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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9nr6 | ||||||
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タイトル | The structure of Noelin 1 with cerebellar GluA1/A4-ATD | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / iGluR / CP-AMPA receptors / Noelin 1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / Cargo concentration in the ER / extrinsic component of synaptic membrane / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / cellular response to ammonium ion ...atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / Cargo concentration in the ER / extrinsic component of synaptic membrane / cellular response to amine stimulus / axonal spine / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of membrane potential / positive regulation of locomotion involved in locomotory behavior / cellular response to ammonium ion / cardiac epithelial to mesenchymal transition / response to sucrose / proximal dendrite / myosin V binding / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / kainate selective glutamate receptor complex / cellular response to L-glutamate / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / conditioned place preference / response to arsenic-containing substance / cellular response to dsRNA / regulation of synapse structure or activity / dendritic spine membrane / Synaptic adhesion-like molecules / long-term synaptic depression / beta-2 adrenergic receptor binding / cellular response to peptide hormone stimulus / regulation of axon extension / extrinsic component of postsynaptic density membrane / response to morphine / neuronal cell body membrane / peptide hormone receptor binding / protein kinase A binding / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / response to psychosocial stress / spinal cord development / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / : / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / behavioral response to pain / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / adenylate cyclase binding / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / G-protein alpha-subunit binding / long-term memory / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / axonal growth cone / response to electrical stimulus / neuronal action potential / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / synapse assembly / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to amino acid stimulus / response to cocaine / synaptic membrane / response to nutrient levels / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / : / terminal bouton / neuromuscular junction / cellular response to growth factor stimulus / recycling endosome / cerebral cortex development / regulation of synaptic plasticity / small GTPase binding / receptor internalization / response to peptide hormone / long-term synaptic potentiation / response to toxic substance / synaptic vesicle membrane / recycling endosome membrane / synaptic vesicle / cell-cell junction / G-protein beta-subunit binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||
![]() | Fang, C.F. / Gouaux, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Gating and noelin clustering of native Ca2+-permeable AMPA receptors 著者: Fang, C. / Spangler, C.J. / Park, J. / Sheldon, N. / Trussell, L.O. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 486.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 125.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 49723MC ![]() 9nr7C ![]() 9nr8C ![]() 9nr9C ![]() 9nraC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Glutamate receptor ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 42956.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 43087.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 6分子 EFGH

#3: 抗体 | 分子量: 27511.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 31875.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: 化合物 | |
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-糖 , 3種, 20分子 
#5: 多糖 | #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CP-AMPA receptors / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143111 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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