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- PDB-9qm5: Krypton-pressurized Methyl-Coenzyme M reductase of an ANME-2c iso... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9qm5 | ||||||||||||||||||
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Title | Krypton-pressurized Methyl-Coenzyme M reductase of an ANME-2c isolated from a microbial enrichment | ||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / methanotrophy / anaerobic methanotrophic archaea / methane oxidation / methyl-coenzyme M reductase / MCR / ANME / reverse methanogenesis / nickel-dependent enzyme / coenzyme M / coenzyme B / F430 cofactor / krypton | ||||||||||||||||||
Function / homology | 1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / KRYPTON / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Coenzyme B![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Mueller, M.-C. / Wagner, T. | ||||||||||||||||||
Funding support | European Union, ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Atomic resolution structures of key enzyme MCR in anaerobic methanotrophy reveal novel and extensive post-translational modifications. Authors: Mueller, M.-C. / Wissink, M. / Mukherjee, P. / Von Possel, N. / Laso-Perez, R. / Engilberge, S. / Carpentier, P. / Kahnt, J. / Wegener, G. / Welte, C.U. / Wagner, T. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 15.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 15.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 249.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 339.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 3 types, 12 molecules ADGJBEHKCFIL
#1: Protein | Mass: 61795.473 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Details: Seven post-translational modifications exist: N1-methylhistidine 266 5(S)-methylarginine 280 2(S)-methylglutamine 410 6-hydroxytryptophane 437 Thioglycine 455 Didehydroaspartate 460 S-methylcysteine 462 Source: (natural) ![]() Cell line: / / Variant: / / References: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #2: Protein | Mass: 46238.676 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Tissue: / / References: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase #3: Protein | Mass: 29393.064 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Cell line: / / Organ: / / Plasmid details: / / Variant: / / Tissue: / / References: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase |
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-Non-polymers , 13 types, 4403 molecules 
























#4: Chemical | ChemComp-KR / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-PGE / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Chemical | ChemComp-CL / #9: Chemical | ChemComp-TP7 / #10: Chemical | ChemComp-F43 / #11: Chemical | ChemComp-PEG / #12: Chemical | ChemComp-GOL / #13: Chemical | ChemComp-COM / #14: Chemical | #15: Chemical | #16: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.26 % / Description: Diamond-shaped thick yellow plates |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Crystallization was carried out on a Clover junior plate using a crystallization solution containing 30% v/v polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM magnesium chloride. ...Details: Crystallization was carried out on a Clover junior plate using a crystallization solution containing 30% v/v polyethylene glycol 400, 100 mM HEPES pH 7.5, and 200 mM magnesium chloride. Crystals were pressurized at 214 bars of krypton for 2 min before flash freezing in liquid nitrogen. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.861 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→59.4 Å / Num. obs: 461593 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.137 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 1.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 22707 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.646 / Rrim(I) all: 1.748 / Χ2: 1.02 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: The model was refined with COOT (Version 0.8.9.2) and PHENIX refine. The refinement was carried out with translational-libration-screw (TLS) and with hydrogens in riding mode except on ligands.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→54.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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