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- PDB-9qr3: Methyl-coenzyme M reductase of an ANME-2c from a microbial enrichment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qr3
タイトルMethyl-coenzyme M reductase of an ANME-2c from a microbial enrichment
要素
  • Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
  • Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
  • Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
キーワードTRANSFERASE / methanotrophy / anaerobic methanotrophic archaea / methane oxidation / ANME / methyl-coenzyme M reductase / MCR / reverse methanogenesis / nickel-dependent enzyme / coenzyme M / coenzyme B / F430 cofactor
機能・相同性1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / Coenzyme B
機能・相同性情報
生物種Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Mueller, M.-C. / Wagner, T.
資金援助European Union, ドイツ, オランダ, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101125699European Union
German Research Foundation (DFG)WA 4053/1-1 ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)VI.Vidi.223.012 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.002.002 オランダ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic resolution structures of the key enzyme MCR in anaerobic methanotrophy reveal novel and extensive post-translational modifications.
著者: Mueller, M.-C. / Wissink, M. / Mukherjee, P. / von Possel, N. / Laso-Perez, R. / Engilberge, S. / Carpentier, P. / Kahnt, J. / Wegener, G. / Welte, C.U. / Wagner, T.
履歴
登録2025年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
B: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
C: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
D: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
E: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
F: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
G: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
H: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
I: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
J: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
K: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
L: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
M: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
N: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
O: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
P: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
Q: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
R: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
S: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
T: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
U: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
V: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
W: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
X: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,115,228120
ポリマ－1,099,41824
非ポリマー15,81196
水176,7639812
1
A: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
B: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
C: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
D: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
E: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
F: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,09234
ポリマ－274,8546
非ポリマー4,23728
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59670 Å2
ΔGint-369 kcal/mol
Surface area57540 Å2
手法PISA
2
G: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
H: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
I: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
J: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
K: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
L: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,97031
ポリマ－274,8546
非ポリマー4,11625
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59470 Å2
ΔGint-397 kcal/mol
Surface area57390 Å2
手法PISA
3
M: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
N: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
O: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
P: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
Q: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
R: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,82730
ポリマ－274,8546
非ポリマー3,97224
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area58860 Å2
ΔGint-354 kcal/mol
Surface area57400 Å2
手法PISA
4
S: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
T: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
U: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
V: Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
W: Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
X: Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,34025
ポリマ－274,8546
非ポリマー3,48619
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area57970 Å2
ΔGint-349 kcal/mol
Surface area57590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.867, 157.456, 215.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 24分子 ADGJMPSVBEHKNQTWCFILORUX

#1: タンパク質
Alpha subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c


分子量: 61795.473 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: The alpha subunit contains seven post-translational modifications: Methylhistidine: 266 Methylarginine: 280 Methylglutamine: 410 Hydroxytryptophane: 437 Thioglycine: 455 Didehydroaspartate: ...詳細: The alpha subunit contains seven post-translational modifications: Methylhistidine: 266 Methylarginine: 280 Methylglutamine: 410 Hydroxytryptophane: 437 Thioglycine: 455 Didehydroaspartate: 460 Methylcysteine: 462
由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質
Beta subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c


分子量: 46238.676 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質
Gamma subunit of the Methyl-coenzyme M reductase from ANME-2c


分子量: 29393.064 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Methanogasteraceae archaeon (古細菌)
参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 10種, 9908分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 % / 解説: Yellow rectangles/squares
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2 ul protein at 24.6 g/l in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10 % v/v glycerol, and 2 mM dithiothreitol was mixed with 2 ul crystallisation solution (30 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Tris pH 8. ...詳細: 2 ul protein at 24.6 g/l in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10 % v/v glycerol, and 2 mM dithiothreitol was mixed with 2 ul crystallisation solution (30 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Tris pH 8.5, 500 mM NaCl, and 8% polyethylene glycol 8000) on a Junior Clover plate (Jena Bioscience). The reservoir contained 90 ul of crystallisation solution.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→127.16 Å / Num. obs: 1527343 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.34→1.5 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 76367 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.737 / Rrim(I) all: 1.829 / % possible all: 66.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.34→98.93 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The model was built and corrected with COOT (Version 0.8.9.2) and refined with PHENIX.refine. All atoms were considered anisotropic, and hydrogens were added in riding mode. The model was ...詳細: The model was built and corrected with COOT (Version 0.8.9.2) and refined with PHENIX.refine. All atoms were considered anisotropic, and hydrogens were added in riding mode. The model was validated by the MolProbity server (http://molprobity.biochem.duke.edu).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1471 76552 5.01 %
Rwork0.1124 --
obs0.1142 1527210 66.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→98.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数76650 0 986 9812 87448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0180124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.247108939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29529757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08811837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01614394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.360.2451240.2025333X-RAY DIFFRACTION0
1.36-1.380.2065950.2031821X-RAY DIFFRACTION3
1.38-1.390.2711640.20553049X-RAY DIFFRACTION4
1.39-1.410.24782350.22184918X-RAY DIFFRACTION7
1.41-1.430.26134040.22117730X-RAY DIFFRACTION11
1.43-1.450.24925900.212211066X-RAY DIFFRACTION15
1.45-1.470.24948110.211316121X-RAY DIFFRACTION22
1.47-1.490.260110810.203622582X-RAY DIFFRACTION31
1.49-1.510.243114460.205329030X-RAY DIFFRACTION40
1.51-1.540.237717970.200835223X-RAY DIFFRACTION48
1.54-1.570.22421260.190439894X-RAY DIFFRACTION55
1.57-1.590.230923240.182843974X-RAY DIFFRACTION60
1.59-1.630.222225110.165848074X-RAY DIFFRACTION66
1.63-1.660.211326620.160852603X-RAY DIFFRACTION72
1.66-1.690.200929720.152557235X-RAY DIFFRACTION78
1.69-1.730.203432090.150862098X-RAY DIFFRACTION85
1.73-1.780.199435760.141666094X-RAY DIFFRACTION91
1.78-1.830.1936760.136671598X-RAY DIFFRACTION98
1.83-1.880.168536940.123773022X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.940.164638000.117773071X-RAY DIFFRACTION100
1.94-2.010.149839690.102872849X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.090.141838110.094772983X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.180.130438920.089473051X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.30.127341090.085472742X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.440.12439250.087573047X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.630.125538470.09373107X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.90.12540140.098772995X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.320.128639850.102473142X-RAY DIFFRACTION100
3.32-4.180.114339030.090973322X-RAY DIFFRACTION100
4.18-98.930.13139000.116973884X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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