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- EMDB-49757: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-gro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49757
タイトルMethanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-grown cells
マップデータ
試料
  • 複合体: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-grown cells
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • リガンド: x 3種
キーワードArchaea / Methanosarcina acetivorans / Large subunit / 50S subunit / growth conditions / methanol / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea ...Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L2, archaeal-type / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L32e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL15 ...Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL16
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Ghosh A / Fordjour GNR / Armache J-P / Ferry JG / Murakami KS / Bevilacqua PC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM156623 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM127064 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM149417 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM study and in vivo chemical mapping of the Methanosarcina acetivorans ribosome and its dimerization via a repurposed enzyme and translation factor.
著者: George N R Fordjour / Anwesha Ghosh / James G Ferry / Jean-Paul Armache / Philip C Bevilacqua / Katsuhiko S Murakami /
要旨: Despite the overall conservation of ribosomes across all domains of life, differences in their 3D architecture, rRNA sequences, ribosomal protein composition, and translation factor requirements ...Despite the overall conservation of ribosomes across all domains of life, differences in their 3D architecture, rRNA sequences, ribosomal protein composition, and translation factor requirements reflect lineage-specific adaptations to environmental niches. In the domain Archaea, structural studies have primarily focused on nonmethanogenic thermophiles and halophiles, leaving it unclear whether these represent the broader Archaea domain. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the ribosome from Methanosarcina acetivorans, a previously unreported high-resolution structure from a model mesophilic methanogenic archaeon. Compared to ribosomes from extremophiles, the M. acetivorans ribosome has a simplified architecture, lacking paralogous duplications and containing a reduced complement of ribosomal proteins. Structures of the large subunit (50S) from cells grown with either methanol or acetate show conserved rRNA folding and protein composition. High-resolution structures of the 50S subunit from the two growth substrates enabled us to investigate structural properties that may influence in vivo dimethyl sulfate reactivity, an orthogonal chemical approach used to probe RNA structure. We observed good agreement between in vivo dimethyl sulfate reactivity and ribosome structure. Finally, we identify a previously uncharacterized ribosome dimerization mode involving only 50S subunits and mediated by a heterotetrameric complex of PurH and aEF2-proteins with alternative metabolic and translational roles. This macromolecular assembly, which we term the methanogen ribosome dimerization factor, likely mediates ribosome hibernation, revealing an alternative regulatory mechanism in translation.
履歴
登録2025年3月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 351.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.733 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.066
最小 - 最大-0.42724997 - 0.7056343
平均 (標準偏差)0.0035244084 (±0.022449078)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 351.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49757_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49757_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-gro...

全体名称: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-grown cells
要素
  • 複合体: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-grown cells
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL15
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL18
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL20
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL21
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL30
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL43
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL37
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL40
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein eL42
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-gro...

