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- PDB-9ou7: Methanosarcina acetivorans large (50S) subunit dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ou7
タイトルMethanosarcina acetivorans large (50S) subunit dimer
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 30
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase
  • Elongation factor 2
キーワードRIBOSOME / Methanosarcina acetivorans / translation / large subunit dimer / 50S dimer / dimerization / hibernation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / 'de novo' IMP biosynthetic process / translational elongation / translation elongation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase / phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase activity / IMP cyclohydrolase / IMP cyclohydrolase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / 'de novo' IMP biosynthetic process / translational elongation / translation elongation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal ...Translation elongation factor EFG/EF2, archaeal / AICAR transformylase, duplicated domain superfamily / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Bifunctional purine biosynthesis protein PurH-like / AICARFT/IMPCHase bienzyme / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Cytidine deaminase-like / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L30e / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L23 / EF-G domain III/V-like / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL43 / Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL42 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL43 / Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Elongation factor 2 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Ghosh, A. / Fordjour, G.N.R. / Armache, J.-P. / Ferry, J.G. / Murakami, K.S. / Bevilacqua, P.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM156623 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM127064 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM149417 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM study and in vivo chemical mapping of the Methanosarcina acetivorans ribosome and its dimerization via a repurposed enzyme and translation factor.
著者: George N R Fordjour / Anwesha Ghosh / James G Ferry / Jean-Paul Armache / Philip C Bevilacqua / Katsuhiko S Murakami /
要旨: Despite the overall conservation of ribosomes across all domains of life, differences in their 3D architecture, rRNA sequences, ribosomal protein composition, and translation factor requirements ...Despite the overall conservation of ribosomes across all domains of life, differences in their 3D architecture, rRNA sequences, ribosomal protein composition, and translation factor requirements reflect lineage-specific adaptations to environmental niches. In the domain Archaea, structural studies have primarily focused on nonmethanogenic thermophiles and halophiles, leaving it unclear whether these represent the broader Archaea domain. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the ribosome from Methanosarcina acetivorans, a previously unreported high-resolution structure from a model mesophilic methanogenic archaeon. Compared to ribosomes from extremophiles, the M. acetivorans ribosome has a simplified architecture, lacking paralogous duplications and containing a reduced complement of ribosomal proteins. Structures of the large subunit (50S) from cells grown with either methanol or acetate show conserved rRNA folding and protein composition. High-resolution structures of the 50S subunit from the two growth substrates enabled us to investigate structural properties that may influence in vivo dimethyl sulfate reactivity, an orthogonal chemical approach used to probe RNA structure. We observed good agreement between in vivo dimethyl sulfate reactivity and ribosome structure. Finally, we identify a previously uncharacterized ribosome dimerization mode involving only 50S subunits and mediated by a heterotetrameric complex of PurH and aEF2-proteins with alternative metabolic and translational roles. This macromolecular assembly, which we term the methanogen ribosome dimerization factor, likely mediates ribosome hibernation, revealing an alternative regulatory mechanism in translation.
履歴
登録2025年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BA: 23S rRNA
BB: 5S rRNA
BC: Large ribosomal subunit protein uL2
BD: Large ribosomal subunit protein uL3
BE: Large ribosomal subunit protein uL4
BF: Large ribosomal subunit protein uL5
BG: Large ribosomal subunit protein uL6
BH: Large ribosomal subunit protein eL8
BI: Large ribosomal subunit protein uL16
BJ: Large ribosomal subunit protein uL13
BK: Large ribosomal subunit protein uL14
BL: Large ribosomal subunit protein uL15
BM: Large ribosomal subunit protein eL15
BN: Large ribosomal subunit protein uL18
BO: Large ribosomal subunit protein eL18
BP: Large ribosomal subunit protein eL19
BQ: Large ribosomal subunit protein eL20
BR: Large ribosomal subunit protein eL21
BS: Large ribosomal subunit protein uL22
BT: Large ribosomal subunit protein uL23
BU: Large ribosomal subunit protein uL24
BV: Large ribosomal subunit protein eL24
BW: Large ribosomal subunit protein uL29
BX: Large ribosomal subunit protein uL30
BY: Large ribosomal subunit protein eL30
BZ: Large ribosomal subunit protein eL31
Ba: Large ribosomal subunit protein eL32
Bb: Large ribosomal subunit protein eL43
Bc: Large ribosomal subunit protein eL37
Bd: Large ribosomal subunit protein eL39
Be: Large ribosomal subunit protein eL40
Bf: Large ribosomal subunit protein eL42
CA: 23S rRNA
CB: 5S rRNA
CC: Large ribosomal subunit protein uL2
CD: Large ribosomal subunit protein uL3
CE: Large ribosomal subunit protein uL4
CF: Large ribosomal subunit protein uL5
CG: Large ribosomal subunit protein uL6
CH: Large ribosomal subunit protein eL8
CI: Large ribosomal subunit protein uL16
CJ: Large ribosomal subunit protein uL13
CK: Large ribosomal subunit protein uL14
CL: Large ribosomal subunit protein uL15
CM: Large ribosomal subunit protein eL15
CN: Large ribosomal subunit protein uL18
CO: Large ribosomal subunit protein eL18
CP: Large ribosomal subunit protein eL19
CQ: Large ribosomal subunit protein eL20
CR: Large ribosomal subunit protein eL21
CS: Large ribosomal subunit protein uL22
CT: Large ribosomal subunit protein uL23
CU: Large ribosomal subunit protein uL24
CV: Large ribosomal subunit protein eL24
CW: Large ribosomal subunit protein uL29
CX: Large ribosomal subunit protein uL30
CY: Large ribosomal subunit protein eL30
CZ: Large ribosomal subunit protein eL31
Ca: Large ribosomal subunit protein eL32
Cb: Large ribosomal subunit protein eL43
Cc: Large ribosomal subunit protein eL37
Cd: Large ribosomal subunit protein eL39
Ce: Large ribosomal subunit protein eL40
Cf: Large ribosomal subunit protein eL42
DA: Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase
DB: Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase
DC: Elongation factor 2
DD: Elongation factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,132,08968
ポリマ－3,132,08968
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 2種, 4分子 BACABBCB

