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- PDB-9moh: Structure of the middle part of the bacteriophage T4 tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9moh
タイトルStructure of the middle part of the bacteriophage T4 tail
要素
  • gp18, tail sheath protein
  • gp19, tail tube protein
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage T4 / contractile phage tail / sheath protein / tail tube protein / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain ...: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tube protein / Tail sheath protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fokine, A. / Zhu, J. / Klose, T. / Vago, F. / Arnaud, C. / Wang, Z. / Khare, B. / Rossmann, M.G. / Chen, Z. / Sun, L. ...Fokine, A. / Zhu, J. / Klose, T. / Vago, F. / Arnaud, C. / Wang, Z. / Khare, B. / Rossmann, M.G. / Chen, Z. / Sun, L. / Fang, Q. / Kuhn, R. / Rao, V.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ Atomic Structure of Phage T4 Head-Tail Connector Complex Shows Molecular Gates Open for Genome Ejection and DNA Pushed into the Tail Tube
著者: Fokine, A. / Zhu, J. / Klose, T. / Vago, F. / Arnaud, C. / Wang, Z. / Khare, B. / Rossmann, M.G. / Chen, Z. / Sun, L. / Fang, Q. / Kuhn, R. / Rao, V.B.
履歴
登録2024年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K0: gp18, tail sheath protein
K1: gp18, tail sheath protein
K2: gp18, tail sheath protein
K3: gp18, tail sheath protein
K4: gp18, tail sheath protein
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L7: gp18, tail sheath protein
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L9: gp18, tail sheath protein
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NW: gp18, tail sheath protein
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Nh: gp18, tail sheath protein
Ni: gp18, tail sheath protein
Nj: gp18, tail sheath protein
Nv: gp18, tail sheath protein
Nw: gp18, tail sheath protein
Nx: gp18, tail sheath protein
Nz: gp18, tail sheath protein
OC: gp19, tail tube protein
OD: gp19, tail tube protein
OE: gp19, tail tube protein
OF: gp19, tail tube protein
OG: gp19, tail tube protein
OH: gp19, tail tube protein
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OL: gp19, tail tube protein
OM: gp19, tail tube protein
ON: gp19, tail tube protein
OO: gp19, tail tube protein
Oh: gp19, tail tube protein
Oi: gp19, tail tube protein
Oj: gp19, tail tube protein
Ok: gp19, tail tube protein
Ol: gp19, tail tube protein
Om: gp19, tail tube protein
On: gp19, tail tube protein
Oo: gp19, tail tube protein
Op: gp19, tail tube protein
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Or: gp19, tail tube protein
Os: gp19, tail tube protein
Ot: gp19, tail tube protein
PC: gp19, tail tube protein
PD: gp19, tail tube protein
PE: gp19, tail tube protein
PF: gp19, tail tube protein
PG: gp19, tail tube protein
PH: gp19, tail tube protein
PI: gp19, tail tube protein
PJ: gp19, tail tube protein
PK: gp19, tail tube protein
PL: gp19, tail tube protein
PM: gp19, tail tube protein
PN: gp19, tail tube protein
PO: gp19, tail tube protein
Ph: gp19, tail tube protein
Pi: gp19, tail tube protein
Pj: gp19, tail tube protein
Pk: gp19, tail tube protein
Pl: gp19, tail tube protein
Pm: gp19, tail tube protein
Pn: gp19, tail tube protein
Po: gp19, tail tube protein
Pp: gp19, tail tube protein
Pq: gp19, tail tube protein
Pr: gp19, tail tube protein
Ps: gp19, tail tube protein
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RC: gp19, tail tube protein
RD: gp19, tail tube protein
RE: gp19, tail tube protein
RF: gp19, tail tube protein
RG: gp19, tail tube protein
RH: gp19, tail tube protein
RI: gp19, tail tube protein
RJ: gp19, tail tube protein
RK: gp19, tail tube protein
RL: gp19, tail tube protein
RM: gp19, tail tube protein
RN: gp19, tail tube protein
RO: gp19, tail tube protein
RR: gp19, tail tube protein
RS: gp19, tail tube protein
RT: gp19, tail tube protein
Rk: gp19, tail tube protein
Rl: gp19, tail tube protein
Rm: gp19, tail tube protein
Rn: gp19, tail tube protein
Ro: gp19, tail tube protein
Rp: gp19, tail tube protein
Rq: gp19, tail tube protein
Rr: gp19, tail tube protein
Rs: gp19, tail tube protein
Rt: gp19, tail tube protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,434,694162
ポリマ－7,434,694162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
gp18, tail sheath protein


分子量: 71348.625 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7S9SVW9
#2: タンパク質 ...
gp19, tail tube protein


分子量: 18479.613 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A7S9SVI2
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia phage T4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli / 株: B
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Ted Pella lacey carbon 400 mesh grids (catalog No: 01824) were used.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113800 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 61.95 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0083531702
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.708723054
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.050982074
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004994416
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.4952190824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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