超分子名称: Methanosarcina acetivorans 50S subunit obtained from methanol-grown cells
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1
詳細: Contains an rRNA modifications: G7M2251, OMG2260, OMU2563, OMG2564, G7M2615
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 937.73975 KDa
配列文字列: AGGAAUUAUG CUAUCAGGUG GAUGGCUCGG CUCAAGAGCU UAUGAAGGAC GUGCCAAGCU GCGAUAAGCC CGGGGUAGGU GCAUGGAGC CAAUGAACCC GGGAUUUCCG AAUGGGACCU CUCCGUAGUG AUCAUUCAUG AUCGGGAACG CUCCGAAUUG A AACAUCUC ...文字列:
AGGAAUUAUG CUAUCAGGUG GAUGGCUCGG CUCAAGAGCU UAUGAAGGAC GUGCCAAGCU GCGAUAAGCC CGGGGUAGGU GCAUGGAGC CAAUGAACCC GGGAUUUCCG AAUGGGACCU CUCCGUAGUG AUCAUUCAUG AUCGGGAACG CUCCGAAUUG A AACAUCUC AGUAGGAGCG GGAAAAGAAA UCAAUUGAGA UGCCGUAAGU AACGGCGAGU GAAACCGGCA CAGUUCAAAC CG AAUCCCU UCGGGGACAU GUGGUGUUGU AGGGCUGUUC AAACGUCUGG CGGUAAAAUC GAACUUGCCU GGAACGGCAG ACC AUAGAG UGUGACAGUC ACUUAGAUGU ACGCCAAAAG ACCGGAACAU GUCCCUGAGU ACCGUGCGUU GGAUAUCGUG CGUG AAUCU GGGGGGCACC AACCUCCAAA ACUAAAUACU CCUUGAGACC GAUAGCGAAA UAGUAGGGUG ACCGAACGCU GAAAA GUAC CCCGAGAAGG GAGGUGCAAA GUGCCUGAAA CCUGAUAGUG AUGGAACGAU ACGGCAUGAA AGGAUCUCUG GCAUGA AGG AAUCAUUCGC GAGGAUGUAG UACGAAUGUC ACUGCCAGUG UCGUAUCUUA CGUUUUGAAG AACGGGCCAG GGAGUGU AU CUUGGUGGCA AUGGCUAACC UUUUAUCUGG GCAGCCGAAG CGAAAGCAAC AUGUGCGCAG CCUUUUGGCG AGGCACGA C GUAUACAAGU GCGUGGAGUC ACCGGGGUAC GACCCGAAGC CGGGUGAUCU AGGCGUGGGC AGGUUGAAGC GUGGCGAAA GCUACGUGGA GGACCGUAAA CGGUAUUGAU CUGCAAAUCA UUCGUGUGAC CUGCGUCUCG UAGUGAAAUG CUAAUCUAAC CCGGCAUCC GCUGGUUCCU UCCGAAACAU GUCGCAGCAU GACCUGACUU GAGAUCGUCG GUGGAGUAGA GCACUGAUUG G CGAUUCCG GGGGAGAAAU CCCUCGCUCG CUUGUCAAAC UCCAAACCCC CCGUCAUCCU AGAAAGUCGG AGUCCGGACU GC UGGGGUA AGCUUGUAGU CCGUAAGGGA GACAACCCAG CCCGUGGUUA AGGUCCCCAA GUGUCGACUA AGUGUUAAUA CUA AAGGGC GUCCCAAGCC CCAGACAGCU GGAAGGUUAG CUUAGAAGCA GCUACCCUUC AAAGAGUGCG UAACAGCUCA CCAG UCGAG GUUUGGGGCC CCGAAAAUUG ACGGGGCUCA AGUCGACCAC CGAUACCACG GAGUACCGCA AGGUAAUCUC GUAGG AAGG CGUUGUGUUC GGGUCGAAGC AGGGCUGUGA AGUCCUGUGG ACCGUUCACA AACGAAAAUC CUGGUAAUAG UAGCAG CAA AGCAGGGUGA GACUCCCUGC CGCCGAAGGG GCCAGGUUUC CUCGGCAAUG UUCGUCAGCC GAGGGUUAGU CGGUCCU AA GACGUACCGU AAUUCGAGUA CGCCGAAAGG GAAACAGGUU AAUAUUCCUG UACCAUUUAG CGUUUAGUCU GACGUCUC A GGGCAAGCCG AGCGGCGUCG UCGCGCCGUC UAAGCAGCGA ACCCCGUGGA GAGCCGUAAU GGCGAGAAGC GGGCGAAUC UGUAAUGGCA CAAGUCGGCU UCACCCCGGG ACCCGUGAAA AGGACAGCUA AAUGUCCGUA CCGAGAACUG ACACAGGUGC CCCUAGCUG AAAAGGCUAA GGCGUGUCGG AGUAAUUCAG UUAAGGGAAU UCGGCAAAUU AGCUCCGUAA CUUCGGGAUA A GGAGUGCC UGCUGUGUAG ACAGCAGGUC GCAGUGACCA GGGGGCUCUA ACUGUCUAAU ACCAACAUAG GAGAUUGCAA AC CCGUAAG GGCUAGUACA AUCUCUGAAU CCUGCUCAGU GCAGGUACCU GAAACCCCGG UUCAACGGGA AGAAGGGCCU GUA AACAGC GGGGGUAACU AUGACCCUCU UAAGGUAGCG UAGUACCUUG UCGCUUAAUU GGCGACUUGC AUGAAUGGAU CAAU GAGAG CCCUACUGUC CCUAACUGGA GUCCGGUGAA GCUUACAUUC UAGUGCACAG UCUAGAGACC UCUAGGGGGA AGUGA AGAC CCCGUGGAGC UUUACUGCAG CCUGUCGUUG GGUUGUGGUU CUGGAUGUAC AGUGUAGGUA GGAGGCAUCG AAGCGG GUG CGCCAGCAUU CGUGGAGCCG UCCUUGGGAC ACUACCCUUC CGGGACUACG ACCCUAACUC UGAGAAGAGG ACCCCGA UA GGUGGGCA(G7M)U UUGCCUG(OMG)GG CGGGACGCCC UUGAAAAGAU AUCAAGGGCG CGCAAUGGUU GACUCAAGCG GGUCGGAAA CUCGCUGAAG AGUGCAAGAG CAUAAGUCAG CCUGACGUUA UUCAGCAUAG CAGUGGAUGA CGAGACGAAA G UCGGCUCU AGCGAACUUU UGAGCCUCCU UGGUGGGGGC CAAAAAUGAC AGAAAAGUUA CCCCGGGGAU AAUUGAGUCG UU GCCGGCA AGAGUACAUA UCGACCCGGC AGCUUGCUAC CUCGAUGUCG GUUCUUUCCA UCCUGGCCGU GCAGCAGCGG CCA AGGGUG AGGU(OMU)(OMG)UUCG CCUAUUAAAG GAGAUCGUGA GCUGGGUUUA GACCGUCGUG AGACAG(G7M)UCG GU UACUAUC UACUAGAGGU GCCCGAGGUC UGCGGGUAAG CUGCUUUUAG UACGAGAGGA ACCAAGCAGC GGCGCCACUG GUG UACCGG UUGUCUGACA AGGCAUCGCC GGGCAGCUAC GCGCUCAGGA AUAAGAGCUG AAUGCAUCUA AGCUCGAACU CUGA CCUAA AAAGAGACCU CUUUAAGGAU UCCGGUAAAA GACCGGUUUG AUAGAAACGG GAUGUAAGCA CCAAGGCAAC GAGGU GUUC AGUCCGCGUU UACUAACCAU UCGUUCCUUU CACUU

