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- PDB-9pav: Antibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 1 in the Elongat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pav
タイトルAntibody (1B2) Bound Rifamycin Synthetase Module 1 in the Elongation Mode
要素
  • (6-deoxyerythronolide-B synthase) x 2
  • Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain
  • Antibody Fragment 1B2 Light Chain
キーワードTransferase/Immune System / Polyketide Synthase Module / Antibody (Fab) / Transferase-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension ...Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-deoxyerythronolide-B synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Cogan, D.P. / Liu, C. / West, R.C. / Chen, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis for Asynchronous Chain Elongation During Rifamycin Antibiotic Biosynthesis.
著者: Chengli Liu / Ryan C West / Muyuan Chen / Whitaker Cohn / George Wang / Aryan M Mandot / Selena Kim / Dillon P Cogan /
要旨: The rifamycin synthetase (RIFS) from the bacterium is a large (3.5 MDa) multienzyme system that catalyzes over 40 chemical reactions to generate a complex precursor to the antibiotic rifamycin B. It ...The rifamycin synthetase (RIFS) from the bacterium is a large (3.5 MDa) multienzyme system that catalyzes over 40 chemical reactions to generate a complex precursor to the antibiotic rifamycin B. It is considered a hybrid enzymatic assembly line and consists of an N-terminal nonribosomal peptide synthetase loading module followed by a decamodular polyketide synthase (PKS). While the biosynthetic functions are known for each enzymatic domain of RIFS, structural and biochemical analyses of this system from purified components are relatively scarce. Here, we examine the biosynthetic mechanism of RIFS through complementary crosslinking, kinetic, and structural analyses of its first PKS module (M1). Thiol-selective crosslinking of M1 provided a plausible molecular basis for previously observed conformational asymmetry with respect to ketosynthase (KS)-substrate carrier protein (CP) interactions during polyketide chain elongation. Our data suggest that C-terminal dimeric interfaces-which are ubiquitous in bacterial PKSs-force their adjacent CP domains to co-migrate between two equivalent KS active site chambers. Cryogenic electron microscopy analysis of M1 further supported this observation while uncovering its unique architecture. Single-turnover kinetic analysis of M1 indicated that although removal of C-terminal dimeric interfaces supported 2-fold greater KS-CP interactions, it did not increase the partial product occupancy of the homodimeric protein. Our findings cast light on molecular details of natural antibiotic biosynthesis that will aid in the design of artificial megasynth(et)ases with untold product structures and bioactivities.
履歴
登録2025年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain
L: Antibody Fragment 1B2 Light Chain
G: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain
I: Antibody Fragment 1B2 Light Chain
A: 6-deoxyerythronolide-B synthase
B: 6-deoxyerythronolide-B synthase
C: 6-deoxyerythronolide-B synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)630,7477
ポリマ－630,7477
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain


分子量: 26447.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody Fragment 1B2 Light Chain


分子量: 25715.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: タンパク質 6-deoxyerythronolide-B synthase


分子量: 175359.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
株: NRRL B-3240 / 遺伝子: rifA / プラスミド: pDC43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAP1 / 参照: UniProt: O54666, 6-deoxyerythronolide-B synthase
#4: タンパク質 6-deoxyerythronolide-B synthase


分子量: 175700.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
遺伝子: rifA / プラスミド: pDC43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAP1 / 参照: UniProt: O54666, 6-deoxyerythronolide-B synthase
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric polyketide synthase module 1 of the rifamycin synthetase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45449469 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) / 株: NRRL B-3240
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BAP1 / プラスミド: pDC43
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMcitric acidC6H8O71
210 mMhepesC8H18N2O4S1
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3988 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1188 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.72 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10005

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7.0粒子像選択
4cryoSPARC4.7.0CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.7.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.7.0最終オイラー角割当
11RELION5分類
12cryoSPARC4.7.0３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 443204
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177509 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.22 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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