PDB-9qys: Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L5...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qys

タイトル

Crystal structure of leaf branch compost cutinase variant ICCG L50Y Q238K

要素

Leaf-branch compost cutinase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / PET depolymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bischoff, D. / Walla, B. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Bioengineering / 年: 2025
タイトル: Application of a Rational Crystal Contact Engineering Strategy on a Poly(ethylene terephthalate)-Degrading Cutinase
著者: Walla, B. / Dietrich, A.M. / Brames, E. / Bischoff, D. / Fritzsche, S. / Castiglione, K. / Janowski, R. / Niessing, D. / Weuster-Botz, D.

履歴

登録	2025年4月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qys.cif.gz	71.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qys.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qys.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/9qys	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9qypC 9qyqC 9qyrC 9qytC 9qyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Leaf-branch compost cutinase

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.32, 97.32, 72.48
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-61- TYR

#1: タンパク質	Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase 分子量: 28917.379 Da / 分子数: 1 / 変異: L50Y Q238K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.6 M succinic acid, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.66 Å / Num. obs: 870560 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.49 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 27.92
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / Num. unique obs: 5189 / CC_1/2: 0.767

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.100)	精密化
XDS	Jun 30, 2024	データ削減
XDS	Jun 30, 2024	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→48.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.984 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2129	1637	5.002 %
R_work	0.1749	31087	-
all	0.177	-	-
obs	-	32724	99.701 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.433 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.433 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.867 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1943	0	4	206	2153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.927	1.783	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.964	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.986	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.542	10	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.879	10	85
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.214	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.341	3.516	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.08	6.286	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.477	3.697	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.64	6.687	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.889	39.483	3275

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.439	117	0.377	2208	0.38	2369	0.89	0.913	98.1427	0.361
1.847-1.897	0.369	116	0.311	2208	0.313	2333	0.873	0.92	99.6142	0.282
1.897-1.952	0.28	112	0.27	2131	0.271	2244	0.928	0.935	99.9554	0.238
1.952-2.012	0.271	110	0.228	2090	0.23	2201	0.945	0.958	99.9546	0.19
2.012-2.078	0.278	107	0.217	2036	0.22	2143	0.941	0.963	100	0.179
2.078-2.151	0.269	103	0.209	1950	0.212	2056	0.954	0.97	99.8541	0.176
2.151-2.232	0.212	99	0.188	1891	0.189	1990	0.971	0.976	100	0.156
2.232-2.323	0.246	97	0.174	1839	0.177	1937	0.956	0.98	99.9484	0.145
2.323-2.426	0.231	93	0.171	1770	0.173	1863	0.959	0.981	100	0.14
2.426-2.544	0.207	88	0.173	1665	0.175	1757	0.972	0.981	99.7723	0.147
2.544-2.681	0.23	84	0.182	1607	0.185	1696	0.966	0.979	99.7052	0.153
2.681-2.843	0.184	80	0.178	1518	0.178	1601	0.977	0.98	99.8126	0.156
2.843-3.039	0.25	77	0.205	1456	0.207	1540	0.96	0.974	99.5455	0.179
3.039-3.281	0.248	70	0.188	1338	0.191	1412	0.961	0.979	99.7167	0.17
3.281-3.593	0.184	65	0.177	1228	0.177	1300	0.98	0.982	99.4615	0.164
3.593-4.014	0.161	60	0.154	1134	0.154	1198	0.983	0.987	99.6661	0.152
4.014-4.63	0.174	53	0.125	1017	0.127	1072	0.985	0.992	99.8134	0.127
4.63-5.657	0.153	46	0.128	871	0.129	917	0.987	0.99	100	0.135
5.657-7.947	0.216	37	0.148	697	0.151	734	0.981	0.988	100	0.155
7.947-48.66	0.191	23	0.145	433	0.147	456	0.986	0.987	100	0.166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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