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- PDB-9qyp: Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qyp
タイトルCrystal structure of leaf branch compost cutinase variant
要素Leaf-branch compost cutinase
キーワードHYDROLASE / cutinase / PET depolymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase / PET hydrolase-like / : / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leaf-branch compost cutinase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.007 Å
データ登録者Bischoff, D. / Walla, B. / Brames, E. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WE2715/14-2 ドイツ
引用ジャーナル: Bioengineering (Basel) / 年: 2025
タイトル: Application of a Rational Crystal Contact Engineering Strategy on a Poly(ethylene terephthalate)-Degrading Cutinase.
著者: Walla, B. / Dietrich, A.M. / Brames, E. / Bischoff, D. / Fritzsche, S. / Castiglione, K. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.
履歴
登録2025年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Leaf-branch compost cutinase
A: Leaf-branch compost cutinase
B: Leaf-branch compost cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5993
ポリマ－86,5993
非ポリマー00
水5,981332
1
C: Leaf-branch compost cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8661
ポリマ－28,8661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Leaf-branch compost cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8661
ポリマ－28,8661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Leaf-branch compost cutinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8661
ポリマ－28,8661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.91, 101.87, 265.81
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase


分子量: 28866.312 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.6 M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.007→48.955 Å / Num. obs: 919234 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.34 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.98
反射 シェル解像度: 2.01→2.13 Å / Num. unique obs: 14188 / CC1/2: 0.499

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
XDSJun 30, 2024データ削減
XDSJun 30, 2024データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.007→48.955 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.216 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 4446 5.001 %
Rwork0.2079 84459 -
all0.21 --
obs-88905 99.926 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.819 Å20 Å2-0 Å2
2--3.45 Å20 Å2
3----4.269 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.007→48.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5870 0 0 332 6202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0126026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9121.788251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.85775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.471547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23210857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.21210251
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.22890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.24175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1460.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1570.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3194.4773109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2168.0123881
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3194.6472917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1298.3924370
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.38945.9819279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.007-2.0590.413210.41360970.41364410.7630.76399.64290.413
2.059-2.1150.3963190.38660530.38663780.8070.81899.90590.382
2.115-2.1760.363090.36758790.36661950.8450.83299.8870.361
2.176-2.2430.372980.33656600.33859610.8760.89599.94970.326
2.243-2.3160.3572930.31355610.31558610.8960.9199.88060.299
2.316-2.3980.322800.30453250.30556080.9210.92699.94650.286
2.398-2.4880.3162710.28151570.28354290.9320.94399.98160.259
2.488-2.5890.3152620.2649680.26352320.9320.95399.96180.237
2.589-2.7040.32520.23547860.23850380.9460.9631000.205
2.704-2.8350.2742420.21245960.21548380.9550.9711000.183
2.835-2.9880.2972270.21743230.22145520.9470.97199.95610.189
2.988-3.1690.2722190.21241520.21543710.9520.9721000.189
3.169-3.3870.3162050.22138930.22540980.9380.971000.2
3.387-3.6560.2211920.19336490.19438410.970.981000.178
3.656-4.0030.2051760.16833420.1735180.9750.9861000.158
4.003-4.4720.161610.13330570.13432180.9850.9911000.126
4.472-5.1570.1451420.11827140.11928560.9880.9931000.113
5.157-6.2980.1971220.15923130.16124350.980.9881000.149
6.298-8.8340.19970.14318380.14619370.9850.9999.89670.14
8.834-48.9550.221580.16510960.16811550.960.98399.91340.175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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