GENBANK: GENBANK: AE010299.1

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 41.399551 KDa
配列文字列:
GAGUUUGGCG GCCAUAGCGG UAGGGCAACU CCUGUACCCA UCCCGAACAC AGCAGAUAAG CCUGCCCGCG UUCCUUACUG UACUGAAGU GUGCGAGCCU UCGGGAACUC UGGAUCGCUG CCAAGCUCAC

GENBANK: GENBANK: AE010299.1

+
分子 #3: Large ribosomal subunit protein uL2

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 25.738627 KDa
配列文字列: MGKRLISQNR GRGTPTYRAP SHKYKADLRH PRVDENSSLR GEVVGIEHDP ARSAPIAKVA FENGEELFLL ASEGIAVGNI IECGDDAEV KPGNIVPIGN VPEGFFICNV ESKPNDGGKF VRSSGVYATV VTHEATRTAV SMPSGNIKWL NPKCRAVVGI V AGSGRVDR ...文字列:
MGKRLISQNR GRGTPTYRAP SHKYKADLRH PRVDENSSLR GEVVGIEHDP ARSAPIAKVA FENGEELFLL ASEGIAVGNI IECGDDAEV KPGNIVPIGN VPEGFFICNV ESKPNDGGKF VRSSGVYATV VTHEATRTAV SMPSGNIKWL NPKCRAVVGI V AGSGRVDR PWLKAGKKYH KMKTRAAKYP RVSAVAMNPR DHPFGGGAWK HPGKPTTVSR NAPPGRKVGL IAARRTGMKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: Large ribosomal subunit protein uL3

