PDB-9qyr: Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qyr

タイトル

Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L50Y Q183K

要素

Leaf-branch compost cutinase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / PET depolymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Bioengineering / 年: 2025
タイトル: Application of a Rational Crystal Contact Engineering Strategy on a Poly(ethylene terephthalate)-Degrading Cutinase
著者: Walla, B. / Dietrich, A.M. / Brames, E. / Bischoff, D. / Fritzsche, S. / Castiglione, K. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2025年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qyr.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qyr.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qypC 9qyqC 9qysC 9qytC 9qyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Leaf-branch compost cutinase

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.57, 96.57, 73.16
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase 分子量: 28917.379 Da / 分子数: 1 / 変異: L50Y Q183K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.6 M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→48.29 Å / Num. obs: 964320 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 25.93 % / CC_1/2: 0.806 / Net I/σ(I): 19.09
反射シェル	解像度: 1.71→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 152116 / CC_1/2: 0.806 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.71→48.285 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.151 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	1891	5.002 %
R_work	0.1713	35916	-
all	0.173	-	-
obs	-	37807	99.636 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.408 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.408 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.816 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→48.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1943	0	2	292	2237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.784	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.013	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.164	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.123	10	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.711	10	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.369	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.355	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.671	2.766	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.302	4.955	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.938	2.986	995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.984	5.377	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.096	31.48	3313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.71-1.754	0.431	133	0.418	2531	0.419	2769	0.94	0.938	96.208	0.408
1.754-1.802	0.345	133	0.307	2522	0.309	2665	0.954	0.955	99.6248	0.283
1.802-1.855	0.296	131	0.236	2488	0.239	2621	0.945	0.963	99.9237	0.203
1.855-1.912	0.239	127	0.208	2406	0.209	2533	0.965	0.969	100	0.18
1.912-1.974	0.24	123	0.202	2346	0.204	2469	0.96	0.972	100	0.175
1.974-2.043	0.213	120	0.175	2285	0.177	2405	0.969	0.981	100	0.15
2.043-2.12	0.208	115	0.175	2185	0.176	2300	0.973	0.98	100	0.15
2.12-2.207	0.183	112	0.166	2116	0.167	2228	0.975	0.982	100	0.141
2.207-2.305	0.209	107	0.167	2033	0.169	2141	0.973	0.982	99.9533	0.145
2.305-2.417	0.242	103	0.166	1956	0.17	2059	0.963	0.982	100	0.145
2.417-2.547	0.219	97	0.178	1851	0.181	1949	0.972	0.98	99.9487	0.157
2.547-2.701	0.205	93	0.171	1761	0.173	1858	0.978	0.982	99.7847	0.154
2.701-2.887	0.18	87	0.172	1657	0.173	1748	0.976	0.981	99.7712	0.159
2.887-3.118	0.21	82	0.192	1560	0.193	1648	0.971	0.976	99.6359	0.182
3.118-3.414	0.221	75	0.177	1425	0.179	1500	0.972	0.982	100	0.177
3.414-3.814	0.201	70	0.167	1318	0.169	1388	0.977	0.985	100	0.173
3.814-4.4	0.146	61	0.123	1175	0.124	1236	0.99	0.992	100	0.133
4.4-5.377	0.177	53	0.124	1005	0.126	1058	0.983	0.991	100	0.138
5.377-7.558	0.187	43	0.16	804	0.162	848	0.983	0.988	99.8821	0.177
7.558-48.285	0.162	26	0.158	492	0.159	519	0.988	0.985	99.8073	0.196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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