[日本語] English
万見
- PDB-9p0x: Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (n... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p0x
タイトルNanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted)
要素
  • (Human 10H10 antibody Fab ...) x 2
  • Coagulation factor VII Heavy Chain
  • Factor VII light chain
  • Factor X light chain
  • Tissue factor pathway inhibitor
  • Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
キーワードBLOOD CLOTTING / complex / nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / response to genistein / serine-type peptidase complex ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / response to genistein / serine-type peptidase complex / response to vitamin K / coagulation factor Xa / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endopeptidase inhibitor activity / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / maltose binding / positive regulation of TOR signaling / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / side of membrane / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / circadian rhythm / phospholipid binding / caveola / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / blood coagulation / response to estradiol / : / outer membrane-bounded periplasmic space / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor pathway inhibitor-like / Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z ...Tissue factor pathway inhibitor-like / Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Epidermal growth factor-like domain. / Bacterial extracellular solute-binding protein / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Coagulation factor X / Coagulation factor VII / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Tissue factor pathway inhibitor / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Photenhauer, A.L. / Sedzro, J.C. / Ohi, M.D. / Morrissey, J.H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35 HL135823 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35 HL171334 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24 GM145965 米国
American Heart AssociationN028347 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the tissue factor/factor VIIa complex with a factor X mimetic reveals a novel allosteric mechanism.
著者: Josepha C Sedzro / Amanda L Photenhauer / Fabienne Birkle / Katarina Meze / Alex Mortenson / Cade Duckworth / Po-Chao Wen / Sarah Kearns / Michael A Cianfrocco / Emad Tajkhorshid / Melanie D ...著者: Josepha C Sedzro / Amanda L Photenhauer / Fabienne Birkle / Katarina Meze / Alex Mortenson / Cade Duckworth / Po-Chao Wen / Sarah Kearns / Michael A Cianfrocco / Emad Tajkhorshid / Melanie D Ohi / James H Morrissey /
要旨: Blood clotting is triggered in hemostasis and thrombosis when the membrane-bound tissue factor (TF)/factor VIIa (FVIIa) complex activates factor X (FX). There are no structures of TF/FVIIa on ...Blood clotting is triggered in hemostasis and thrombosis when the membrane-bound tissue factor (TF)/factor VIIa (FVIIa) complex activates factor X (FX). There are no structures of TF/FVIIa on membranes, with or without FX. Using cryo-EM to address this gap, we assembled TF/FVIIa complexes on nanoscale membrane bilayers (nanodiscs), bound to XK1 and an antibody fragment. XK1 is a FX mimetic whose protease domain is replaced by the first Kunitz-type (K1) domain of tissue factor pathway inhibitor, while 10H10 is a non-inhibitory, anti-TF antibody. We determined a cryo-EM structure of a TF/FVIIa/XK1/10H10/nanodisc complex with a resolution of 3.7 Å, allowing us to model all the protein backbones. TF/FVIIa extends perpendicularly from the membrane, interacting with a "handle shaped" XK1 at two locations: the K1 domain docks into FVIIa's active site, while the γ-carboxyglutamate-rich (GLA) domain binds to TF's substrate-binding exosite. The FX and FVIIa GLA domains also contact each other and the membrane surface. Except for a minor contact between the first epidermal growth factor (EGF)-like domain of XK1 and TF, the rest of the FX light chain does not interact with TF/FVIIa. The structure reveals a previously unrecognized, membrane-dependent allosteric activation mechanism between FVIIa and TF where a serine-rich loop in TF that partially obscures the TF exosite must undergo a shift to allow access of the FX GLA domain to its final binding location on the membrane-bound TF/FVIIa complex. This mechanism also provides a novel explanation for the otherwise puzzling phenomenon of TF encryption/decryption on cell surfaces.
履歴
登録2025年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
V: Factor VII light chain
X: Factor X light chain
S: Coagulation factor VII Heavy Chain
T: Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
K: Tissue factor pathway inhibitor
H: Human 10H10 antibody Fab heavy chain
L: Human 10H10 antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,26925
ポリマ－183,3467
非ポリマー92218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 VXSTK

#1: タンパク質 Factor VII light chain


分子量: 16359.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709
#2: タンパク質 Factor X light chain


分子量: 15309.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742
#3: タンパク質 Coagulation factor VII Heavy Chain / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#4: タンパク質 Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose- ...TF / Coagulation factor III / Thromboplastin / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 67828.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: F3, malE, Z5632, ECs5017 / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13726, UniProt: P0AEY0
#5: タンパク質 Tissue factor pathway inhibitor / TFPI / Extrinsic pathway inhibitor / EPI / Lipoprotein-associated coagulation inhibitor / LACI


分子量: 7979.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFPI, LACI, TFPI1 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10646

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#6: 抗体 Human 10H10 antibody Fab heavy chain


分子量: 23569.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c
#7: 抗体 Human 10H10 antibody Fab light chain


分子量: 24196.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c

-
糖 , 2種, 2分子

#10: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 16分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H10, all bound to tissue factor embedded in a nanodisc membrane bilayer.COMPLEXMap with nanodisc subtracted.#1-#70MULTIPLE SOURCES
2Human 10H10 antibody FabCOMPLEX#6-#71NATURAL
3XK1 chimeric proteinCOMPLEX#2, #51RECOMBINANT
4Human factor VIIa (FVIIa)COMPLEX#1, #31RECOMBINANT
5Human MBP-tagged tissue factorCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Mus musculus (ハツカネズミ)10090
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
55Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606HEK-293
55Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7132
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2862371
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20107 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation
詳細: Crystal structures were rigid-body fit into the density map and model optimization was then carried out with Phenix real-space refine. Manual refinement in Coot was performed to ensure that ...詳細: Crystal structures were rigid-body fit into the density map and model optimization was then carried out with Phenix real-space refine. Manual refinement in Coot was performed to ensure that the backbone traces followed the density in regions where the map was high enough resolution to trace the backbone. Secondary structure restraints were used to ensure that alpha-helices and beta-sheets did not deviate far from their expected geometry. A final check of MolProbity and cross correlation was done to ensure model quality.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
11dan

1dan

L1danL46-142146-142
21dan

1dan

H1danH16-257116-257
31dan

1dan

T1danT6-8016-80
41dan

1dan

U1danU91-210191-210
53th2

3th2

L3th2L1-461-46
61iod

1iod

G1iodG401-444401-444
71xka

1xka

L1xkaL49-13949-139
84bqd

4bqd

A4bqdA12-7912-79
91200000000H1200000000H112-214112-214
101200000000L1200000000L107-214107-214
114m7l

4m7l

H4m7lH1-1191-119
124m7l

4m7l

L4m7lL1-1131-113
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 95.04 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00319929
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.694913495
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04341472
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00441758
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.75171434

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る