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- PDB-9qsj: Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qsj
タイトルCryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state.
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 20
  • A-site tRNA-Leu
  • E. coli 16S rRNA
  • E. coli 23S rRNA
  • E. coli 5S rRNA
  • P-site tRNA-fMet
  • ermBL mRNA transcript
キーワードRIBOSOME / Antibiotics / 70S complex / Body closure / Accomodation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / transcription antitermination factor activity, RNA binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / four-way junction DNA binding / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / regulation of mRNA stability / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription antitermination / DNA endonuclease activity / translational initiation / regulation of cell growth / response to radiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / hydrolase activity / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli B (大腸菌)
Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Morici, M. / Corazza, M. / Safdari, H.A. / Wilson, D.N.
資金援助 米国, カナダ, ドイツ, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 GM127134 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NIH R01 AI162961 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN148463 カナダ
German Research Foundation (DFG)WI3285/12-1 ドイツ
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2025
タイトル: Saskemycin, a potent and selective antimycobacterial agent targeting a unique site on the ribosome.
著者: Gerard Wright / Michael Cook / Min Xu / Martino Morici / Dmitrii Travin / Wenliang Wang / Dorota Klepacki / Nandini Chhabra / Vishwas Rao / Henok Sahile / Dirk Hackenberger / Haaris Safdari / ...著者: Gerard Wright / Michael Cook / Min Xu / Martino Morici / Dmitrii Travin / Wenliang Wang / Dorota Klepacki / Nandini Chhabra / Vishwas Rao / Henok Sahile / Dirk Hackenberger / Haaris Safdari / Max Berger / Martina Corazza / Austin Bond / Allison Guitor / Dominique Tertigas / Lijun Wang / Adam Schaenzer / Linda Ejim / Venkateswarlu Yarlagadda / James Gomez / Michael Surette / Yossef Av-Gay / Neeraj Dhar / Deborah Hung / Nora Vázquez-Laslop / Alexander Mankin / Daniel Wilson /
要旨: Tuberculosis is the deadliest bacterial disease on the planet. The months-long regimen of multiple antibiotics required to treat tuberculosis profoundly affects the microbiome and leads to the ...Tuberculosis is the deadliest bacterial disease on the planet. The months-long regimen of multiple antibiotics required to treat tuberculosis profoundly affects the microbiome and leads to the development of antimicrobial resistance. Furthermore, non-tuberculous mycobacterial infections pose an increasing clinical challenge. Consequently, there is a growing need for new narrow-spectrum mycobacteria-targeting antibiotics with different mechanisms of action. Here, we report the discovery and characterization of a natural glycolipid antibiotic, saskemycin (SKM), which demonstrates potent and highly selective activity against mycobacteria. Genome sequencing, chemical analysis, and isotope feeding strategies reveal the unique structure and biosynthetic origin of SKM. SKM binds to the small ribosomal subunit at a site not targeted by any of the clinically relevant antibiotics acting on the ribosome. Bound to the ribosome, SKM corrupts the decoding center in a unique way, preventing stable binding of aminoacyl-tRNA in the A site and inhibiting translation in a sequence context-specific manner. Self-resistance in the producing organism is conferred by methylation of a single 16S rRNA nucleotide by SasO and SasN rRNA methyltransferases. These enzymes are orthologs of the ubiquitous RsmC and SpoU methyltransferases found in most bacterial genera but absent in mycobacteria, rationalizing SKM's exquisite selectivity. The discovery of SKM provides an entry point for the development of selective, microbiome-sparing antimycobacterial antibiotics with a unique structure, binding site, and mechanism of action.
履歴
登録2025年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Mask / Part number: 2 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Y: A-site tRNA-Leu
0: Large ribosomal subunit protein bL33
1: Large ribosomal subunit protein bL34
2: Large ribosomal subunit protein bL35
3: Large ribosomal subunit protein bL36A
4: Large ribosomal subunit protein bL31
A: E. coli 16S rRNA
B: Small ribosomal subunit protein uS2
C: Small ribosomal subunit protein uS3
D: Small ribosomal subunit protein uS4
E: Small ribosomal subunit protein uS5
F: Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
G: Small ribosomal subunit protein uS7
H: Small ribosomal subunit protein uS8
I: Small ribosomal subunit protein uS9
J: Small ribosomal subunit protein uS10
K: Small ribosomal subunit protein uS11
L: Small ribosomal subunit protein uS12
M: Small ribosomal subunit protein uS13
N: Small ribosomal subunit protein uS14
O: Small ribosomal subunit protein uS15
P: Small ribosomal subunit protein bS16
Q: Small ribosomal subunit protein uS17
R: Small ribosomal subunit protein bS18
S: Small ribosomal subunit protein uS19
T: Small ribosomal subunit protein bS20
U: Small ribosomal subunit protein bS21
X: ermBL mRNA transcript
Z: P-site tRNA-fMet
a: E. coli 23S rRNA
b: E. coli 5S rRNA
c: Large ribosomal subunit protein uL2
d: Large ribosomal subunit protein uL3
e: Large ribosomal subunit protein uL4
f: Large ribosomal subunit protein uL5
g: Large ribosomal subunit protein uL6
h: Large ribosomal subunit protein bL9
i: Large ribosomal subunit protein uL13
j: Large ribosomal subunit protein uL14
k: Large ribosomal subunit protein uL15
l: Large ribosomal subunit protein uL16
m: Large ribosomal subunit protein bL17
n: Large ribosomal subunit protein uL18
o: Large ribosomal subunit protein bL19
p: Large ribosomal subunit protein bL20
q: Large ribosomal subunit protein bL21
r: Large ribosomal subunit protein uL22
s: Large ribosomal subunit protein uL23
t: Large ribosomal subunit protein uL24
u: Large ribosomal subunit protein bL25
v: Large ribosomal subunit protein bL27
w: Large ribosomal subunit protein bL28
x: Large ribosomal subunit protein uL29
y: Large ribosomal subunit protein uL30
z: Large ribosomal subunit protein bL32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,238,267369
ポリマ－2,229,64455
非ポリマー8,623314
水145,9768103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 YAXZab

