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万見
- PDB-9v29: Cryo- EM structure of small subunit (body) of 75S ribosome with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v29
タイトルCryo- EM structure of small subunit (body) of 75S ribosome with A/P- & P/E- tRNAs from Entamoeba histolytica bound to antibiotic paromomycin
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 9
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 5
  • 17S rRNA
  • A/P-tRNA
  • P/E-tRNA
  • Ribosomal protein S14, putative
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / SSU-body of 75S Ribosome-PAR complex / A/P-tRNA / P/E-tRNA / Entamoeba histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / small-subunit processome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PUA domain profile. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus ...PUA domain profile. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / : / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S11 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein S14, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S6 ...PAROMOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein S14, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S4, putative / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein eS27
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sharma, S. / Mishra, S. / Gourinath, S. / Kaushal, P.S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR45101/DRUG/134/121/2022 インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of ribosome from pathogenic protozoa Entamoeba histolytica reveals unique features of its architecture.
著者: Shivani Sharma / Shalini Mishra / Samudrala Gourinath / Prem S Kaushal /
要旨: Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with ...Entamoeba histolytica, an anaerobic protozoan parasite, is the causative agent of amoebiasis, bloody diarrhea, and liver abscesses in humans. Amoebiasis is more predominant in tropical areas with poor sanitation conditions, and it remains the fourth leading cause of death due to a protozoan infection. E. histolytica life cycle spans between an infective 'cyst stage' and an active disease-causing 'trophozoite stage'. We have isolated ribosomes from the trophozoite stage of E. histolytica. Here, we report single particle cryo-EM structures of the 53S ribosome large subunit (LSU), and 75S associated ribosomes, with P-tRNA, A/P and P/E tRNAs, and with paromomycin antibiotic, at 2.8 Å to 3.4 Å resolution. The E. histolytica possesses a reduced ribosome with a conserved core, and the periphery evolved with species-specific unique features. The most notable features are the presence of the rRNA triple helix near the peptide exit tunnel, the expansion segment H88ES102 near the exit site on LSU, and unique insertions in r-proteins. Furthermore, the 75S ribosome paromomycin complex structure provides the atomic details of its interactions. These structures provide insights into the evolutionary adaptation of the E. histolytica translational machinery and may be explored further for amoebicidal therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
sB: 40S ribosomal protein S26
sC: Small ribosomal subunit protein eS27
sI: A/P-tRNA
sJ: P/E-tRNA
sK: mRNA
sa: 17S rRNA
sb: Small ribosomal subunit protein uS2
sc: Small ribosomal subunit protein uS5
se: Small ribosomal subunit protein eS1
sf: 40S ribosomal protein S4, putative
sh: 40S ribosomal protein S6
si: 40S ribosomal protein S7
sj: 40S ribosomal protein S8
sk: Small ribosomal subunit protein uS4
sm: 40S ribosomal protein S11, putative
so: 40S ribosomal protein S13, putative
sp: Ribosomal protein S14, putative
sr: 40S ribosomal protein S15a, putative
sy: 40S ribosomal protein S23, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,011,19920
ポリマ－1,010,58319
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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40S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 sBsfshsisjsmsosrsy

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 16455.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7G9
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S4, putative


分子量: 36830.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LYF4
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 29822.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXN2
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21999.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M9F9
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 27031.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M0Q2
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 18248.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M979
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative


分子量: 17038.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: A0A175JJM9
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative


分子量: 14692.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4LXM0
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 15745.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M5B7

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Small ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 sCsbscsesk

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 / EHZC3 protein


分子量: 9338.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: P38654
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 28633.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M5A0
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 27737.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M7U0
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1


分子量: 29094.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: C4M609
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S9


分子量: 21548.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: O15612

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RNA鎖 , 4種, 4分子 sIsJsKsa

#3: RNA鎖 A/P-tRNA


分子量: 24484.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#4: RNA鎖 P/E-tRNA


分子量: 24617.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#5: RNA鎖 mRNA


分子量: 3193.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
#6: RNA鎖 17S rRNA


分子量: 628401.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: GenBank: BDEQ01000001

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 sp

#17: タンパク質 Ribosomal protein S14, putative


分子量: 15670.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
参照: UniProt: B1N2I3
#20: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of SSU body of 75S ribosome bound to Paromomycin with A/P and P/E-tRNA from Entamoeba histolytica
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Entamoeba histolytica HM-1:IMSS (赤痢アメーバ)
細胞内の位置: cytoplasmic / Organelle: Ribosome
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20nM HEPES-sodium salt buffer pH 7.4, 100mM Potassium acetate, 10mM Magnesium acetate, 10mm Ammonium acetate, 3mM DTT
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 1.09 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 4688

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1.4初期オイラー角割当
10RELION3.1.4最終オイラー角割当
11RELION3.1.4分類
12RELION3.1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 54889
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37355 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 35.18 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: phenix.real_space_refinement
原子モデル構築
ID 3D fitting-ID詳細Source nameタイプ
11the coordinates of 75S with P-tRNA was usedOtherother
21the coordinates of 75S with P-tRNA was usedOtherother

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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