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- PDB-1ete: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FLT3 LIGAND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ete
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FLT3 LIGAND
要素FLT3 LIGAND
キーワードCYTOKINE / four-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic cell differentiation / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / embryonic hemopoiesis / positive regulation of natural killer cell proliferation / PI3K Cascade / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / B cell differentiation ...dendritic cell differentiation / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / embryonic hemopoiesis / positive regulation of natural killer cell proliferation / PI3K Cascade / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / B cell differentiation / cytokine activity / receptor tyrosine kinase binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flt3 ligand / flt3 ligand / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Savvides, S.N. / Boone, T. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Flt3 ligand structure and unexpected commonalities of helical bundles and cystine knots.
著者: Savvides, S.N. / Boone, T. / Andrew Karplus, P.
履歴
登録2000年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLT3 LIGAND
B: FLT3 LIGAND
C: FLT3 LIGAND
D: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,37213
ポリマ－61,7834
非ポリマー5899
水3,855214
1
A: FLT3 LIGAND
B: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2848
ポリマ－30,8912
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
2
C: FLT3 LIGAND
D: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0885
ポリマ－30,8912
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
3
A: FLT3 LIGAND
B: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子

C: FLT3 LIGAND
D: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,37213
ポリマ－61,7834
非ポリマー5899
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
4
A: FLT3 LIGAND
B: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子

C: FLT3 LIGAND
D: FLT3 LIGAND
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,37213
ポリマ－61,7834
非ポリマー5899
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4630 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.080, 159.410, 26.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
FLT3 LIGAND


分子量: 15445.717 Da / 分子数: 4 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P49771
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細WATER 6049 WAS MODELED IN WHAT IS BELIEVED TO BE A LOW OCCUPANCY SITE FOR AN ORDERED ZINC ATOM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110-15 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
31 mM EDTA1drop
46-9 %(w/v)PEG80001reservoir
50.2 Mzinc acetate1reservoir
60.1 Msodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 117033 / Num. obs: 29421 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 3.8 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique all: 1372 / % possible all: 95.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 1 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 1471 RANDOM
Rwork0.239 --
all-29421 -
obs-28346 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4271 0 9 217 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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