#1: RNA鎖 A-site tRNA-Leu


分子量: 23559.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#7: RNA鎖 E. coli 16S rRNA


分子量: 499553.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#28: RNA鎖 ermBL mRNA transcript


分子量: 43741.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
#29: RNA鎖 P-site tRNA-fMet


分子量: 23581.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#30: RNA鎖 E. coli 23S rRNA


分子量: 940563.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌)
#31: RNA鎖 E. coli 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: GenBank: 1815787944

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 01234cdefghijklmnopqrstuvwxyz

#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#3: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#5: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36A / 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31 / 50S ribosomal protein L31


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M9
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L16


分子量: 15343.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQW7
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQV2
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4

-
Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S2


分子量: 26579.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 30S ribosomal protein S11


分子量: 13871.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 30S ribosomal protein S12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20 / 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
非ポリマー , 4種, 8417分子

#56: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 化合物 ChemComp-A1JAI / [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate


分子量: 932.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H64N8O21 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state.
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#40, #42-#46, #48-#55 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1.14 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.9.7粒子像選択
2REFMAC5.8.0425モデル精密化
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103241 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.62→2.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / SU B: 6.673 / SU ML: 0.128 / ESU R: 0.165
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.19486 --
obs0.19486 1997412 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 104.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 149078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.011154245
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01789111
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1351.846228882
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.4351.732210245
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.80355479
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg2.552.163570
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.724108443
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.050.229245
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0120.02107142
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.0227707
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it10.26510.26522081
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other10.26510.26522081
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it14.68418.52527509
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other14.68418.52627510
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.54210.54132164
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.51210.553131184
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other15.77319.114201374
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined19.031115.97203777
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other18.978116.21202565
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.557 147983 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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