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 36.949645 KDa
配列文字列: MASIHRPKRG SLAFSPRKRA KSHIPRFRAW PEATGEPKLQ SFAGYKVGMT HVIMVDDTKN SLTQGMEISV PVTVIETPAI RVAAIRAYA EDSTGEKAIA EVWAADLDPE LKRRIPIPAA GNQAEALENI GKLIEEGRVS DVRAVIYTLP KSLTGVPKKV P DIMESGIS ...文字列:
MASIHRPKRG SLAFSPRKRA KSHIPRFRAW PEATGEPKLQ SFAGYKVGMT HVIMVDDTKN SLTQGMEISV PVTVIETPAI RVAAIRAYA EDSTGEKAIA EVWAADLDPE LKRRIPIPAA GNQAEALENI GKLIEEGRVS DVRAVIYTLP KSLTGVPKKV P DIMESGIS ARDLGTKFEY SKTILGTLVS VTDVFKNGTL VDTAAITIGK GTQGPVKRWG IQLMKGKHSR QGSLRQVGTL GA FNPSRVS WRVPQMGQMG YHQRTEFNKR ILKIGSDGEE VTPEGGFINY GLVRGDYILI KGSVPGPSKR LIRLRDPIRA KKA DLGEPN ILYISRESKQ G

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: Large ribosomal subunit protein uL4

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 27.51657 KDa
配列文字列: MATAKTIDLT GKAVGEVELP AVFDADYRPD LIKKAVLAAQ ANRLQPYGPR LYSGMETSAR GWGSGRGVSH VPRLVNSSRA ARVPHAKGG RRAHPPKPEA DRSEKVNTKE RRYAIRSAIA ATTDPTLVSL RGHIFEAELP IVAVNDLESL ERTKQVIEFL E AAGLYEDV ...文字列:
MATAKTIDLT GKAVGEVELP AVFDADYRPD LIKKAVLAAQ ANRLQPYGPR LYSGMETSAR GWGSGRGVSH VPRLVNSSRA ARVPHAKGG RRAHPPKPEA DRSEKVNTKE RRYAIRSAIA ATTDPTLVSL RGHIFEAELP IVAVNDLESL ERTKQVIEFL E AAGLYEDV LRAKYGRHIR AGRGKLRGRK YKHKKSVLIV AGENTPILKA ARNLSGVDVV TVDSLNAELL APGTHAGRLT VW TESAIGK LEGAFQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: Large ribosomal subunit protein uL5

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 18.398299 KDa
配列文字列:
MRTPIVEKVI VHMGVGESGQ HLVNAEDILR NITGQEVVRC FAKRTLPAFS IKKNEPIGCK VTLRGQKAQE FLETALGIVE KTLNRSQFD SFGNVSFGIE EHTDFPGMRY DPNIGVFGMD VTVVLKRPGE RICKRRIAAR KIPAGHRVTV DDAIAFLNES Y GVEVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 19.530715 KDa
配列文字列:
MVKEIARTIE IPEGVSVSLA QDVFTATGPK GTVERKLWYP GIMIDVKDGE VVVDAEYARK EQKAMVGTFA SHIRNLVKGV NEGFECKMS IVYAHFPMQV KVDGKTLIIG NFLGEKKPRF AKIIGETKVK VSGNDVTITG INKEDVGQTA ANIEQKTKIK R FDPRIFQD GIYIVQKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: Large ribosomal subunit protein eL8

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 12.741726 KDa
配列文字列:
MAQLAKFDVP EELTNKALEA LELARDTGKI KKGTNEATKA IERGNAKLVL IAEDIEPAEI VAHIGPLSEE KKAPYIFIKN QKELGAASG LGVSCATVAI VDAGKAAEMV QDIAQKLEAL K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL16

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 19.409648 KDa
配列文字列:
MVRKPGSMYR NVRQRSFTRR KYMGGVPGSQ VIHYDMGDKA NTSFPVKISL IVEEKCQIRH TALEAARITA NRHLVADTGK MGFYMKLRV YPHEVIRENK QATGAGADRV SSGMRRAFGK NVGTAARVKP MQKIFTVAVE KQNFKAAKEA LWHAGQKLPT P CRIVVDEG AELVQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 16.085799 KDa
配列文字列:
MLKMTVIDAK GLILGRLASS VAKQLLSGDE KVYIINAEQA IISGSRAATL REYRETRERG ATEFGPYFPK RPDRILKRTI RGMLPYKRA RGRDAMSRLK VYVGVPYELK GAETVTIPDA DMRLLSSSRY VELGEVSQKM GSKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL14