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 937667.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: GenBank: 19918815
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 41399.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: GenBank: 19918815

+
Large ribosomal subunit protein ... , 30種, 60分子 BCCCBDCDBECEBFCFBGCGBHCHBICIBJCJBKCKBLCLBMCMBNCNBOCOBPCPBQCQ...

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 25738.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU4
#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 36949.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU7
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 27516.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU6
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 18398.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRT4
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 19530.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRT1
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 12741.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TQL9
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L10e


分子量: 19409.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TU90
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16085.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TT43
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 14356.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRT7
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 15129.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRS5
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15 / 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22650.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TPX0
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 19233.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRS8
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18 / 50S ribosomal protein L18e


分子量: 13714.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TT44
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 17061.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: A0A832W9G6
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 6972.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TIN5
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21 / 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11063.720 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TQU3
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 16764.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU2
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 9447.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU5
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 13075.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRT6
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24 / 50S ribosomal protein L24e


分子量: 7204.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TQL7
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7622.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRU0
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 17627.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRS6
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10316.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRB9
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31 / 50S ribosomal protein L31e


分子量: 10331.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TIN3
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 17880.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: A0A832W8Z7
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10557.483 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: A0A832SMV9
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37 / 50S ribosomal protein L37e


分子量: 6456.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TL48
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6257.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TIN2
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 50S ribosomal protein L40e


分子量: 5964.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TJ19
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 10872.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: A0A832W9V9

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タンパク質 , 2種, 4分子 DADBDCDD

#33: タンパク質 Bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase


分子量: 59386.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
参照: UniProt: A0A832VZC7, phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, IMP cyclohydrolase
#34: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2


分子量: 80658.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina acetivorans (古細菌) / 参照: UniProt: Q8TRC3

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Methanosarcina acetivorans large (50S) subunit dimer
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris acetate1
260 mMAmmonium chlorideNH4Cl1
37.5 mMMagnessium acetateMg(CH3COO)21
46 mMbeta-mercaptoethanol1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.6.2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCv4.6.2CTF補正
7UCSF ChimeraXv1.7モデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10cryoSPARCv4.6.2初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.6.2最終オイラー角割当
13cryoSPARCv4.6.2３次元再構成
14PHENIXv1.20.1モデル精密化
15Cootv0.9.8.95モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15110 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 6SKF

6skf


Accession code: 6SKF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 124.11 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0066226596
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7442335602
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041142396
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.024120354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.3773105302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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