-binding factor domain-containing protein


分子量: 63331.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL4
#57: タンパク質 Putative ribosomal protein


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S6J7
#58: タンパク質 Bystin-like protein


分子量: 54319.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S5J4
#60: タンパク質 Protein BFR2


分子量: 69040.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SAJ6
#61: タンパク質 UTP16


分子量: 40726.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S612

+
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 4種, 4分子 UJUKUMUO

#7: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10


分子量: 198508.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S5L1
#8: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SF32
#10: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 C-terminal domain-containing protein


分子量: 100430.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SG95
#12: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 C-terminal domain-containing protein


分子量: 60524.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SEI5

+
Small-subunit processome Utp12 domain-containing ... , 2種, 3分子 ULUEUI

#9: タンパク質 Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein


分子量: 107573.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL9
#55: タンパク質 Small-subunit processome Utp12 domain-containing protein


分子量: 44663.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYX2

+
Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 UZCW

#17: タンパク質 Ribosome biogenesis protein C8F11.04


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S7X0
#52: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ENP2


分子量: 75833.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S902

+
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 CCCD

#19: タンパク質 Nucleolar protein 56


分子量: 57830.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S2U4
#20: タンパク質 Nucleolar protein 58


分子量: 64292.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RYF6

+
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 CJCKCY

#25: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein imp3


分子量: 21802.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SDL4
#26: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4


分子量: 34216.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SE90
#59: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein


分子量: 42625.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S7Z2

+
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 CaCo

#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S7T8
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: P0CU28

+
40S ribosomal protein ... , 13種, 13分子 CbCcCdCeCfCgChCiCjCkCmCnCp

#35: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1A6
#36: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Z0
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY43
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S8C4
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY45
#40: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z4
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RZM9
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL1
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SBR7
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S11-like protein


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SF00
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0SHI0
#46: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0RY17
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類) / 参照: UniProt: G0S9M9

+
RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2

#50: RNA鎖 35s rna


分子量: 755853.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)
#51: RNA鎖 u3 rna


分子量: 87969.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermochaetoides thermophila (菌類)

+
非ポリマー , 4種, 4分子

#62: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#63: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#64: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#65: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S pre-ribosome, state B1* / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#61 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4RELIONCTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Relion / タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70904 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6RXU

6rxu


Accession code: 6RXU / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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