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- PDB-9vsr: The DCY1040 and TUG-891-bound structure of TMEM175 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vsr
タイトルThe DCY1040 and TUG-891-bound structure of TMEM175
要素Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TMEM175 / cro-EM / agonist / Parkinson / lysosome
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis ...lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / lysosome / endosome membrane / endosome / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Endosomal/lysomomal potassium channel TMEM175 / Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / : / Chem-YN9 / Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Zhu, X. / Liu, H. / Yin, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the activation of TMEM175 by small molecule.
著者: Xuewu Zhu / Meixuan Ping / Heng Liu / Ting Yu / Zhongwen Jiang / Zhenhua Liu / Chanjing Li / Xinjiao Hou / Qinyu Chu / Shuyao Li / Caiwen Mao / Ting Luo / Chunlan Kang / Feng Wang / Chuanyan ...著者: Xuewu Zhu / Meixuan Ping / Heng Liu / Ting Yu / Zhongwen Jiang / Zhenhua Liu / Chanjing Li / Xinjiao Hou / Qinyu Chu / Shuyao Li / Caiwen Mao / Ting Luo / Chunlan Kang / Feng Wang / Chuanyan Yang / Meiqin Tang / Zhidong Jiang / Zhaobing Gao / Hong Liu / H Eric Xu / Beisha Tang / Xi Cheng / Wanchao Yin / Yu Zhou / Ping Li /
要旨: The upregulation of transmembrane protein 175 (TMEM175) has the potential to improve Parkinson's disease (PD) by aiding in the removal of α-synuclein aggregates. Understanding the structural basis ...The upregulation of transmembrane protein 175 (TMEM175) has the potential to improve Parkinson's disease (PD) by aiding in the removal of α-synuclein aggregates. Understanding the structural basis of TMEM175 agonisms is crucial for uncovering its therapeutic potential for PD. Here, we have identified the first cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of human TMEM175 complexes with three agonists: DCY1020, DCY1040, and TUG-891. An open state of TMEM175 is unequivocally captured, laying the groundwork for designing more effective agonists. Further investigations using surface plasmon resonance, systematic mutagenesis, whole-endolysosome patch-clamp techniques, and molecular dynamics simulations consistently revealed that DCY1020/1040 binds at the interface between two subunits, inducing an open conformation further augmented by the synergistic agonist TUG-891. Notably, these agonists facilitate the removal of pathological α-synuclein and restore functions of PD-related TMEM175 variants in neurons. Our findings provide proof of concept that drug discovery targeting TMEM175 can develop agonists capable of effectively reducing pathological α-synuclein levels in PD.
履歴
登録2025年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
B: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,81911
ポリマ－111,3342
非ポリマー2,4849
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175 / Potassium channel TMEM175 / Transmembrane protein 175 / hTMEM175


分子量: 55667.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM175
発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
参照: UniProt: Q9BSA9

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非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-YN9 / 3-{4-[(4-fluoro-4'-methyl[1,1'-biphenyl]-2-yl)methoxy]phenyl}propanoic acid


分子量: 364.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21FO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-A1ETE / (2S)-2-butyl-2-cyclohexyl-6,7-bis(fluoranyl)-5-[3-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)propoxy]-3H-inden-1-one


分子量: 432.507 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DCY1020-bound structure of TMEM175 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 1.38 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249064 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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