PDB-9qyt: Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyt

タイトル

Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L50Y T110E

要素

Leaf-branch compost cutinase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / PET depolymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Bioengineering (Basel) / 年: 2025
タイトル: Application of a Rational Crystal Contact Engineering Strategy on a Poly(ethylene terephthalate)-Degrading Cutinase.
著者: Walla, B. / Dietrich, A.M. / Brames, E. / Bischoff, D. / Fritzsche, S. / Castiglione, K. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2025年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyt.cif.gz	73 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyt.ent.gz	49.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9qyt_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qyt_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	9qyt_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	9qyt_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qypC 9qyqC 9qyrC 9qysC 9qyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Leaf-branch compost cutinase

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.21, 97.21, 74.67
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase 分子量: 27613.871 Da / 分子数: 1 / 変異: L50Y T110E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.6 M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→48.605 Å / Num. obs: 1147084 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 26.18 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.98
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / Num. unique obs: 7019 / CC_1/2: 0.517

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→48.605 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.009 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	2188	5.001 %
R_work	0.2031	41561	-
all	0.204	-	-
obs	-	43749	98.596 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.757 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.855 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.855 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.605 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1945	0	9	236	2190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.933	1.784	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.978	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.775	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.33	10	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.868	10	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.29	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.992	3.148	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.639	5.64	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.716	3.329	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.736	6.033	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.257	34.491	3223

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.64-1.683	0.436	161	0.454	3056	0.454	3235	0.857	0.855	99.4436	0.446
1.683-1.729	0.386	157	0.398	2986	0.398	3143	0.879	0.883	100	0.386
1.729-1.779	0.365	154	0.349	2918	0.349	3074	0.903	0.909	99.9349	0.333
1.779-1.833	0.355	147	0.315	2791	0.317	2954	0.913	0.92	99.4584	0.294
1.833-1.893	0.331	143	0.292	2724	0.294	2893	0.917	0.935	99.1013	0.265
1.893-1.96	0.254	137	0.279	2604	0.278	2798	0.949	0.945	97.9628	0.246
1.96-2.034	0.333	132	0.251	2513	0.255	2702	0.925	0.957	97.8904	0.21
2.034-2.116	0.224	129	0.237	2437	0.237	2608	0.968	0.961	98.3896	0.194
2.116-2.21	0.286	122	0.218	2317	0.221	2504	0.949	0.969	97.4042	0.172
2.21-2.318	0.231	116	0.208	2205	0.209	2398	0.97	0.974	96.789	0.161
2.318-2.443	0.284	110	0.207	2097	0.211	2288	0.961	0.975	96.4598	0.159
2.443-2.591	0.295	105	0.226	1989	0.229	2164	0.947	0.971	96.7653	0.179
2.591-2.769	0.281	100	0.202	1914	0.206	2047	0.957	0.976	98.3879	0.165
2.769-2.99	0.227	95	0.216	1808	0.216	1925	0.966	0.971	98.8571	0.184
2.99-3.274	0.216	88	0.203	1653	0.203	1759	0.973	0.974	98.9767	0.179
3.274-3.659	0.237	80	0.191	1522	0.193	1615	0.966	0.978	99.195	0.183
3.659-4.221	0.154	71	0.149	1351	0.149	1443	0.987	0.987	98.5447	0.15
4.221-5.16	0.158	61	0.118	1166	0.12	1229	0.984	0.992	99.8373	0.127
5.16-7.256	0.136	49	0.138	939	0.138	988	0.988	0.988	100	0.148
7.256-48.605	0.129	31	0.148	571	0.147	602	0.986	0.985	100	0.173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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