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 14.356907 KDa
配列文字列:
MKGMRSNIPR ALNAGAQIAC VDNTGAKVVE IISVKKYRGV KNRMPCAGIG DMCVVSVKKG TPEMRKQVLL AVVVRQKQEF RRPDGLHVS FEDNAMVITD EEGIPKGTDI KGPVAREVAE RFPKIGTTAS IIV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 15.129009 KDa
配列文字列:
MDTKKFRGSR TCGGGTHKNR RGAGNRGGRG KAGGCKHHFV RAMMRGYSYG KHGFKRPDEV SRDVSIVNVG ELDELASYLV EEGLAEVKD GAYHINLENL GIEKVLGSGR VTKNLVVTSE EFSASAREKI ENAGGSCIDA E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #13: Large ribosomal subunit protein eL15

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 22.650105 KDa
配列文字列: MVKSFYGYVR DAWKNPDETY VNELRWERLQ VWRKQGSVTR IERPTRIDRA RSLGYKAKQG IVVVRVNVRR GGLGHVRPNR GRRTQKMGK NKVSGGMSIQ RIAEVRADRR YPNLEVLNSY WVGEDGKHKW FEVILVDPHH PVIKSDKNLN WVCDPSSRGR A TRGKTSAG ...文字列:
MVKSFYGYVR DAWKNPDETY VNELRWERLQ VWRKQGSVTR IERPTRIDRA RSLGYKAKQG IVVVRVNVRR GGLGHVRPNR GRRTQKMGK NKVSGGMSIQ RIAEVRADRR YPNLEVLNSY WVGEDGKHKW FEVILVDPHH PVIKSDKNLN WVCDPSSRGR A TRGKTSAG RKGRGMATRG KGTEKTRPSI RAYKSRGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15

+
分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 19.233713 KDa
配列文字列:
MATGPRYKVP FRRRREGRTN YHLRLKLLLS RQDRVVVRKS SRNVQIQLIA PTPDGDITYS SAVSNELAKY GYTGATGNTT AAYLTGLLF GLKSLQKGYE GGILDIGLQA SSAGSRVYAA LKGVVDSGFE IPCSPEVFPP DERIRGEHIA GYREESSDLP E QFEATKEK IFAEFS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #15: Large ribosomal subunit protein eL18

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 13.714989 KDa
配列文字列:
MGKKSLVKLT RKTNPRIVSL ILTLKERANG DSAPIWKDIA KRLEAPSRNY AAVNISKINR HTAEDDVLLI PGKVLGAGLL DHPVTIAAL TFSDSAFEKI TEAGGKCLSL EEIMEANPKG SGIRIFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL18

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein eL19

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 17.061982 KDa
配列文字列:
MSDLSNQRKL ASKVLGCGLD RVWLNPEASE EIASAITRED IRGLIEEGTI KAKPVKGVSR GRARALAAKR KYGHCKGHGS RKGKKGART PKKEQWIKKI RALRRRLKEL RADGALDKSV YCRLYRKAKG GEYRSVSHLN SHLESEKLLK KE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL19

+
分子 #17: Large ribosomal subunit protein eL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 6.972045 KDa
配列文字列:
MVMMKSFIVK GKFKAGSTWE KFTKKIESQN EKNATDKTYS IFGSKHGVKR SQVQIESVAE E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL20

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein eL21

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 11.06372 KDa
配列文字列:
MTNSHGEKRC TRYKLQKTVR ERGISPVSRA IQEFEEGQMV HIDIDPSVQK GMPNPKFQGS TGKVIGQRGR SYVLEVRSGN AMKEVFSLP QHLKPQKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21

