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- EMDB-65303: The DCY1020-bound structure of TMEM175 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65303
タイトルThe DCY1020-bound structure of TMEM175
マップデータ
試料
  • 複合体: DCY1020-bound structure of TMEM175
    • タンパク質・ペプチド: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
  • リガンド: (2S)-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-5-[3-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)propoxy]-3H-inden-1-one
キーワードTMEM175 / cro-EM / agonist / Parkinson / lysosome / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis ...lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / lysosome / endosome / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Endosomal/lysomomal potassium channel TMEM175 / Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
類似検索 - ドメイン・相同性
Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhu X / Liu H / Yin W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the activation of TMEM175 by small molecule.
著者: Xuewu Zhu / Meixuan Ping / Heng Liu / Ting Yu / Zhongwen Jiang / Zhenhua Liu / Chanjing Li / Xinjiao Hou / Qinyu Chu / Shuyao Li / Caiwen Mao / Ting Luo / Chunlan Kang / Feng Wang / Chuanyan ...著者: Xuewu Zhu / Meixuan Ping / Heng Liu / Ting Yu / Zhongwen Jiang / Zhenhua Liu / Chanjing Li / Xinjiao Hou / Qinyu Chu / Shuyao Li / Caiwen Mao / Ting Luo / Chunlan Kang / Feng Wang / Chuanyan Yang / Meiqin Tang / Zhidong Jiang / Zhaobing Gao / Hong Liu / H Eric Xu / Beisha Tang / Xi Cheng / Wanchao Yin / Yu Zhou / Ping Li /
要旨: The upregulation of transmembrane protein 175 (TMEM175) has the potential to improve Parkinson's disease (PD) by aiding in the removal of α-synuclein aggregates. Understanding the structural basis ...The upregulation of transmembrane protein 175 (TMEM175) has the potential to improve Parkinson's disease (PD) by aiding in the removal of α-synuclein aggregates. Understanding the structural basis of TMEM175 agonisms is crucial for uncovering its therapeutic potential for PD. Here, we have identified the first cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of human TMEM175 complexes with three agonists: DCY1020, DCY1040, and TUG-891. An open state of TMEM175 is unequivocally captured, laying the groundwork for designing more effective agonists. Further investigations using surface plasmon resonance, systematic mutagenesis, whole-endolysosome patch-clamp techniques, and molecular dynamics simulations consistently revealed that DCY1020/1040 binds at the interface between two subunits, inducing an open conformation further augmented by the synergistic agonist TUG-891. Notably, these agonists facilitate the removal of pathological α-synuclein and restore functions of PD-related TMEM175 variants in neurons. Our findings provide proof of concept that drug discovery targeting TMEM175 can develop agonists capable of effectively reducing pathological α-synuclein levels in PD.
履歴
登録2025年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 186.88 Å		1.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 186.88 Å		1.46 Å/pix.
x 128 pix.
= 186.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.2413878 - 3.309409
平均 (標準偏差)0.016463535 (±0.12594542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 186.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_65303_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65303_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65303_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DCY1020-bound structure of TMEM175

全体名称: DCY1020-bound structure of TMEM175
要素
  • 複合体: DCY1020-bound structure of TMEM175
    • タンパク質・ペプチド: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
  • リガンド: (2S)-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-5-[3-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)propoxy]-3H-inden-1-one

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超分子 #1: DCY1020-bound structure of TMEM175

超分子名称: DCY1020-bound structure of TMEM175 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175

分子名称: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.667219 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL ...文字列:
MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL SPQIQRSAHR ALYRRHVLGI VLQGPALCFA AAIFSLFFVP LSYLLMVTVI LLPYVSKVTG WCRDRLLGHR EP SAHPVEV FSFDLHEPLS KERVEAFSDG VYAIVATLLI LDICEDNVPD PKDVKERFSG SLVAALSATG PRFLAYFGSF ATV GLLWFA HHSLFLHVRK ATRAMGLLNT LSLAFVGGLP LAYQQTSAFA RQPRDELERV RVSCTIIFLA SIFQLAMWTT ALLH QAETL QPSVWFGGRE HVLMFAKLAL YPCASLLAFA STCLLSRFSV GIFHLMQIAV PCAFLLLRLL VGLALATLRV LRGLA RPEH PPPAPTGQDD PQSQLLPAPC

UniProtKB: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175

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分子 #2: (2S)-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-5-[3-(1H-1,2,3,4-te...

分子名称: (2S)-2-butyl-6,7-bis(chloranyl)-2-cyclopentyl-5-[3-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)propoxy]-3H-inden-1-one
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1ETD
分子量理論値: 451.389 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 1.38 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wc9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 50017
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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