[日本語] English
万見
- PDB-9v1k: Cryo- EM structure of small subunit (head) of 75S ribosome with P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v1k
タイトルCryo- EM structure of small subunit (head) of 75S ribosome with P- tRNA from Entamoeba histolytica
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 8
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 3
  • 17S rRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta 2-like 1, putative
  • Ribosomal protein S29, putative
キーワードRIBOSOME / SSU-head / P-tRNA / Entamoeba histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol hexakisphosphate binding / negative regulation of translational frameshifting / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...inositol hexakisphosphate binding / negative regulation of translational frameshifting / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site ...Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / WD domain, G-beta repeat / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta 2-like 1, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S28, putative ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S3 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta 2-like 1, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S28, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sharma, S. / Mishra, S. / Gourinath, S. / Kaushal, P.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
sA: 40S ribosomal protein S25
sD: 40S ribosomal protein S28, putative
sE: Ribosomal protein S29, putative
sG: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta 2-like 1, putative
sa: 17S rRNA
sd: 40S ribosomal protein S3
sg: Small ribosomal subunit protein uS7
sl: 40S ribosomal protein S10, putative
sq: 40S ribosomal protein S15, putative
ss: 40S ribosomal protein S16, putative
st: 40S ribosomal protein S17, putative
su: Small ribosomal subunit protein uS13
sv: Small ribosomal subunit protein eS19
sw: 40S ribosomal protein S20, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)853,36214
ポリマ－853,36214
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
40S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 sAsDsdslsqssstsw

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 14794.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M9F4
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S28, putative


分子量: 7745.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LZQ8
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26977.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LT02
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 14575.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LVC0
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative


分子量: 16405.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7H3
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 17547.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M2R7
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 13617.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M0Z2
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S20, putative


分子量: 13258.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M5V7

-
タンパク質 , 2種, 2分子 sEsG

#3: タンパク質 Ribosomal protein S29, putative / uS14 Ribosomal Protein


分子量: 6472.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LW10
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta 2-like 1, putative


分子量: 35015.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LTS8

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 sa

#5: RNA鎖 17S rRNA


分子量: 628401.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: BDEQ01000001

-
Small ribosomal subunit protein ... , 3種, 3分子 sgsusv

#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5


分子量: 23072.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15587
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17698.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: P48151
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 17776.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15631

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Entamoeba histolytica Ribosome Small Subunit head from 75S ribosome with P-tRNA
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
細胞内の位置: cytoplasmic / Organelle: ribosome
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.106 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 11840

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1.4初期オイラー角割当
10RELION3.1.4最終オイラー角割当
11RELION3.1.4分類
12RELION3.1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 142247
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53764 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 55.98 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refinement
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15XXB

5xxb

15XXB1PDBexperimental model
24UG0

4ug0

14UG02PDBexperimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る