+
分子 #19: Large ribosomal subunit protein uL22

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 16.764578 KDa
配列文字列:
MARINYSING DPETTSKAMG SELHISPKKS REVCCKIKGM KASEARKFLE DVIAMKQAVP FKKHHDGSGH RKGPMAAGKY PISASKEIL KVLKNAESNA EYKGLEPANM YIIHAAIQRG RVIHGFMPRA RGRATPKDTE TVNIEMILSE VR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #20: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 9.447194 KDa
配列文字列:
MSSINYPFVT EKAMMLLDEN KLQFIVDTRS NKKQILEDVE KMYGFKVKSV RTMTTMKGMK KAVLAFEEPE AAHEIATRIG LM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #21: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 13.075341 KDa
配列文字列:
MIAMVSKQPR KQRKARYAAP LHIRQKFMGA RLSEALTKEY GTRSAAVITG DTVKVMRGDF KGTEGKVQSV SLMDGTITVD GVISTKVDG TEVPRPLNPS NVMITKLEMK DGRRASSIKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #22: Large ribosomal subunit protein eL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 7.204596 KDa
配列文字列:
MEQRKCYFCG KMLEPGTGKL YVKKDGSTYF MCSSKCMSNF ALGRLPRRTE WTEKGKIQLK KA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 7.622637 KDa
配列文字列:
MAILRTSEIR TMTIEERADE LENLNNELVR ERALTSAGGA PENPGRIGEI RRTIARIKTI QHELNEI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 17.627416 KDa
配列文字列:
MYAVVRLRGQ VNVRYTIEDT MKMLRLHKVN HCVFVPENPH YKGMVQKVKD YVAYGKIDAK TLAEVLENRG RLEGDTRLTE EYIRENTDY DSIQAFAEAV IEGKSSLKDI PKLKPVFRLH PPRKGHAGIK RTVQQGGVLG NHDENINVLL HKMR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #25: Large ribosomal subunit protein eL30

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 10.316188 KDa
配列文字列:
MMKMKINVDK SLIKAVKTGK VIVGANRTID AAANGSAKMV VLASNCPEDI KKKIQATDIP VLEYEGTSVE LGPVCGKPFT IAAMAILDV GESDILAATA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein eL31

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 10.331096 KDa
配列文字列:
MADDMVKEQI YTIPLREVRK VPAWKRANRA VIEVRGFLVR HMKTESVQVK LDKSINEHLW EKGCEKPPLS IRVRAVKFAD GEVQAELAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein eL32

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 17.880393 KDa
配列文字列:
MIMMAEEFNE VEGTNEVEDI NEVEGTSVST LDMDPESRRL FNVRKVQKGK KPQFKRTCSH KFKRLDDNWR RPRGSQGKQR RKYVSKGAL VQVGYGSPAA VKGLHPSGYS DVLISSIAEL ELVDPSYEAI RIAGTIGAQK KALILAKAEE AGIKVLNSGR S E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32

+
分子 #28: Large ribosomal subunit protein eL43

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 10.557483 KDa
配列文字列:
MAKKFTKKGR ISRSAGRFGP RYGRKDRKLV ADLEERMRAP HVCTKCARPT VERIGTGIWK CSKCGHTFAG GTYIPYTSVG QTLLRTMKN IAEAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein eL37

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 6.456628 KDa
配列文字列:
MSKGTSSMGK RQKRTHAKCR RCGSVSFNVH TKQCTSCGFG KTSRMRTYKW QAKCKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37

+
分子 #30: Large ribosomal subunit protein eL39

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 6.257516 KDa
配列文字列:
MSHNMKGQKK RLAKAHKQNT RVPVWVIVKT NRKVVSHPRR RHWRRRSLDV K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #31: Large ribosomal subunit protein eL40

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 5.964202 KDa
配列文字列:
MTKMARFPEA EERLLNKKIC MKCNARNAIR ATRCRKCGYG TLRVKSKESK GA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL40

+
分子 #32: Large ribosomal subunit protein eL42

分子名称: Large ribosomal subunit protein eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Methanosarcina acetivorans (古細菌)
分子量理論値: 10.872954 KDa
配列文字列:
MKIPKRFRTY CPFCKTHNEV VVERVKKGQA SSMTHIARQK KRQEGIGNSG KFSKVPGGDK PTKRIWLRYR CTVCKKAHQR PCFRAKKFE FKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL42

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 43 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 11 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #35: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris acetate
60.0 mMAmmonium chlorideNH4Cl
7.5 mMMagnessium acetateMg(CH3COO)2
6.0 mMbeta-mercaptoethanol
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6skf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / 使用した粒子像数: 197922
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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